Files in maddydoak/DoakThesis2020
Find Conserved Sex-Biased Genes Across Species
.Rbuildignore
.gitignore
DESCRIPTION
DoakThesis2020.Rproj
LICENSE.md
NAMESPACE
R/addSpecies.R
R/addXenLaeData.R
R/addXenLaeOrthologs.R
R/doakCounts.R
R/doakMetadata.R
R/doakOrthologs.R
R/doakTPM.R
R/ebm.R
R/getConservedSexBiasedGenes.R
R/getQuantData.R
R/getSexBiasStats.R
R/getTissues.R
R/makeOrthologTable.R
README.md
data-raw/DATASET.R
data-raw/cyno.salmon.tximport.counts.txt.gz
data-raw/cyno.salmon.tximport.tpm.txt.gz
data-raw/dog.salmon.tximport.counts.txt.gz
data-raw/dog.salmon.tximport.tpm.txt.gz
data-raw/gtex.filt.salmon.tximport.unadj.tpm.txt.gz
data-raw/human.metadata.txt
data-raw/mouse.salmon.tximport.counts.txt.gz
data-raw/mouse.salmon.tximport.tpm.txt.gz
data-raw/one2oneorth_emblids.txt
data-raw/rat.salmon.tximport.counts.txt.gz
data-raw/rat.salmon.tximport.tpm.txt.gz
data-raw/sample.metadata.txt
data-raw/xenLae_F_1_quant.sf
data-raw/xenLae_F_2_quant.sf
data-raw/xenLae_F_4_quant.sf
data-raw/xenLae_F_5_quant.sf
data-raw/xenLae_F_6_quant.sf
data-raw/xenLae_LS_paralogs.csv
data-raw/xenLae_M_3_quant.sf
data-raw/xenLae_M_4_quant.sf
data-raw/xenLae_M_5_quant.sf
data-raw/xenLae_M_6_quant.sf
data-raw/xenLae_M_9_quant.sf
data-raw/xenLae_orth_table.csv
data-raw/xenLae_txt2gene.csv
data/doakCounts.rda
data/doakMetadata.rda
data/doakOrthologs.rda
data/doakTPM.rda
data/refGeneNamesCounts.rda
data/refGeneNamesTPM.rda
man/doakCounts.Rd
man/doakMetadata.Rd
man/doakOrthologs.Rd
man/doakTPM.Rd
man/getConservedSexBiasedGenes.Rd
