Files in spell098/rnaseqapp2

Contain various functions for rnaseq analysis

MAPlot.R PCA.R RDA_factors.R README.md WGCNA_modules.R addColorsMatrix.R addColorsMatrixResults.R affy2ensembl.R annotate_ensembl.R annotation_biomart.R annotation_geo.R boxplot_element.R clusteringSummary.R colorNumericValues.R color_groups.R comparisonsPheno.R conditionsChoice.R conversionID.R conversionTable.R convert_id.R design_contrasts.R export2cytoscape.R exprToBind.R fuzzy_clustering.R geneOntology.R get_comparisons.R get_names.R lm2Contrast.R meanMatrix.R modules_summary.R namesSelectedComparisons.R network.graphite.R numberNames.R order_list.R plotCorrectAttribution.R plotCorrectSubsample.R possibleComparisons.R powerTable.R reactions.R regroupingSamples.R resultsByOntology.R results_summary.R results_topTable.R selectTopReaction.R signifRows.R transcript_count.R unduplicate.R volcanoGgPlot.R volcanoPlot.R wes.R