inst/doc/GGPA-example.R

In GGPA: graph-GPA: A graphical model for prioritizing GWAS results and investigating pleiotropic architecture

### R code from vignette source 'GGPA-example.Rnw'

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### code chunk number 1: preliminaries
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options(prompt = "R> ")


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### code chunk number 2: GGPA-prelim
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library("GGPA")


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### code chunk number 3: ggpaExample-prelim
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data(simulation)
dim(simulation$pmat)
head(simulation$pmat)


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### code chunk number 4: pgraph-show (eval = FALSE)
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## adjmat <- simulation$true_G
## diag(adjmat) <- 0
## ggnet2( adjmat, label=TRUE, size=15 )


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### code chunk number 5: fig-pgraph
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adjmat <- simulation$true_G
diag(adjmat) <- 0
plot( adjmat, size=15 )


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### code chunk number 6: GGPA-show (eval = FALSE)
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## set.seed(12345)
## fit <- GGPA( simulation$pmat )


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### code chunk number 7: GGPA-run
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set.seed(12345)
fit <- GGPA( simulation$pmat, nBurnin=200, nMain=200 )


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### code chunk number 8: GGPA-show
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fit


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### code chunk number 9: GGPA-estimates
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str(estimates(fit))


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### code chunk number 10: GPA-assoc-ann
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assoc.marg <- assoc( fit, FDR=0.10, fdrControl="global" )
dim(assoc.marg)
apply( assoc.marg, 2, table )


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### code chunk number 11: GPA-fdr-ann
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fdr.marg <- fdr(fit)
dim(fdr.marg)
head(fdr.marg)


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### code chunk number 12: GPA-assoc-pattern-ann
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assoc.joint <- assoc( fit, FDR=0.10, fdrControl="global", i=1, j=2 )
length(assoc.joint)
head(assoc.joint)
table(assoc.joint)


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### code chunk number 13: GPA-pgraph-est-show (eval = FALSE)
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## plot(fit)


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### code chunk number 14: fig-pgraph
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plot(fit)


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### code chunk number 15: GGPA-pgraph-show (eval = FALSE)
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## fit <- GGPA( pmat, pgraph )