TIN.R
In TIN: Transcriptome instability analysis

### R code from vignette source 'TIN.Rnw'

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### code chunk number 1: TIN.Rnw:60-61
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library(TIN)


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### code chunk number 2: TIN.Rnw:66-69
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data(splicingFactors)
data(geneSets)
data(geneAnnotation)


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### code chunk number 3: TIN.Rnw:82-84
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data(sampleSetFirmaScores)
data(sampleSetGeneSummaries)


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### code chunk number 4: TIN.Rnw:92-93
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fs <- firmaAnalysis(useToyData=TRUE)


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### code chunk number 5: TIN.Rnw:104-105
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gs <- readGeneSummaries(useToyData=TRUE)


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### code chunk number 6: TIN.Rnw:114-115
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tra <- aberrantExonUsage(1.0, sampleSetFirmaScores)


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### code chunk number 7: TIN.Rnw:131-132
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aberrantExonsPerms <- probesetPermutations(sampleSetFirmaScores, quantiles)


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### code chunk number 8: TIN.Rnw:139-140
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corr <- correlation(splicingFactors, sampleSetGeneSummaries, tra)


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### code chunk number 9: TIN.Rnw:145-147
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gsc <- geneSetCorrelation(geneSets, geneAnnotation, sampleSetGeneSummaries,
    tra, 100)


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### code chunk number 10: TIN.Rnw:157-159
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clusterPlot(sampleSetGeneSummaries, tra, "euclidean", "complete",
    "TIN-cluster.pdf")


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### code chunk number 11: TIN.Rnw:164-165
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scatterPlot("TIN-scatter.pdf", TRUE, aberrantExons, aberrantExonsPerms)


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### code chunk number 12: TIN.Rnw:171-173
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correlationPlot("TIN-correlation.pdf", tra, sampleSetGeneSummaries,
    splicingFactors, 1000, 1000)


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### code chunk number 13: TIN.Rnw:180-182
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posNegCorrPlot("TIN-posNegCorrPlot.pdf", tra, sampleSetGeneSummaries, 
    splicingFactors, 1000, 1000)