inst/doc/VegaMC.R

In VegaMC: VegaMC: A Package Implementing a Variational Piecewise Smooth Model for Identification of Driver Chromosomal Imbalances in Cancer

### R code from vignette source 'VegaMC.Rnw'

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### code chunk number 1: library_VegaMC
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library(VegaMC)


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### code chunk number 2: copy_dataset
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file.copy(system.file("example/breast_Affy500K.txt",
    package="VegaMC"),".")


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### code chunk number 3: runVegaMC_breast
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results <-
vegaMC("breast_Affy500K.txt",
	output_file_name="breast.analysis",
	beta=1,	min_region_bp_size=2000, bs=5000,
	html=FALSE, getGenes=FALSE)


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### code chunk number 4: colnames_results
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colnames(results)