goTools.R
In goTools: Functions for Gene Ontology database

### R code from vignette source 'goTools.Rnw'

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### code chunk number 1: goTools.Rnw:81-83
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library("goTools", verbose=FALSE)
data(probeID)  


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### code chunk number 2: goTools.Rnw:90-93
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class(affylist)
length(affylist)
affylist[[1]][1:5]


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### code chunk number 3: goTools.Rnw:140-143 (eval = FALSE)
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## library(GO.db)
## subset=c(L1=list(affylist[[1]][1:5]),L2=list(affylist[[2]][1:5]))
## res <-ontoCompare(subset, probeType="hgu133a")


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### code chunk number 4: ontoPlotEg1 (eval = FALSE)
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## library(GO.db)
## subset=c(L1=list(affylist[[1]][1:5]),L2=list(affylist[[2]][1:5]))
## res <- ontoCompare(subset, probeType="hgu133a", plot=TRUE)


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### code chunk number 5: goTools.Rnw:194-195
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EndNodeList()


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### code chunk number 6: goTools.Rnw:207-208 (eval = FALSE)
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## MFendnode <- CustomEndNodeList("GO:0003674", rank=2)


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### code chunk number 7: goTools.Rnw:216-217 (eval = FALSE)
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## res <- ontoCompare(subset, probeType="hgu133a", endnode=MFendnode, goType="MF")