inst/doc/JodaVignette.R

### R code from vignette source 'JodaVignette.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=70)


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### code chunk number 2: preliminaries
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library(joda)
data(damage)


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### code chunk number 3: JodaVignette.Rnw:63-65
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head(data.healthy)
head(data.damage)


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### code chunk number 4: JodaVignette.Rnw:73-75
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print(model.healthy)
print(model.damage)


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### code chunk number 5: JodaVignette.Rnw:83-86
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str(beliefs.healthy)
str(beliefs.damage)
head(beliefs.healthy[["p53"]])


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### code chunk number 6: JodaVignette.Rnw:111-112
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probs.healthy=differential.probs(data=data.healthy, beliefs=beliefs.healthy, verbose=TRUE, plot.it=TRUE)


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### code chunk number 7: fig-healthyM
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probs.healthy=differential.probs(data=data.healthy, beliefs=beliefs.healthy, verbose=FALSE, plot.it=TRUE)


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### code chunk number 8: JodaVignette.Rnw:135-136
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probs.damage=differential.probs(data=data.damage, beliefs=beliefs.damage, verbose=TRUE, plot.it=TRUE)


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### code chunk number 9: fig-damageM
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probs.damage=differential.probs(data=data.damage, beliefs=beliefs.damage, verbose=FALSE, plot.it=TRUE)


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### code chunk number 10: JodaVignette.Rnw:165-169
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regulation.healthy= regulation.scores(probs.healthy, model.healthy, TRUE) 
head(regulation.healthy) 
regulation.damage= regulation.scores(probs.damage, model.damage, TRUE) 
head(regulation.damage) 


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### code chunk number 11: JodaVignette.Rnw:177-179
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deregulation= deregulation.scores(reg.scores1=regulation.healthy, reg.scores2=regulation.damage, TRUE) 
head(deregulation)


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### code chunk number 12: JodaVignette.Rnw:186-187
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head(rownames(deregulation)[order(deregulation[,"p53"])])

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