AlteredPQR.R
In AlteredPQR: Detection of Altered Protein Quantitative Relationships

### R code from vignette source 'AlteredPQR.Rnw'

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### code chunk number 1: AlteredPQR.Rnw:16-17
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library(AlteredPQR)


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### code chunk number 2: AlteredPQR.Rnw:22-24
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data("int_pairs", package = "AlteredPQR")
data("quant_data_all", package = "AlteredPQR")


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### code chunk number 3: AlteredPQR.Rnw:34-35
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cols_with_reference_data = 1:23


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### code chunk number 4: AlteredPQR.Rnw:40-41
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RepresentativePairs = AlteredPQR_RB()


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### code chunk number 5: AlteredPQR.Rnw:46-47
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head (RepresentativePairs)


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### code chunk number 6: AlteredPQR.Rnw:65-67
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samplesGroupA = 1:23
samplesGroupB = (1+23):(23+18)


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### code chunk number 7: AlteredPQR.Rnw:72-73
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cor_results = CorShift()


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### code chunk number 8: AlteredPQR.Rnw:78-79
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head (cor_results)