Running_coalescentMCMC.R
In coalescentMCMC: MCMC Algorithms for the Coalescent

### R code from vignette source 'Running_coalescentMCMC.Rnw'

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### code chunk number 1: Running_coalescentMCMC.Rnw:19-20
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options(width=60)


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### code chunk number 2: Running_coalescentMCMC.Rnw:56-58
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library(coalescentMCMC)
args(coalescentMCMC)


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### code chunk number 3: Running_coalescentMCMC.Rnw:79-81
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data(woodmouse)
out <- coalescentMCMC(woodmouse, ntrees = 300, printevery = 0)


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### code chunk number 4: Running_coalescentMCMC.Rnw:101-102
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plot(out)


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### code chunk number 5: Running_coalescentMCMC.Rnw:107-109
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TR <- getMCMCtrees()
TR


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### code chunk number 6: Running_coalescentMCMC.Rnw:113-115
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dim(out)
colnames(out)


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### code chunk number 7: Running_coalescentMCMC.Rnw:120-121
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out2 <- coalescentMCMC(woodmouse, ntrees = 300, model = "time", printevery = 0)


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### code chunk number 8: Running_coalescentMCMC.Rnw:137-138
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plot(out2)


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### code chunk number 9: Running_coalescentMCMC.Rnw:141-143
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dim(out2)
colnames(out2)


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### code chunk number 10: Running_coalescentMCMC.Rnw:158-159
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TR2 <- getMCMCtrees(2)


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### code chunk number 11: Running_coalescentMCMC.Rnw:164-165
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getMCMCstats()