inpatient_codes: Inpatient Codes cleanup

In epidm: UK Epidemiological Data Management

Inpatient Codes cleanup

Description

When HES/SUS ICD/OPCS codes are provided in wide format you may want to clean them up into long for easier analysis. This function helps by reshaping long as a separate table. Ensuring they're separate allows you to retain source data, and aggregate appropriately later.

Usage

inpatient_codes(
  x,
  field_strings,
  patient_id_vars,
  type = c("icd9", "icd10", "opcs"),
  .forceCopy = FALSE
)

Arguments

x	a data.frame or data.table containing inpatient data
field_strings	a vector or string containing the regex for the the columns
patient_id_vars	a vector containing colnames used to identify a patient episode or spell
type	a string to denote if the codes are diagnostic or procedural
.forceCopy	default FALSE; TRUE will force data.table to take a copy instead of editing the data without reference

Value

a separate table with codes and id in long form

Examples

inpatient_test <- data.frame(
id = c(1053L,5487L,8180L,528L,1085L,344L,2021L,2040L,
       6504L,10867L,12411L,7917L,2950L,2812L,7757L,12227L,2675L,
       8548L,536L,11830L,12708L,10421L,5503L,2494L,14001L),
spell_id = c("dwPDw","iSpUq","qpgk5","8vrJ1","BAur9","l6LZk",
             "KJllb","tgZID","fJkh8","Y9IPv","DAlUZ",
             "9Ooc4","hUxGn","wtMG9","dw3dO","cz3fI",
             "gdxZK","npplb","tynBh","Uu0Sd","gV1Ac",
             "vOpA1","ttlcD","Fqo29","ivTmN"),
primary_diagnosis_code = c("K602","U071-","I501","U071  ","J22X","J189",
                           "J189","I951","N130","U071","K510 D",NA,
                           "G409-","C780","N185","J955","K573","U071",
                           "I330","L309","M513","U071","A419","U071",
                           "N185-"),
secondary_diagnosis_code_1 = c("K641","J128-","I489","J128  ","Q348","F059",
                               "R296","R296","N131","J128","M0750A",NA,
                               "R401-","C782","Z491","C321","D125","J128",
                               "B952","J459","M4780","B972","N390","J128",
                               "Z491-"),
secondary_diagnosis_code_2 = c("E039","B972-","I10X","L031  ","Z115","I509",
                               "F051","I251","K862","B972","K590-",NA,
                               "E876-","C798","N085","Z938","I209","B972",
                               "I214","Z880","M8588","R296","B962","B972",
                               NA),
secondary_diagnosis_code_3 = c("I422","J9691","E119","I489  ","D509","I489",
                               "D509","I252","T391","J440","R21X-",NA,
                               "R945-","E119","M310","I480","I252","J9690",
                               "E111",NA,"Z115","R410","J181","Z518",NA),
secondary_diagnosis_code_4 = c(NA,"I10X-","E669","E109  ","K219","Z921","I251",
                               "I259","R458","B972","F200-",NA,"E039-",
                               "I10X",NA,"I500","F171","I489","E162",NA,
                               "I480","M2551","L892","E86X",NA),
secondary_diagnosis_code_5 = c(NA,"E119-","J449","F03X  ",NA,"Z518","I252",
                               "I209","C61X","A419","R761-",NA,"E119-",
                               "K219",NA,"Z115","F329","N179","N179",NA,
                               "H353","Z638","L033","R54X",NA),
secondary_diagnosis_code_6 = c(NA,NA,"Z966","I10X  ",NA,"N179","N183","Z115",
                               "K627","N390",NA,NA,"J459-","M4780",NA,
                               "Z900",NA,"I10X","R34X",NA,"I951","I10X",
                               "D510","F059",NA),
secondary_diagnosis_code_7 = c(NA,NA,"Z854","I679  ",NA,"N183","Z951","M190",
                               "R634","L031",NA,NA,"I10X-","M512",NA,
                               "Z921",NA,"E119","I959",NA,"H903","I678",
                               "K639","F03X",NA),
secondary_diagnosis_code_8 = c(NA,NA,"Z864","J459  ",NA,"E115","E119","N183",
                               "E111","E871",NA,NA,"R51X-","H409",NA,
                               "Z870",NA,NA,"J90X",NA,"M199","J459",
                               "N133","F29X",NA),
secondary_diagnosis_code_9 = c(NA,NA,"Z921","R296  ",NA,"L97X","I10X","M4806",
                               "E114","S099",NA,NA,"Q070-","H544",NA,
                               NA,NA,NA,"I501",NA,"K811","F03X","J90X",
                               "N189",NA),
secondary_diagnosis_code_10 = c(NA,NA,NA,"Z921  ",NA,"L089","Z921","N40X",
                                "G590","R296",NA,NA,"E668-","Z858",NA,NA,NA,
                                NA,"I489",NA,"K219","G20X","N202",
                                "F719",NA),
secondary_diagnosis_code_11 = c(NA,NA,NA,"Z515  ",NA,"R02X","Z507","Z864",
                                "E162","I489",NA,NA,"G473-","Z923",NA,NA,NA,
                                NA,"I447",NA,"J459","E119","L031",
                                "Z960",NA),
secondary_diagnosis_code_12 = c(NA,NA,NA,"Z501  ",NA,"B370","K579","Z955",
                                "E46X","Z921",NA,NA,"R600-","Z926",NA,NA,NA,
                                NA,"E86X",NA,"I10X",NA,"J981","Z922",
                                NA),
secondary_diagnosis_code_13 = c(NA,NA,NA,"Z507  ",NA,"E039","M109",NA,"I259",
                                "K709",NA,NA,"M1999","Z895",NA,NA,NA,NA,
                                "R33X",NA,"J40X",NA,"E119",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_14 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"J459",NA,"N131","Z864",NA,
                                NA,"R468-","Z902",NA,NA,NA,NA,"R296",
                                NA,NA,NA,"I739",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_15 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z880",NA,"K862","Z501",NA,
                                NA,"Z115-","Z971",NA,NA,NA,NA,"R468",
                                NA,NA,NA,"N183",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_16 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z867",NA,"T391","Z505",NA,
                                NA,"Z501-","Z878",NA,NA,NA,NA,"R31X",
                                NA,NA,NA,"I489",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_17 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z864",NA,"R458","Z518",NA,
                                NA,"Z507-","Z958",NA,NA,NA,NA,"Z115",
                                NA,NA,NA,"M549",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_18 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,"F03X",NA,"C61X",NA,NA,NA,
                                NA,"Z867",NA,NA,NA,NA,"I252",NA,NA,
                                NA,"I252",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_19 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"K627",NA,NA,NA,NA,
                                "Z864",NA,NA,NA,NA,"I259",NA,NA,NA,
                                "I259",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_20 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"R634",NA,NA,NA,NA,
                                "Z880",NA,NA,NA,NA,"I10X",NA,NA,NA,
                                "E669",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_21 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"E111",NA,NA,NA,NA,
                                "Z800",NA,NA,NA,NA,"I352",NA,NA,NA,
                                "Z867",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_22 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"E114",NA,NA,NA,NA,
                                "Z801",NA,NA,NA,NA,"R15X",NA,NA,NA,
                                "Z896",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_23 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"G590",NA,NA,NA,NA,
                                NA,NA,NA,NA,NA,"R32X",NA,NA,NA,
                                "Z960",NA,NA),
secondary_diagnosis_code_24 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"E162",NA,NA,NA,NA,
                                NA,NA,NA,NA,NA,"R418",NA,NA,NA,
                                "Z874",NA,NA),
primary_procedure_code = c("H289",NA,"K634",NA,"X292",NA,NA,NA,NA,NA,
                           "H251",NA,"U051","L913","X403",NA,"H231",
                           "U071","M473","X384",NA,NA,NA,NA,"X403"),
primary_procedure_date = c("20170730",NA,"20201202",NA,"20170914",NA,NA,NA,
                           NA,NA,"20210105",NA,"20170724",
                           "20210111","20171114",NA,"20170622","20210104",
                           "20171013","20170313",NA,NA,NA,NA,
                           "20171107"),
secondary_procedure_code_1 = c("H626",NA,"Y534",NA,"U297",NA,NA,NA,NA,NA,
                               "Z286",NA,"Y981","Y031",NA,NA,"Z286",
                               "Y981",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA),
secondary_procedure_date_1 = c("20170730",NA,"20201202",NA,"20170928",NA,NA,NA,
                               NA,NA,"20210105",NA,"20170724",
                               "20210111",NA,NA,"20170622","20210104",NA,NA,NA,
                               NA,NA,NA,NA),
secondary_procedure_code_2 = c("H444",NA,"Z941",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               "U212",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA,NA,NA),
secondary_procedure_date_2 = c("20170730",NA,"20201202",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA,NA,"20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA,NA,NA,NA,NA,NA),
secondary_procedure_code_3 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Y973",
                               NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA),
secondary_procedure_date_3 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               "20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA,NA),
secondary_procedure_code_4 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Y982",
                               NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA),
secondary_procedure_date_4 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               "20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA,NA),
secondary_procedure_code_5 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"Z926",
                               NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA),
secondary_procedure_date_5 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               "20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA,NA),
secondary_procedure_code_6 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"O161",
                               NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA),
secondary_procedure_date_6 = c(NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               "20170729",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
                               NA,NA)
)

inpatient_codes(x=inpatient_test,
                field_strings='diagnosis',
                patient_id_vars = c('id','spell_id'),
                type = 'icd10')

inpatient_codes(x=inpatient_test,
                field_strings=c('procedure_code','procedure_date'),
                patient_id_vars = c('id','spell_id'),
                type = 'opcs')

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