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In somaticflags: Database of Somatic Flags

somaticflags

An R data package containing a list of genes which are frequently mutated in somatic cancer datasets but are unlikely to drive disease

Table of Contents

• Installation
• Quick Start
• Data

Installation

install.packages("somaticflags")

Quick Start

library(somaticflags)

# List Gene Names
somaticflags

# Print a dataframe describing the source of each somatic flag
somaticflags_df

Data

If not using R, you can download our list of somaticflags here

| Gene | Source | Reason | |--------- |----------------------------------------------- |------------------ | | TTN | 10.1186/s12920-014-0064-y;10.1038/nature12213 | TOP20FLAGS;OTHER | | MUC16 | 10.1186/s12920-014-0064-y;10.1038/nature12213 | TOP20FLAGS;OTHER | | OBSCN | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | AHNAK2 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | SYNE1 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | FLG | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | MUC5B | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | DNAH17 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | PLEC | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | DST | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | SYNE2 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | NEB | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | HSPG2 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | LAMA5 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | AHNAK | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | HMCN1 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | USH2A | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | DNAH11 | 10.1186/s12920-014-0064-y;10.1038/nature12213 | TOP20FLAGS;OTHER | | MACF1 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | MUC17 | 10.1186/s12920-014-0064-y | TOP20FLAGS | | OR2G6 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4C6 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4M2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5L2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T4 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5D18 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4A15 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR6F1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T33 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4S2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR11L1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4M1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5T1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8J3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR51B2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8H2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR9G9 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4N2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR10G9 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5I1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR14A16 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2M2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5B12 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5M9 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4C11 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR1C1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4N4 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5J2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2G3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR10G8 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5W2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR10AG1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4K1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2M7 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4C12 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4D5 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4P4 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5H14 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5F1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T8 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4C13 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5K1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4K5 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2B11 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5L1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2L8 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T12 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T34 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8H1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5D16 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR10Q1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2M3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR6K3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5T3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR14C36 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5AC2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR52J3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4Q3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR10A4 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4C16 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8B2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5D14 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5H6 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8I2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4A16 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR52E6 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR6N1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2AK2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2L2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4D11 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2A5 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR51S1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR9A2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR51L1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR56A4 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR52E2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR6M1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T11 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5M11 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4C46 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR6K2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2B3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T6 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR56A1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5B2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4K15 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR5AS1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8A1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4C3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4D2 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8K3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8J1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR4F6 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8H3 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR1J4 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR52A5 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR8B4 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR51I1 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | OR2T33 | 10.1038/nature12213 | OLFACTORY | | CSMD3 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | CNTNAP5 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | RYR2 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | LRP1B | 10.1038/nature12213 | OTHER | | CSMD1 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | CNTNAP2 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | RYR3 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | NRXN1 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | CNTNAP4 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | MUC4 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | PCLO | 10.1038/nature12213 | OTHER | | LRP2 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | DNAH5 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | CNTN5 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | PARK2 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | BAGE2 | 10.1038/nature12213 | OTHER | | TPTE | 10.1038/nature12213 | OTHER |

Genelist compiled from: 1. Mutational heterogeneity in cancer and the search for new cancer-associated genes (Lawrence et al. 2013) 2. FLAGS, frequently mutated genes in public exomes (Shyr et al. 2014) - top 20 flags included

Please cite both publications if you find this package useful.

somaticflags documentation built on Sept. 11, 2024, 8:48 p.m.