View source: R/increase_taxonlevel.R
increase_taxonlevel | R Documentation |
Voor sommige toepassingen kan het nuttig zijn om taxonomische gegevens op een hoger niveau dan het oorspronkelijke niveau te analyseren. Deze functie probeert de taxa op te schalen naar het gewenste taxonomische niveau.
increase_taxonlevel(
taxa,
taxonlevel = c("Species", "Genus", "Familia", "Ordo", "Classis", "Phylum", "Regnum",
"Imperium"),
only_twn = FALSE
)
taxa |
Een vector met taxonnamen. |
taxonlevel |
Het gewenste taxonomische niveau. De namen van de taxonomische niveau's zijn zoals deze in de TWN-lijst worden gebruikt (Species, Genus, enz.). |
only_twn |
Logical. Indien FALSE worden taxa die niet in de TWN-lijst voorkomen genegeerd. Indien TRUE dan worden alleen taxa uit de TWN-lijst geretoureerd. |
De functie probeert de taxonnamen op te schalen naar het gespecificeerde taxonomische niveau. Dit is echter om diverse redenen niet altijd mogelijk. Als dat niet mogelijk is dan zijn er meerdere resultaten mogelijk.
Het taxonomisch niveau van het taxon is al hoger dan het gevraagde niveau -het originele taxon wordt geretourneerd.
Het taxon komt niet voor in de TWN-lijst
het originele taxon wordt geretourneerd (tenzij only_twn = TRUE
)
Het taxon heeft in de TWN-lijst geen parent op het gevraagde niveau
het taxon wat het dichtst onder het gevraagde niveau zit wordt geretourneerd.
De taxonnaam heeft de waarde NA
De waarde NA
wordt geretourneerd.
Een vector met taxonnamen.
taxa <- c("Bufo calamita", "Bufo", "Buf", NA)
increase_taxonlevel(taxa, "Familia")
increase_taxonlevel(taxa, "Familia", only_twn = TRUE)
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.