R/00.01_import_referentiel_substance.R

In AFB-dataviz/dataviz_pesticides: Explore French pesticide data

#' @import dplyr
#' @importFrom tidyr gather
#' 
import_referentiel_substance <- function() {
  cat("\nLe fichier GPR_XXXXXXXX_SANDRE.csv.gz est à télécharger avec le lien suivant:\n http://www.sandre.eaufrance.fr/atlas/srv/fre/catalog.search#/metadata/43e37773-5969-44b7-9031-2ff159dcc460\nLa version utilisée est celle du 12/03/2019\n")
  
  suppressMessages(
    readr::read_delim(file = system.file("extdata",
                                         "GPR_20190312_SANDRE.csv.gz",
                                         package = "bnvd"),
                      delim = ";",
                      locale = readr::locale(decimal_mark = ","))) %>%
    filter(GroupeParametresPere_CdGroupeParametres == 95)       %>%
    select(CdGroupeParametres,
           NomGroupeParametres, matches("CdParametre\\d*$"))    %>%
    tidyr::gather(key = "parametre", value = "code_parametre",
           -CdGroupeParametres, -NomGroupeParametres)           %>%
    select(-parametre)                                          %>%
    filter(!is.na(code_parametre))                             %>%
    arrange(as.numeric(CdGroupeParametres))
}