In Bakaniko/notesSIGR2021: Notes from SIGR 2021 thematic school

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Objectifs

• initiation literate programming
• bonnes pratiques en matière de reproductibilité et documentation de méthodes
• ressource de références pour approfondir l'apprentissage

Literate programming

Paradigme de programmation : associer un ensemble de code source (pour les ordinateurs) et de la documentation (pour les humains)

• Explication de la pensée : Expliquer à d'autres humains ce que l'ont veut que l'ordinateur fasse. (Knuth 1970)

• gain en qualité

• transmission et partage de la connaissance

Premier environnement WEB (Pascal + LaTex, Knuth 1984)

Document markdown

3 parties

• métadonnées dans un bloc YAML
• du texte en mardown
• blocs de code structuré en R ou autre

Formats de sorties nombreux

Créer un projet Rmardown avec Rstudio

le mode Projet facilite le travail discontinu (chemins relatifs), la portabilité et la reproductibilité

• Préparer son espace de travail (fichier R project à la racine, dossier pour les données, dossier pour les figures)

Modèles de fichier Rmarkdown paramétrables dans les métadonnées du document

Bouton Knit (tricoter) pour générer le fichier sortie (HTML, pdf, etc...)

Mise en pratique

• Données

Bonnes pratiques

• limiter les dépendances, surtout pour une seule ligne de code
• coder et commenter en anglais pour pouvoir diffuser

Bakaniko/notesSIGR2021 documentation built on Dec. 17, 2021, 10:45 a.m.