README.md

In ColinFay/covidbf: Extract COVID data from www.humanitarianresponse.info pdf

covidbf

Contribution to https://github.com/reconhub/covid19hub/issues/5

Installation

You can install the released version of covidbf from Github with:

remotes::install_github("ColinFay/covidbf")

How to

library(covidbf)

all_pdf() gets all the pdf from https://www.humanitarianresponse.info/en/op%C3%A9rations/burkina-faso/documents/table/themes/covid-19.

It takes a destination folder + the number of pages minus 1 to scrape (if there are 4 pages, use 3)

dir.create("inst/covidbf")
all_pdf(dest = "inst/covidbf", pages = 3)

fs::dir_tree("inst/covidbf")
#> inst/covidbf
#> ├── covidresponseplanremarks-french.docx
#> ├── ghrp-covid19-en.pdf
#> ├── ghrp-covid19-fr.pdf
#> ├── integration_du_covid-19_dans_la_reponse_humanitaire.pdf
#> ├── plan_de_riposte_covid19-revise_def.pdf
#> ├── reach_bfa_suivi_situation_humanitaire_resultats_pertinents_covid19_region_centre_nord_fevrier_2020-1.pdf
#> ├── reach_bfa_suivi_situation_humanitaire_resultats_pertinents_covid19_region_centre_nord_fevrier_2020-1_1.pdf
#> ├── reach_bfa_suivi_situation_humanitaire_resultats_pertinents_covid19_region_sahel_fevrier_2020.pdf
#> ├── sitrep_n27_du_24_03_20.pdf
#> ├── sitrep_n_29_0.pdf
#> ├── sitrep_n_32_covid-19_du_29_mars_2020_0.pdf
#> ├── sitrep_n_33.pdf
#> ├── sitrep_ndeg17_du_14_03_20.pdf
#> ├── sitrep_ndeg21.pdf
#> ├── sitrep_ndeg24_du_21_03_20.pdf
#> ├── sitrep_ndeg25.pdf
#> ├── sitrep_ndeg28.pdf
#> ├── sitrep_ndeg35_0.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_20_du_17_03_20.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_22_du_19_03_20.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_26_du_23_03_20.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_31.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_34.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_36.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_37.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_38_covid_bfa_au_04_04_2020.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_39_1.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_40_0.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_41_au_7_avril_2020_1.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_42_covid-19_burkina_faso.pdf
#> ├── sitrep_ndeg_43.pdf
#> └── sitrep_ndeg_44.pdf

extractdata() tries to extract the data from a given pdf (will probably not work on all).

extractdata("inst/covidbf/sitrep_ndeg_41_au_7_avril_2020_1.pdf")
#>                                                type  vol  date_redaction
#> 1                  Cumul personnes contacts listées 2310 07 avril 2020  
#> 2       Contacts confirmés COVID-19 depuis le début  235 07 avril 2020  
#> 3         Nbre de contacts sortis de suivi ce jours  139 07 avril 2020  
#> 4 Cumul de contacts sortis après 14 jours de suivis  988 07 avril 2020  
#> 5                       Nombre de contacts à suivre 1087 07 avril 2020  
#> 6                            Nombre de contacts vus    1 07 avril 2020  
#> 7                        Nombre de contacts non vus   28 07 avril 2020  
#> 8               Nombre de contacts devenus suspects    8 07 avril 2020  
#> 9                       Nombre de nouveaux contacts   39 07 avril 2020
extractdata("inst/covidbf/sitrep_ndeg_42_covid-19_burkina_faso.pdf")
#>                                                type  vol  date_redaction
#> 1                  Cumul personnes contacts listées 2330 09 avril 2020  
#> 2       Contacts confirmés COVID-19 depuis le début  265 09 avril 2020  
#> 3         Nbre de contacts sortis de suivi ce jours   15 09 avril 2020  
#> 4 Cumul de contacts sortis après 14 jours de suivis 1003 09 avril 2020  
#> 5                       Nombre de contacts à suivre 1086 09 avril 2020  
#> 6                            Nombre de contacts vus    1 09 avril 2020  
#> 7                        Nombre de contacts non vus   24 09 avril 2020  
#> 8               Nombre de contacts devenus suspects   10 09 avril 2020  
#> 9                       Nombre de nouveaux contacts   65 09 avril 2020
extractdata("inst/covidbf/sitrep_ndeg_43.pdf")
#>                                                type  vol  date_redaction
#> 1                  Cumul personnes contacts listées 2395 10 avril 2020  
#> 2       Contacts confirmés COVID-19 depuis le début  272 10 avril 2020  
#> 3         Nbre de contacts sortis de suivi ce jours   42 10 avril 2020  
#> 4 Cumul de contacts sortis après 14 jours de suivis 1045 10 avril 2020  
#> 5                       Nombre de contacts à suivre 1072 10 avril 2020  
#> 6                            Nombre de contacts vus    1 10 avril 2020  
#> 7                        Nombre de contacts non vus   21 10 avril 2020  
#> 8               Nombre de contacts devenus suspects   14 10 avril 2020  
#> 9                       Nombre de nouveaux contacts   45 10 avril 2020
extractdata("inst/covidbf/sitrep_ndeg_44.pdf")
#>                                                type  vol  date_redaction
#> 1                  Cumul personnes contacts listées 2409 11 avril 2020  
#> 2       Contacts confirmés COVID-19 depuis le début  272 11 avril 2020  
#> 3         Nbre de contacts sortis de suivi ce jours   31 11 avril 2020  
#> 4 Cumul de contacts sortis après 14 jours de suivis 1076 11 avril 2020  
#> 5                       Nombre de contacts à suivre 1061 11 avril 2020  
#> 6                            Nombre de contacts vus    1 11 avril 2020  
#> 7                        Nombre de contacts non vus   19 11 avril 2020  
#> 8               Nombre de contacts devenus suspects   10 11 avril 2020  
#> 9                       Nombre de nouveaux contacts   99 11 avril 2020

ColinFay/covidbf documentation built on April 13, 2020, 12:37 a.m.