R/function_pca.R

In ComunidadBioInfo/documentar_funciones: Este paquete tiene una función de ejemplo que documentaremos durante el workshop de CDSB2020

plot_pca <- function( scmat, num_features ){
  sel <- head(order(rowVars(scmat), decreasing=TRUE), num_features)
  pca_results <- prcomp(t(scmat[sel,]))
  plot( pca_results$x[,"PC1"], pca_results$x[,"PC2"])
}