README.md

In DMU-lilab/CancerGenomics: Some useful tools for cancer genome processing developed by Li lab

CancerGenomics

Some useful tools for cancer genome processing developed by Li lab

installation

Option 1(Recommended)

Using devtools

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("DMU-lilab/CancerGenomics")

Option 2

Manual installation

Checkout the latest release of CancerGenomics from GitHub

git clone https://github.com/DMU-lilab/CancerGenomics.git

Install R dependencies (in R)

install.packages("data.table") # version > 1.10.4

Install the CancerGenomics package

From the command line and in the directory where CancerGenomics github was cloned. R CMD INSTALL CancerGenomics

如果要添加实验室的其它函数，需要 * 下载这个文件夹到本地,直接下载或者用git

git clone https://github.com/DMU-lilab/CancerGenomics.git

• R环境中要有roxygen2和devtools两个包，如果没有,请在R环境下使用install.packages安装

install.packages("roxygen2")
install.packages("devtools")

• 用Rstudio打开文件夹内的CancerGenomics.Rproj，打开R工程
• 在工程里面新建新的R脚本，放在里面名称为R的文件夹，可以参照已经存在的脚本，如果函数有依赖的包的话，还需要修改DESCRIPTION文件
• 最后运行

devtools::document()

生成文本，看是否有问题 Rstudio的Build - Check Package里面可以测试生成包是否有问题，有一些错误和warning可以酌情允许，还需要查看man里面的帮助文档是否有问题 使用git上传同步，需要有修改的权限，在CancerGenomics文件夹下，linux命令

git add *
git commit -m "msg" # "msg"就是为什么修改，修改了什么
git push -u origin master

这个时候输入帐号密码就可以同步了

DMU-lilab/CancerGenomics documentation built on May 17, 2019, 6:10 a.m.