In DrMattG/HarvestGolem: HarvestShiny

require(NinaR)
require(xtable)
require(knitr)
opts_chunk$set(tidy=T, 
               tidy.opts=list(width.cutoff=50))
options(width = 60,
        "xtable.comment" = F,
        "xtable.include.rownames" = F)

Innledning

Dette er et eksempel på en NINA Rapport laget direkt fra statistikkprogrammet R, gjennom packen NinaR [@NinaR]. Den kan med fordel brukes da rapporten har stor innhold av R-skript. Bortsett fra avsnitten med kod er mallen tenkt å efterligne NINAs standardmalle for rapporter. Mallen brukes på samme måte som andre maller i pakken Rmarkdown og rticles (se http://rmarkdown.rstudio.com/). Rstudio er særskilt tilpasset til rmarkdown, men mallen kan også brukes direkte i R (også via terminalen/Command Prompt). Kommandoet rmarkdown::render("din_rapport.Rmd") genererer en pdf, alternativt bruk knappen "Knit" i Rstudio.

Fremgangsmåte

For å bruke mallen trengs:

R
NinaR (se http://www.github.com/NINAnor/NinaR)
En Tex-installasjon
- For Windows, se http://miktex.org/
- For Mac, se http://tug.org/mactex/
- For Linux, installere tex-live

Den enkleste måten er å bruke rstudio-servene http://ninrstudio[x].nina.no (x = 01, 02, 03), der alt finns installert.

Når R-pakken NinaR er installert, finner man malen i Rstudio gjennom File -> New File -> R Markdown -> From templates. Alternativt kan en mall produseres gjennom rmarkdown::draft("title", template="nina_rapport", package="NinaR").

Høyst oppe i malen (vises ikke i PDFen) finns en såkalt "YAML-seksjon" der diverse obligatoriske ting skal skrives in. En lukket PDF kan lages gjennom å skrive "yes" (eller hva som helst) etter secure_pdf. Radnummer til review produseres gjennom line_numbering: yes. Selv-referensen på side 3 skrives manuelt inn i ved self-ref: i YAML-avsnittet.

Referenser kan inkluderes på to måter. Vi kan for eksempel referere til @Pedersen2016 i teksten, eller så her [@Pedersen2016]. Referansenes stil er avhengig at man klasser dem som rett type, for eksempel som artikel [@article].

Test sub sub heading

For å lage en "pagebreak", for eksempel mellom ulike kapitel, skriv \newpage.

En til sub sub heading

Da denne malle er ny og relativt uprøvd, tag gjerne kontakt med Jens Åström så resultatet kan kvalitetssjekkes før publisering. Spørsmål og synspunkter kan også sendes til densamme.

\paragraph{Prøver meg på en sub sub sub heading} Obs at 4-nivåseksjoner må skrives med \paragraph{titell}!

\newpage

Resultater

R-kod kan legges til på vanlig vis. Fargemønstret kan endres gjennom highlight: xxx Yaml-avsnittet i starten på dokumentet.

#Så her ser kod-comments ut

x<- 1:10*0.5+rnorm(10, mean=1,sd=2)
y<-1:10

Tabeller fra R kan lages gjennom pakken xtable. Her er et eksempel på output fra en enkel modell. De kan også refereres til, for eksempel referer jeg nå til tabell \ref{tab1}.

mod1<-glm(y~x)
print(xtable(round(summary(mod1)$coefficients, 3), 
             caption="Tabell laget med xtable \\label{tab1}"))

Figurer fungerer på vanlig vis. Figurtekst lages hvis fig_caption: yes er angitt i Yaml-avsnittet. Figurteksten legges til som i eksemplet nedenfor. Hvis man angir \\label{} i figurteksten kan man også referere til figuren. Figur \ref{xy_plot} viser et eksempel på bruk av NINAs logofarger via funksjonen NinaR::NinaPalette.

```r"} old.mai<-par("mai") par(mai = old.mai * c(1, 2.3, 1, 1.5)) palette(ninaPalette()) set.seed(123) plot.mat<-matrix(rnorm(25, 40, sd=10), ncol=5, dimnames = list(c("Sportsfisker", "Elveeier", "Oppleid", "Fisket", "Poseidon"), c("Lakselus", "Utsetting", " Strengere restriksjoner", "Fysiske tiltak", "Flaks")))

barplot(plot.mat, col=1:5, beside=T, horiz = T, las=1, xlim = c(0, 100), xlab="%", border = NA, ylim = c(0, 25))

legend("topright", legend = rownames(plot.mat), fill = 1:5, bty = "n")

Eksisterende bilder kan også legges till gjennom vanlig markdown syntax. Noter at eps-filer angis uten filendelse.

![Nina-logoen, som eksempel på inkludering av et bilde. \label{logoen}](logo)

Hvis man trenger fler muligheter for definisjon av størrelse på en ferdig bilde, kan man også inkludere den med et avsnitt R-kod.

```r"}
knitr::include_graphics("logo.eps")

Vi kan også referere til bilder, for eksempel til figur \ref{logoen}, som er inkludert i mallen. Notere at man må ha to \\ for figurer laget i R men en \ for "eksterne" bilder.

\clearpage