In EffetsCumulatifsNavigation/ceanav: Research compendium for project on the assessment cumulative effects of marine vessel activities in the St. Lawrence

Annexe 8 {.unnumbered #annexe8}

tab <- function(nm, fr) {
  meta <- read.csv("../data/data-metadata/metadata_stresseurs.csv")
  dat <- read.csv(glue("../data/data-raw/data0063-vulnerabilite_faune_flore/vulnerabilite_{nm}.csv"))

  dat <- left_join(meta[,c("accronyme","francais")], dat, by = c("accronyme" = "categories")) %>%
         select(-accronyme)

  # Adjust column names
  # WARNING: This is ugly but it works...
  nm <- colnames(dat)
  nm[1] <- "Stresseurs environnementaux"
  nm <- gsub("frequence","Fréquence", nm)
  nm <- gsub("direct","Effet direct ou indirect", nm)
  nm <- gsub("resistance","Résistance", nm)
  nm <- gsub("retablissement","Temps de rétablissement", nm)
  nm <- gsub("reproduction","Effet sur la reproduction", nm)
  nm <- gsub("population","Effet sur la population", nm)
  nm <- gsub("statut","Statut de l'espèce", nm)
  nm <- gsub("residente","Espèce résidente", nm)
  colnames(dat) <- nm

  dat %>%
    knitr::kable(
      align = c("l", rep("c", (ncol(dat)-1)))#,
      # caption = glue("Évaluation des critères de vulnérabilité des {fr} aux stresseurs environnementaux. Référez au tableau \\@ref(tab:vulnerabilitySpecies) pour plus de détails sur les critères.")
   )
}

Évaluation des critères de vulnérabilité des frayères aux stresseurs environnementaux. Référez au tableau \@ref(tab:vulnerabilitySpecies) pour plus de détails sur les critères.

tab("frayere","frayères")

Évaluation des critères de vulnérabilité des sites d'alevinage aux stresseurs environnementaux. Référez au tableau \@ref(tab:vulnerabilitySpecies) pour plus de détails sur les critères.

tab("site_alevinage","sites d'alevinage")

Évaluation des critères de vulnérabilité des oiseaux aux stresseurs environnementaux. Référez au tableau \@ref(tab:vulnerabilitySpecies) pour plus de détails sur les critères.

tab("oiseaux","oiseaux marins")

Évaluation des critères de vulnérabilité des espèces fauniques et floristiques susceptibles aux stresseurs environnementaux. Référez au tableau \@ref(tab:vulnerabilitySpecies) pour plus de détails sur les critères.

tab("statut_susceptible","espèces fauniques et floristiques susceptibles")

Évaluation des critères de vulnérabilité des espèces fauniques et floristiques vulnérables aux stresseurs environnementaux. Référez au tableau \@ref(tab:vulnerabilitySpecies) pour plus de détails sur les critères.

tab("statut_vulnerable","espèces fauniques et floristiques vulnérables")

Évaluation des critères de vulnérabilité des espèces fauniques et floristiques menacées aux stresseurs environnementaux. Référez au tableau \@ref(tab:vulnerabilitySpecies) pour plus de détails sur les critères.

tab("statut_menace","espèces fauniques et floristiques menacées")

EffetsCumulatifsNavigation/ceanav documentation built on April 17, 2023, 1:02 p.m.