README.md

In Flyingfox1314/PPI: Building PPI network data and Gene transformation

PPI这个包主要包含了三个函数：PPI_data,PPI_hub, getGEO_url这三个函数。

其中PPI_data函数主要是用于构建蛋白互作网络，函数参数是格式为integer的ENTREZID，返回构建好的蛋白互作网络的数据。该数据是从NCBI下载到的互作数据， 地址为：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/GeneRIF/ 。清洗其中的数据，得到人类的互作关系数据集。构建成为无权网络图。

PPI_hub函数主要用于计算PPI网络的关键节点基因，内置了9种算法，这9种算法的思路来源是Cytoscape软件中的12种算法，其中五种算法是直接调用igraphR包，Radiality算法，MNC算法，DMNC算法和ClusteringCoefficient算法 是通过对应的算法公式计算得到。

getGEO_url函数是输出GEO数据库中GSE数据的对应下载的地址，其实这个函数的主体来自于生信技能树的R包GEOmirror，本来是想直接用这个R包的，但是不知道为什么，怎么也安装不上， getGEO这个函数就更不要提了，各种网络因素限制。无奈翻了GEOmirror这个包的代码，发现是生信技能树的团队，提前把GEO数据库上面的数据下载并上传到国内的服务器上面，GEOmirror这个包本身 也是访问下载地址，所以就把其中访问服务器地址的URL输出出来，直接用网页下载。非常感谢生信技能树的团队。但是因为这个R包已经不再更新，所以只能下载到一些旧的数据，新的数据没有， 所以这种方法作为一种备用方法。

Flyingfox1314/PPI documentation built on April 9, 2022, 1:49 a.m.