其中PPI_data函数主要是用于构建蛋白互作网络,函数参数是格式为integer的ENTREZID,返回构建好的蛋白互作网络的数据。该数据是从NCBI下载到的互作数据, 地址为:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/GeneRIF/ 。清洗其中的数据,得到人类的互作关系数据集。构建成为无权网络图。
PPI_hub函数主要用于计算PPI网络的关键节点基因,内置了9种算法,这9种算法的思路来源是Cytoscape软件中的12种算法,其中五种算法是直接调用igraphR包,Radiality算法,MNC算法,DMNC算法和ClusteringCoefficient算法 是通过对应的算法公式计算得到。
getGEO_url函数是输出GEO数据库中GSE数据的对应下载的地址,其实这个函数的主体来自于生信技能树的R包GEOmirror,本来是想直接用这个R包的,但是不知道为什么,怎么也安装不上, getGEO这个函数就更不要提了,各种网络因素限制。无奈翻了GEOmirror这个包的代码,发现是生信技能树的团队,提前把GEO数据库上面的数据下载并上传到国内的服务器上面,GEOmirror这个包本身 也是访问下载地址,所以就把其中访问服务器地址的URL输出出来,直接用网页下载。非常感谢生信技能树的团队。但是因为这个R包已经不再更新,所以只能下载到一些旧的数据,新的数据没有, 所以这种方法作为一种备用方法。
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