histboxplot: Gráficos de boxplot para la serie histórica incluyendo lances...

In Franvgls/CampR: Libreria de funciones en R para el programa CAMP

Gráficos de boxplot para la serie histórica incluyendo lances especiales o no y con rangos de profundidad

Description

Crea box plots con la distribución de la abundancia, en biomasa o número, no teniendo en cuenta la ponderación al área (see details) para distintas zonas: Porcupine (dns="Porc"), el Cantábrico (dns=Cant), Cádiz= (dns=Arsa), y el Mediterráneo (dns=Medi).

Usage

histboxplot(
  gr,
  esp,
  camps,
  dns = "Porc",
  cor.time = TRUE,
  incl2 = TRUE,
  es = T,
  bw = TRUE,
  ti = TRUE,
  sub = NULL,
  out.dat = FALSE,
  ind = "p",
  idi = "l",
  ceros = TRUE,
  cex.leg = 1.1,
  years = TRUE,
  profrange = NA,
  longrange = NA,
  latrange = NA,
  ranglabel = TRUE,
  nlans = TRUE,
  lan.cex = 0.6,
  graf = FALSE,
  psize = 15
)

Arguments

gr	Grupo de la especie: 1 peces, 2 crustáceos 3 moluscos 4 equinodermos 5 invertebrados 6 desechos y otros, 9 escoge todos los orgánicos pero excluye desechos
esp	Código de la especie numérico o carácter con tres espacios. 999 para todas las especies del grupo
camps	Campaña a representar en el mapa de un año concreto (XX): Demersales "NXX", Porcupine "PXX", Arsa primavera "1XX" y Arsa otoño "2XX"
dns	Elige el origen de las bases de datos: Porcupine "Porc" o "Pnew", Cantábrico "Cant", Golfo de Cadiz "Arsa" (proporciona los datos para Medits pero no saca mapas)
cor.time	Si T corrige las abundancias en función de la duración del lance
incl2	Si F no tiene en cuenta los lances especiales, si T si los tiene en cuenta, pero da problemas por que no puede calcular las abundancias estratificadas
es	Si T rotulos gráfico en español, si F en inglés
bw	Gráfico en blanco en negro si T o en color si F
ti	Añade el nombre de la especie en latín sin T, si F no añade titulo
sub	Añade un subtítulo debajo del gráfico, sin texto por defecto.
out.dat	Si T el resultado final de la función es la figura en pantalla, pero los datos en objeto
ind	Parámetro a representar saca los datos en "p"eso o "n"úmero
idi	Nombre científico de la especie ("l") o nombre común ("e")
ceros	por defecto incluye los valores de 0 al calcular los rangos y medianas, si T los quita, Es importante avisarlo en el la explicación de la gráfica
cex.leg	Varía el tamaño de letra de los ejes y del número de la leyenda
years	Si T saca los años como nombre de campaña en los paneles lattice de campañas
profrange	Si c(profmin,profmax) filtra por ese rango de profundidad por defecto NA no filtra profundidades
longrange	Si c(longmin,longmax) filtra por ese rango de longitudes por defecto NA no filtra longitudes
latrange	Si c(latmin,latmax) filtra por ese rango de latitudes por defecto NA no filtra latitudes
ranglabel	Si T incluye texto con los rangos elegidos, is F los omite
nlans	T por defecto presenta el número de lances en la campaña por encima del eje x
lan.cex	tamaño de las etiquetas del numero de lances por campaña
graf	Si F no saca nada, si pones el nombre de un gráfico lo saca saca como archivo png y al final del proceso dice dónde está el mapa con ese nombre:
psize	Tamaño del punto del archivo png, en este gráfico por defecto 15
plot	Saca el gráfico (T) o lo guarda como objeto para componer con otros gráficos (F)
escmult	Varía la relación de tamaño de los puntos con la leyenda y el máximo en los datos

Details

Estos boxplots pueden ser engañosos y hay que explicar bien en la gráfica sus resultados. Sí se decide eliminar los ceros (=F) hay que tener cuidado porque los resultados pueden depender mucho del número de lances sin captura y dar resultados muy engañosos al poder compararse datos con distinto numero de lances. Ver en examples ambas opciones

Value

Si out.dat=TRUE devuelve un data.frame con columnas: lan,lat,long,prof,peso.gr,numero (de individuos entre tmin y tmax),camp, si out.dat=F saca el gráfico en pantalla o como objeto para combinar con otros gráficos con print.trellis

See Also

Other abunds: grafhistbox.comp(), grafhistbox(), grafhisttalbox(), histboxplot.comp()

Examples

histboxplot(1,50,Nsh[7:27],"Cant",years=TRUE)
histboxplot(1,50,Nsh[7:27],"Cant",years=TRUE,ind="n")
histboxplot(1,50,Nsh[7:27],"Cant",years=TRUE,ind="n",ceros=FALSE)
histboxplot(1,50,Nsh[21:40],"Cant",years=T,ind="p",latrange=c(42,43))
histboxplot(1,50,Nsh,"Cant",latrange = c(42,43),graf="Graf")

Franvgls/CampR documentation built on Aug. 9, 2024, 5:21 a.m.