docs/radish_server_autostart.md

In GENOM-IC-Cochin/shiny-rnaseq-viz: RNA-Seq Analysis Dashboard In Shiny

Comment Radish démarre

Comment Radish démarre au boot du serveur

Pour démarrer Radish à chaque boot du serveur, j'ai décidé d'utiliser systemd, qui m'a semblé être la manière recommandée (de ce que j'ai lu) pour démarrer une application à chaque démarrage du serveur.

Son activation est gérée par systemd. Il y a donc un fichier service /etc/systemd/system/container-radish.service qui définit quand et comment démarrer Radish. Celui-ci indique que la commande doit être exécutée après network-online.target, quel service en a besoin, et comment l'éteindre si on veut le faire avec la commande systemctl stop.

Ce fichier a été auto généré par Podman via la commande podman generate systemd

• Pour avoir avoir le statut du service démarrant Radish : sudo systemctl status container-radish.service
• Pour arrêter Radish : sudo systemctl stop container-radish.service
• Pour démarrer Radish : sudo systemctl start container-radish.service
• Pour empêcher Radish de démarrer au démarrage du serveur : sudo systemctl disable container-radish.service
• Pour établir le démarrage de Radish au démarrage du serveur : sudo systemctl enable container-radish.service

Je me suis servi de ceci : https://www.redhat.com/sysadmin/container-systemd-persist-reboot sans toute la partie qui crée un utilisateur spécifique parce que je veux que Radish soit exécuté par root.

Comment relancer Radish

Le fichier situé à /home/etheimer/update_radish.sh permet de redémarrer le service qui contrôle Radish. Mais dans tous les cas il ne consiste qu'en 3 lignes dont je ne suis pas certain que la deuxième soit toujours nécessaire (il devrait faire le pull tout seul). Il doit toujours être exécuté avec sudo.

systemctl stop container-radish.service
podman pull docker.io/bsgenomique/radish:latest
systemctl start container-radish.service

GENOM-IC-Cochin/shiny-rnaseq-viz documentation built on Sept. 8, 2023, 4:23 p.m.