In IM-APHP/pmeasyr: Donnees PMSI avec R

library(pmeasyr)
library(dplyr, warn.conflicts = F)
library(dbplyr)
library(DBI)

0 - Definir l'objet de connexion a la db

0.1 - Connexion à une db MonetDBLite

dbdir <- "~/Documents/data/monetdb"
con <- src_monetdblite(dbdir)

0.2 - Connexion à une db SQLite

dbdir <- "~/Documents/data/sqlite/pmsi.sqlite"
con <- src_sqlite(dbdir)

0.3 - Connexion à une db PostgreSQL

con <- src_postgres(user = "gui", password = "gui", dbname = "aphp",
                    host = "localhost", port = 5432)

1 - Definir le noyau de parametres pmeasyr

# noyau_skeleton()
p <- noyau_pmeasyr(
  finess   = '750712184',
  annee = 2016,
  mois     = 12,
  path     = '~/Documents/data/mco',
  progress = F, 
  tolower_names = T, # choix de noms de colonnes minuscules : T / F
  n_max = 1e4, # on limite la lecture a un petit nombre de lignes pour tester d'abord
  lib = F)

2 - Integrer les tables pmsi dans la db a laquelle on est connecte

MCO

Avec les fonctions db_mco_in et db_mco_out, les tables rum, actes et diagnostics des rums, les tables rsa, actes, diagnostics et passages um et ano des rsa sont integrees dans la db, avec le fichier tra accole.

# Tables mco in 2011
purrr::quietly(db_mco_in)(con,  p, annee = 2011) -> ok # on analyse l'objet ok ensuite : ok ?
# ... 2012 -- 2015
purrr::quietly(db_mco_in)(con,  p, annee = 2016) -> ok # on analyse l'objet ok ensuite : ..

# Tables mco out 2016
purrr::quietly(db_mco_out)(con,  p, annee = 2016) -> ok # on analyse l'objet ok ensuite : ..
# ...

RSF

Avec la fonction db_rsf_out, tous les rafael du out sont integrees dans la db, un par table (A, B, C, etc) et la table ano-ace.

p$path <- "~/Documents/data/rsf"

# Tables rsf out 2016
purrr::quietly(db_rsf_out)(con,  p, annee = 2016) -> ok # on analyse l'objet ok ensuite : ..

Table par table

Un exemple pour la table rapss de l'had.

# Exemple en had
p$path <- "~/Documents/data/had"

irapss(p, annee = 2015) -> tables_had

# Table had rapss 2015
purrr::quietly(db_generique)(con, an = 15, table = tables_had$rapss, prefix = 'had', suffix =  'rapss_rapss') -> ok
# had_15_rapss_rapss

3 - Connections Tab dans RStudio

Pour pouvoir profiter de l'onglet Connections dans RStudio v1.1, vous pouvez définir l'objet con comme suit :

con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(), "PostgreSQL")
con <- dbplyr::src_dbi(con)

Et vous pourrez alors naviguer dans les 1 000 premières lignes de chacune des tables.

IM-APHP/pmeasyr documentation built on Feb. 19, 2025, 6:17 a.m.