In INESSS-QC/admissibilite1: Admissibilité des individus

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE,  # afficher code
                      message = FALSE,  # supprimer message
                      warning = FALSE,  # supprimer avertissements
                      comment = "#>",  # symbole à afficher devant résultats
                      eval = FALSE)
library(admissibilite1)
dir <- "V:/GI-Data/_Tables_Admissibilite_Agregees"
options(scipen = 999)

Avertissement
La personne qui utilise ces fonctions devrait préalablement lire le protocole méthodologique et être à l'aise avec tous les concepts qui y sont expliqués.

Note d'utilisation
Certaines fonctions doivent être exécutées dans un ordre précis. Lorsque c'est le cas, on peut lire aux sections Argument : « Dataset créé par la fonction [...] ».

Pour utiliser la première fonction import_struct(), vous devez avoir accès au dossier contenant les fichiers .rds (commençant par AFxxxx) des périodes d'admissibilité pour chaque année financière : r dir.

Chaque fichier fait référence à une année financière et indique quels sont les individus qui sont admissibles au moins une journée durant cette année. Si vous n'avez pas accès à ce dossier, veuillez contacter la personne-ressource.

# update_admissibilite1 ### Description Installation de la dernière version disponible de la librairie *admissibilite1*. Évite d'utiliser la fonction `install_github()`. # verif_source ### Description Indique par

OK

ou

ERREUR.

si on peut utiliser la fonction `import_struct()`.

# import_struct ### Description Création de la table d'étude à partir d'une ou plusieurs années financières pour déterminer la période d'admissibilité de chaque individu entre les dates de `DebutEtude` et de `FinEtude`. ### Arguments * **`database`** : Sélection des données entre l'assurance maladie (`"rqam"`) ou l'assurance médicament (`"rpam"` ou `"prior"`). * **`DebutEtude`** : Date de début d'étude. * **`FinEtude`** : Date de fin d'étude. * **`id_list`** : Permet d'extraire les observations d'individus en particulier. `NULL` implique tous les individus. * **`id_absents`** : Nom de la variable dans le `Global Environment` contenant, s'il y a lieu, les individus de `id_list` ne faisant pas parti des bases de données d'admissibilité. ### Détails * La fonction importera tous les fichiers commençant par `AFxxxx` où `xxxx` est un nombre entier indiquant une année financière. ### Usage Exemple : wzxhzdk:1 ### Résultat Tableau indiquant les périodes d'admissiblité de chaque individu entre `DebutEtude` et `FinEtude`. Chaque observation indique une période d'admissibilité ininterrompu. Les colonnes sont, dans cet ordre : * **`ID`** : Numéro de l'identifiant. * **`SEXE`** : Sexe de l'identifiant. * **`DDN`**, **`DDC`** : Date de naissance, de décès. * **`DDsld`** : Première date de soin de longue durée. * **`DDP`**, **`DFP`** : Date de début et de fin de la période d'admissibilité.

# admis_analyse ### Description Table de la cohorte d'étude. Tableau des résultats avec une ligne par individu indiquant si celui-ci est admis en continue à l'intérieur de la période d'étude. ### Argument * **`dt`** : Dataset créé par la fonction `import_struct()`. ### Usage Exemple : wzxhzdk:2 ### Résultat Tableau ayant une ligne par individu et les colonnes suivantes : * **`ID`** : Numéro de l'identifiant. * **`DDN`**, **`DDC`** : Date de naissance, de décès. * **`DDsld`** : Première date de soin de longue durée. * **`NJRSadmis`** : Nombre de jours où l’individu est admissible à l'intérieur de la période d'étude \eqn{\sum (DFP_i - DDP_i + 1)}. * **`DDetude`**, **`DFetude`** : Date de début et de fin de la période d'étude. * **`NJRSpotentiel_Etude`** : Nombre de jours maximum qu'un individu peut être admissible entre la date de début et la date de fin de la période d'étude. * **`Admis_Continue_Etude`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue par rapport aux dates d’étude (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_Etude` = 1). * **`DDsuivi`**, **`DFsuivi`** : Date de début et de fin de suivi. * **`NJRSpotentiel_Suivi`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date de fin et la date de début de suivi. * **`Admis_Continue_Suivi`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue par rapport aux dates de suivi (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_Suivi` = 1). * **`Dentree`**, **`Dsortie`** : Date d'entrée et date de sortie. * **`NJRSpotentiel_ES`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date d’entrée et la date de sortie. * **`Admis_Continue_ES`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue entre la date d'entrée et celle de sortie. (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_ES` = 1). * **`Enais`**, **`Sdc`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l'individu est né ou décédé durant la période d'étude.

# admis_analyse2 ### Description Bilan d'admissibilité sur la période d'étude. ### Argument * **`dt`** : Dataset créé par la fonction `admis_analyse()`. ### Usage Exemple : wzxhzdk:3 ### Résultat Tableau indiquant le nombre d'observations de différentes variables (Voir document méthodologique, *Bilan d'admissibilité sur la période d'étude*) : * **`Variable`** : Nom de la variable décrite. * **`Nbre`** : Nombre d'observations respectant les conditions. * **`Ratio`** : `Nbre` / `nID`. * **`nID`** : Nombre d'individus totaux.

# admis_analyse_pros ### Description Table de l'admissiblité prospective. Indique la première période d'admissibilité pour chaque individu. ### Arguments * **`dt`** : Dataset créé par la fonction `import_struct()`. ### Usage Exemple : wzxhzdk:4 ### Résultat Tableau ayant une ligne par individu et les colonnes suivantes : * **`ID`** : Numéro de l'identifiant. * **`SEXE`** : Sexe de l'identifiant. * **`DDN`**, **`DDC`** : Date de naissance, de décès. * **`DDsld`** : Première date de soin de longue durée. * **`DDP_pros`**, **`DFP_pros`** : Date de début et de fin de la période d'admissibilité. * **`NJRSadmis_pros`** : Nombre de jours où l’individu est admissible à l'intérieur de la période d'étude \eqn{\sum (DFP_i - DDP_i + 1)}. * **`DDetude`**, **`DFetude`** : Date de début et de fin de la période d'étude. * **`NJRSpotentiel_Etude`** : Nombre de jours maximum qu'un individu peut être admissible entre la date de début et la date de fin de la période d'étude. * **`Admis_Continue_Etude`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue par rapport aux dates d’étude (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_Etude` = 1). * **`DDsuivi_pros`**, **`DFsuivi_pros`** : Date de début et de fin de suivi. * **`NJRSpotentiel_Suivi_pros`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date de fin et la date de début de suivi. * **`Admis_Continue_Suivi_pros`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue par rapport aux dates de suivi (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_Suivi` = 1). * **`Dentree_pros`**, **`Dsortie_pros`** : Date d'entrée et date de sortie. * **`NJRSpotentiel_ES_pros`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date d’entrée et la date de sortie. * **`Admis_Continue_ES_pros`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue entre la date d'entrée et celle de sortie. (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_ES` = 1). * **`Enais_pros`**, **`Sdc_pros`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l'individu est né ou décédé durant la période d'étude.

# admis_analyse_retro ### Description Table de l'admissiblité rétrospective. Indique la période d'admissibilité la plus récente (la dernière) pour chaque individu. ### Arguments * **`dt`** : Dataset créé par la fonction `import_struct()`. ### Usage Exemple : wzxhzdk:5 ### Résultat Tableau ayant une ligne par individu et les colonnes suivantes : * **`ID`** : Numéro de l'identifiant. * **`SEXE`** : Sexe de l'identifiant. * **`DDN`**, **`DDC`** : Date de naissance, de décès. * **`DDsld`** : Première date de soin de longue durée. * **`DDP_retro`**, **`DFP_retro`** : Date de début et de fin de la période d'admissibilité. * **`NJRSadmis_retro`** : Nombre de jours où l’individu est admissible à l'intérieur de la période d'étude \eqn{\sum (DFP_i - DDP_i + 1)}. * **`DDetude`**, **`DFetude`** : Date de début et de fin de la période d'étude. * **`NJRSpotentiel_Etude`** : Nombre de jours maximum qu'un individu peut être admissible entre la date de début et la date de fin de la période d'étude. * **`Admis_Continue_Etude`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue par rapport aux dates d’étude (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_Etude` = 1). * **`DDsuivi_retro`**, **`DFsuivi_retro`** : Date de début et de fin de suivi. * **`NJRSpotentiel_Suivi_retro`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date de fin et la date de début de suivi. * **`Admis_Continue_Suivi_retro`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue par rapport aux dates de suivi (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_Suivi` = 1). * **`Dentree_retro`**, **`Dsortie_retro`** : Date d'entrée et date de sortie. * **`NJRSpotentiel_ES_retro`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date d’entrée et la date de sortie. * **`Admis_Continue_ES_retro`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue entre la date d'entrée et celle de sortie. (`NJRSadmis`/`NJRSpotentiel_ES` = 1). * **`Enais_retro`**, **`Sdc_retro`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l'individu est né ou décédé durant la période d'étude.

# admis_period_indiv ### Description Indique, selon une période d'étude, quelle est la ou les périodes d'admissiblité à l'intérieur de cet intervalle d'étude. ### Arguments * **`database`** : Sélection des données entre l'assurance maladie (`"rqam"`) ou l'assurance médicament (`"rpam"` ou `"prior"`). * **`dt`** : Dataset fourni par l'utilisateur indiquant les périodes d'étude pour chaque individu. * **`ID`** : Nom de la colonne contenant l'identifiant unique de l'usager. * **`DebutIndex`** : Nom de la colonne contenant les dates de début des périodes index. * **`FinIndex`** : Nom de la colonne contenant les dates de fin des périodes index. * **`method`** : `1` : renvoie un tableau ayant une ligne par individu (voir [admis_analyse](#admis_analyse)). `2` : Semblable à `method = 1`, sauf que l'**on conserve la ou les périodes où l'individu est admissible** (Peut y avoir plusieurs observations pour un même individu). * **`keep_colnames`** : `TRUE` ou `FALSE`. Conserver le nom initial des colonnes `ID`, `DebutIndex` et `FinIndex`. Si `FALSE`, les noms seront `"ID"`, `"DebutIndex"` et `"FinIndex"`. ### Usage Exemple : wzxhzdk:6 ### Résultat * **`ID`** : Numéro de l'identifiant. * **`SEXE`** : Sexe de l'identifiant. * **`DDN`**, **`DDC`** : Date de naissance, de décès. * **`DDsld`** : Première date de soin de longue durée. * **`DebutIndex`**, **`FinIndex`** : Date de début et de fin de la période index. * **`NJRSpotentiel_Idx`** : Nombre de jours maximum qu'un individu peut être admissible entre la date de début et la date de fin de la période index. * **`DDP`**, **`DFP`** : Date de début et de fin de la période d'admissibilité (seulement si `method = 2`). * **`NJRSadmis_Idx`** : Nombre de jours où l’individu est admissible à l'intérieur de la période index. \eqn{\sum (DFP_i - DDP_i + 1)}. * **`Admis_Continue_Idx`** : `TRUE` ou `FALSE.` Indique si l’individu est admissible en continue par rapport à la période index (`NJRSadmis_Idx`/`NJRSpotentiel_Idx` = 1). * **`DDsuivi_Idx`**, **`DFsuivi_Idx`** : Date de début et de fin de suivi. * **`NJRSpotentiel_Suivi_Idx`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date de fin et la date de début de suivi. * **`Admis_Continue_Suivi_Idx`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue par rapport aux dates de suivi (`NJRSadmis_Idx`/`NJRSpotentiel_Suivi_Idx` = 1). * **`Dentree_Idx`**, **`Dsortie_Idx`** : Date d'entrée et date de sortie. * **`NJRSpotentiel_ES_Idx`** : Nombre de jours maximum qu’un individu peut être admissible entre la date d’entrée et la date de sortie. * **`Admis_Continue_ES_Idx`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l’individu est admissible en continue entre la date d'entrée et celle de sortie. (`NJRSadmis_Idx`/`NJRSpotentiel_ES_Idx` = 1). * **`Enais_Idx`**, **`Sdc_Idx`** : `TRUE` ou `FALSE`. Indique si l'individu est né ou décédé durant la période index.

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