In INESSS-QC/admissibilite1: Admissibilité des individus

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE,
                      comment = "#>",
                      out.width = "100%")
library(data.table)
library(lubridate)

Objectif

Joindre des périodes d'admissibilité à des périodes index. On conservera les périodes d'admissibilité qui chevauchent au moins une journée la période index.

Datas

• data_admis :
  Dataset créé par la fonction import_struct(). Indique le début et la fin d'une période d'admissibilité sans interruption pour un ID.
• data_index :
  Dataset fourni par l'utilisateur. Indique le début et la fin des périodes index pour un ID.

Code préliminaire

# Création des datasets d'analyse
data_admis <- data.table(  # dataset créé par la fonction import_struct()
  ID = c(1, 1, 2, 3, 4, 5),
  DateNais = c(-100, -100, -98, -97, -96, 201),
  DateDeces = c(NA, NA, NA, NA, 170, NA),
  DebutAdmis = c(1, 21, 47, 90, 150, 201),
  FinAdmis = c(10, 30, 60, 130, 170, 260)
)
data_admis[  # arranger le dataset pour le rendre vraisemblable
  , `:=` (ID = as.integer(ID),
          DateNais = as_date(DateNais) + 15000,
          DateDeces = as_date(DateDeces) + 15000,
          DebutAdmis = as_date(DebutAdmis) + 15000,
          FinAdmis = as_date(FinAdmis) + 15000)
][]  # afficher tableau

data_index <- data.table(  # dataset fourni par l'utilisateur
  ID = c(1, 2, 3, 4, 5, 6),
  DebutIndex = c(1, 41, 101, 161, 195, 301),
  FinIndex = c(10, 50, 110, 180, 260, 310)
)
data_index[  # arranger le dataset pour le rendre vraisemblable
  , `:=` (ID = as.integer(ID),
          DebutIndex = as_date(DebutIndex) + 15000,
          FinIndex = as_date(FinIndex) + 15000)
][]  # afficher tableau


# Manipulations
dt <- merge(  # joindre les périodes admis à index
  data_admis, data_index,  # admis en premier pour avoir DateNais+DateDeces au début
  by = "ID"
)
dt[]
dt <- dt[FinAdmis >= DebutIndex & DebutAdmis <= FinIndex]  # conserver les admis qui chevauchent index
dt[]
dt[DebutAdmis < DebutIndex, DebutAdmis := DebutIndex]  # ajuster les dates Admis pour les inclure dans
dt[FinAdmis > FinIndex, FinAdmis := FinIndex]          # l'intervalle index
dt[]
dt[, `:=` (nJours_index = as.integer(FinIndex - DebutIndex + 1L),   # indiquer le nombre de jour pour
           nJours_admis = as.integer(FinAdmis - DebutAdmis + 1L))]  # index et admis
dt[]
dt[, ratio := nJours_admis / nJours_index]  # ratio indiquant le nombre de jours admissible dans index
dt[, estNe := FALSE]  # indiquer si ID est né lors de la période index
dt[DebutIndex <= DateNais & DateNais <= FinIndex, estNe := TRUE]
dt[, estDCD := FALSE]  # indiquer si ID est décédé lors de la période index
dt[DebutIndex <= DateDeces & DateDeces <= FinIndex, estDCD := TRUE]
dt[]
dt[, Admis_Continue := FALSE]
dt[ratio == 1, Admis_Continue := TRUE]
dt[]
dt[, Admis_Continue_Nais := FALSE]  # admis en continue depuis sa naissance
dt[  # TRUE si période index commence avant naissance, mais ID toujours admissible
  DateNais == DebutAdmis  # admissible à partir de la naissance
  & DebutAdmis >= DebutIndex  # admissible après début index
  & FinAdmis == FinIndex,  # admissible jusqu'à la fin
  Admis_Continue_Nais := TRUE
]
dt[, Admis_Continue_Deces := FALSE]  # admis en continue jusqu'à sa mort
dt[
  DebutAdmis == DebutIndex  # admissible dès le début
  & DebutIndex <= DateDeces & DateDeces <= FinIndex  # date de décès dans intervalle index
  & FinAdmis == DateDeces,  # admissible jusqu'à sa mort
  Admis_Continue_Deces := TRUE
]

À vérifier

• Date de naissance selon période d'admissibilité. Date de naissance toujours au 15e du mois. Est-ce que les dates de début d'admissibilité commence avant et après? Si c'est le cas, cela sera compliqué de savoir si un ID est admissible depuis la naissance. On inclura seulement la moitié des ID (ceux né le 15 ou avant).
• Même chose que précédemment, mais pour la date de décès.

INESSS-QC/admissibilite1 documentation built on Aug. 7, 2020, 9:39 a.m.