tests/tests-verifs/Verif-conditions-1.R

In INESSS-QC/admissibilite1: Admissibilité des individus

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#' geometry: margin=1.15cm
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### Vérifier que les dans les tables_cohortes les conditions suivantes sont toujours respectées :
###   1) DDetude <= DDsuivi <= Dentree <= DDsld <= Dsortie <= DFsuivi <= DFetude
###   2) DDN <= DDsuivi
###   Précisions :
###     * [...] Dentree <= DDsld <= Dsortie [...]
###           si DDsld != NA, DDetude <= DDsld <= DFetude
###     * [...] Dsortie <= DFsuivi <= DFetude [...]
###           si DDC != NA, DFsuivi <= DDC
#+ message=FALSE, warning=FALSE
library(data.table)
library(admissibilite1)

DT <- readRDS("V:/GI-Data/_ADMIS/R data/AssuMedicament/AF2018_dataExtract2019-10-03_2019-11-14.rds")  # AF2018
DDetude <- as.Date("2018-04-01"); DFetude <- as.Date("2019-03-31")
DT <- admis_analyse(DT)  # créer table cohorte

# Vérifications
# !(DDEtude <= DDsuivi)
DT[DDetude > DDsuivi]
# !(DDsuivi <= Dentree)
DT[DDsuivi > Dentree]
# !(Dentree <= DDsld) s'il y a une date durant la période d'étude
DT[
  Dentree > DDsld
  & DDetude <= DDsld & DDsld <= DFetude,
  .(Dentree, DDsld)  # colonnes à afficher
]
# !(DDsld <= Dsortie)
DT[
  DDsld > Dsortie,
  .(Dsortie, DDsld)  # colonnes à afficher
]
# !(Dsortie <= DFsuivi)
DT[Dsortie > DFsuivi]
# !(DFsuivi <= DFetude)
DT[DFsuivi > DFetude]

# !(DDN <= DDsuivi)
DT[DDN > DDsuivi]
# !(DFsuivi <= DDC)
DT[DFsuivi > DDC]