In Ianzoflo/Proyecto-final: What the Package Does (One Line, Title Case)

1. Pregunta específica de investigación

La especialización de la dieta puede influir en el rendimiento ecológico de Ectophylla alba, el cual se alimenta principalmente del fruto de Ficus colubrinae; aunque también se reporta a Ficus schippii como fuente secundaria (Rodríguez-Herrera et al., 2007; Villalobos et al., 2017). Por lo que se plantea la pregunta ¿Cómo influye la presencia de árboles de Ficus colubrinae en la distribución biogeográfica de Ectophylla alba en Costa Rica?

2. Variables relevantes

Se tiene la distribución de F. colubrinae como la variable causa y la distribución de E. alba como variable respuesta. Además, se sabe que la distribución de Heliconia sp. también se relaciona con la distribución de E. alba, ya que este murciélago usa sus hojas para construir refugio. Sin embargo no se tienen datos de esta variable, por lo que se tomó como una variable no observable.

library(dagitty)
library(ggdag)

# crear DAG

g <- dagitty("dag{
x -> y ; z -> y
x [exposure]
y [outcome]
z [unobserved]
}")

#Graficar el dag

ggdag(g, layout = "circle") + theme_dag()

Figura 1. DAG de interacciones entre variables, se toma la distribución de E. alba (y) como variable respuesta, distribución de F. colubrinae (x) como variable causa y la presencia de Heliconia sp. (z) como variable inobservable.

Al Heliconia sp. ser una variable inobservable, y la distribución de E. alba y F. colubrinae una relación directa, no es necesario condicionar ninguna variable.

3. ¿De donde vienen los datos?

Se obtuvieron datos para F. colubrinae y E. alba mediante dos repositorios de datos: Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad (GBIF) (GBIF.org, 2020) y el Catálogo del Museo Nacional de Costa Rica (Museo Nacional de Costa Rica, 2020). Ambos repositorios son muestras de museos y herbarios, y cuentan con información sobre el individuo en el momento de la colecta. Se utilizaron únicamente los datos con coordenadas geográficas, o con suficiente información en la descripción del lugar como para otorgarle coordenadas geográficas de forma manual. En el caso de E. alba también se utilizaron datos brindados por el Programa para la Conservación de los Murciélagos de Costa Rica (PCMCR) de sus conteos navideños. Se utilizó QGIS (QGIS, 2020) para verificar que las muestras se encontraran en su rango natural, y así disminuir el margen de error. Los datos de F. colubrinae tenían datos de la vertiente del Pacifico, por lo que se realizó manualmente una base de datos con únicamente los datos que correspondían al Caribe, además para los de E. alba se comprobó si estaban en su rango natural.

4. Análisis de los datos

Se realizó un Test de Mantel-Haenszel para matrices iguales, utilizando un coeficiente de correlación de Pearson y 999 permutaciones. Esta prueba consiste en estimar si hay o no correlación, ya sea positiva o negativa, entre dos conjuntos de datos de distancias, en este caso, matrices.

Cargar los datos

#Cargar datos de E. alba
library(readr)
alba <- read_delim("C:/Users/MASTER/Desktop/Proyecto_finalP/Proyecto-final/R/E.alba.csv", 
                   ";", escape_double = FALSE, col_types = cols(Especie = col_factor(levels = c("Ectophylla_alba")), 
                                                                LatitudDecimal = col_number(), LongitudDecimal = col_number()), 
                   trim_ws = TRUE)


#Cargar datos de F. colubrinae
colu <- read_delim("C:/Users/MASTER/Desktop/Proyecto_finalP/Proyecto-final/R/F.colubrinae.csv", 
                   ";", escape_double = FALSE, col_types = cols(Especie = col_factor(levels = c("Ficus_colubrinae")), 
                                                                LatitudDecimal = col_number(), LongitudDecimal = col_number()), 
                   trim_ws = TRUE)

Se realizan las matrices para cada variable

#Matriz para E. alba
a <- matrix(alba$LatitudDecimal, alba$LongitudDecimal, nrow = 124, ncol = 124)

#Matriz para F. colubrinae
c <- matrix(colu$LatitudDecimal, colu$LongitudDecimal, nrow = 124, ncol = 124)

Se realizan las pruebas de mantel

library (vegan)

mantel.Ecto <-mantel(a, c, method = "pearson", permutations = 999)
mantel.Ecto

5. Interpretacion de resultados

Al realizar el Test de Mantel-Haenszel para matrices iguales, se obtuvo un coeficiente de correlación positivo, sin embargo el nivel de significancia fue mayor a 0.05 (r estadístico de Mantel: 0.01779, significancia: p>0.05; permutaciones= 999). Al tener un valor de r positivo, se interpreta que la correlación entre las dos variables es directamente proporcional, sin embargo el pvalue indica que esta correlación no es significativa. Esta falta de significancia se puede deber a la falta de relación entre los datos, ya que al ser datos de diferentes bases limita el estudio en cuanto a la conectividad que se le pueda dar a ambas especies. Es posible que la base datos de F. colubrinae omitiera a muchos individuos presentes en la zona, esto crea un sesgo, pues no se contemplan individuos que puedan esclarecer la relación y dinámica entre ambas especies. Sin embargo como se observa en la Fig 2. la mayoría de ubicaciones de F. colubrinae coinciden con las ubicaciones de E. alba.

Figura 2. Distribución geográfica de colectas para individuos de Ectophylla alba (puntos blancos) y Ficus colubrinae (puntos rojos) en la vertiente Caribe.

Referencias

GBIF.org. (2020). Ectophylla alba. GBIF Occurrence. https://www.gbif.org/es/occurrence/search?offset=40&taxon_key=2433222

Museo Nacional de Costa Rica. (2020. Ficus colubrinae. Museo Nacional de Costa Rica. https://biodiversidad.museocostarica.go.cr/?coleccion_id=4

QGIS. (2020). QGIS Geografical Information System (Versión 3.12.1-București). GNU. https://qgis.org/es/site/

Rodríguez-Herrera, B., Medellín, R. A., Timm, R. M., & Barquero, K. (2007) Murciélagos neotropicales que acampan en hojas/Neotropical tent-roosting bats. INBio, Heredia, Costa Rica.

Villalobos, D., Spinola, N., Heer, K., Kalko, E. & Rodríguez, B. (2017). Implications of a specialized diet for the foraging behavior of the honduran white bat, Ectophylla alba (Chiroptera: Phyllostomidae). Journal of mammalogy, 98(4), 1193-1201.