In InseeFrLab/funcamp-r-grimoire: Ressources pédagogiques funcamp

library(rio)
library(learnr)
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

dir.create(paste0(tempdir(),"/data"))
dir.create(paste0(tempdir(),"/data/chapitre2"))

file.copy(from = system.file(package = "funcampR","data","chapitre2/pontes_semaine1.sas7bdat"),
          to = paste0(tempdir(),"/data/chapitre2/pontes_semaine1.sas7bdat"))
file.copy(from = system.file(package = "funcampR","data","chapitre2/pontes_semaine2.xls"),
          to = paste0(tempdir(),"/data/chapitre2/pontes_semaine2.xls"))
file.copy(from = system.file(package = "funcampR","data","chapitre2/pontes_semaine3.ods"),
          to = paste0(tempdir(),"/data/chapitre2/pontes_semaine3.ods"))
file.copy(from = system.file(package = "funcampR","data","chapitre2/pontes_semaine4.csv"),
          to = paste0(tempdir(),"/data/chapitre2/pontes_semaine4.csv"))

Vous venez de rencontrer la fermière du village Kokoro, désespérée d'avoir perdu le livre de compte où, chaque jour, elle note consciencieusement le nombre de pontes.

Aidons IcaRius à reconstituer le livre de compte. Ce dernier n'est pas tout à fait perdu : il en reste une copie, éclatée dans plusieurs fragments par le redoutable sorcier SaSSoS ! Pour corser le tout, chaque fragment a été ensorcelé et semble indéchiffrable... Ils sont en effet chacun dans d'étranges formats : SAS, Excel, Calc...

Aie aie aie.

Un Sasseur sait bien sasser... sur R ?

Commençons par le fragment ensorcelé sous le format SAS - qui rappellera peut-être quelques souvenirs aux aventuriers les plus aguerris. Nous allons donc apprendre, en R, à lire un fichier SAS.

Le contenu de ce fichier - que seul le terrible SaSSoS est normalement capable de lire, est le suivant :

Pour charger un fichier, nous allons utiliser un sortilège prévu à cet effet dans R. Dans le monde des Runes, un sortilège est identifié par son nom suivi de parenthèses :nomsortilege(). Nous en parlerons davantage dans un prochain chapitre.

Pour lors, nous allons découvrir un premier sortilège, dénommé import(), qui permet, comme son nom l'indique, d'importer (import) un fichier dans R. Pour utiliser import(), il y a un ingrédient à préciser : l’emplacement du fichier à lire.

# J'importe le fichier
import("chemin_du_fichier")

Pour s'y retrouver, autant tout de suite ranger ce que l'on est en train d'importer dans R. Pour cela, on assigne à un nouvel objet le contenu du fichier importé, en choisissant astucieusement le nom de cet objet. Par exemple, appelons livre_compte_1 ce qui sera importé dans R en lisant le fichier SAS.

# J'importe le fichier et je l'assigne à l'objet livre_compte_1
livre_compte_1 <- import("chemin_du_fichier")

De cette façon, en appelant l'objet livre_compte_1 dans la console R, il est aisé d'en consulter le contenu. En l'occurence :

livre_compte_1 <- import(paste0(tempdir(),"/data/chapitre2/pontes_semaine1.sas7bdat"))

# J'affiche le contenu de l'objet livre_compte_1
livre_compte_1

Et voilà, c'est fini pour le premier fichier ! Ce dernier donne le nombre de pontes par poule pour une semaine complète. Il comporte deux types d'information : le nom de la poule (colonne Poule) et le nombre d'oeufs pondus (colonne Oeufs). Il y a 6 enregistrements, un par poule. Par exemple, la poule Kokot a pondu 26 oeufs - c'est d'ailleurs la meilleure pondeuse de la semaine !

Et si vous pratiquiez vous-même ? Pour cela, il faut d'abord trouver l’emplacement du fichier à lire...

Vous suivez ce tutoriel à partir d'une clef USB, ou vous avez installé le grimoire de tutoriels sur votre poste de travail? Cherchons dans ce cas l'emplacement à partir de l'explorateur dans windows.

**Attention :** pour spécifier le chemin d’un fichier, il va falloir jongler avec les signes cabalistiques que sont les `/` et les `\` (ça ne s'appelle pas le langage des Runes pour rien). Contrairement à Windows où le backslash `\` est utilisé pour écrire un chemin, en R il faut écrire avec un slash `/`. Pensez donc à modifier le chemin du répertoire lors d'un copier coller de ce dernier depuis l’explorateur. Enfin, n'oubliez pas d'ajouter à la fin le nom du fichier (`pontes_semaine1`) avec son extension (`.sas7bdat`).

Dans l'exemple ci-dessus, la bonne adresse pour notre fichier de ponte est E:/data/chapitre2/pontes_semaine1.sas7bdat. Attention, dans votre cas, la première lettre peut être différente et dépend de votre poste de travail (lettre D, E, F...).

Vous suivez ce tutoriel en ligne, par exemple avec le SSPCloud ? Dans ce cas, la bonne adresse pour notre fichier de ponte est ../data/chapitre2/pontes_semaine1.sas7bdat (pour ainsi dire, il faut substituer ../ à E:/ pour indiquer à R de chercher le fichier dans le stockage de la plateforme en ligne

Selon votre version du tutoriel (sur clef/poste ou sur Internet), chargez vous-même le fichier dans une table nommée livre_compte_1

# Charger le fichier pontes_semaine1.sas7bdat en indiquant son chemin
# et assigner le résultat à l'objet nommé livre_compte_1


# Afficher le contenu de l'objet livre_compte_1

**Aide 1:** Utiliser la fonction `import()`. Veillez à indiquer le bon chemin entre parenthèses

Tremblez, messieurs les tableurs

Bon, il nous reste à ouvrir les autres fragments. Deux d'entre eux correspondent à des fichiers produits par des tableurs, comme Excel (extension .xls ou xlsx) et Calc (extension .ods). Pour les ouvrir... nous allons utiliser le même sortilège que précédemment. Et oui : le sortilège import() permet aussi d'ouvrir les documents des tableurs ! Magiques !

Comme précédemment, il nous faut spécifier le chemin du fichier, et bien veiller à renseigner son extension (ce qui figure après le .). Une astuce à ce sujet : dans l'explorateur Windows, l'extension d'un fichier est parfois masquée. Comment dans ce cas découvrir l'extension des fichiers pontes_semaine2, pontes_semaine3 et pontes_semaine4 dans l'exemple ci-dessous ?

Dans l'explorateur Windows, vous pouvez faire un clic-droit sur le nom du fichier que vous souhaitez consulter (par exemple pontes_semaine2) puis choisir dans la liste déroulante Propriétés. Sur l'onglet qui apparaît, une ligne donne le type de fichier et précise l'extension (ici, .xls).

Nous avons donc deux fichiers issus de tableurs :

• pontes_semaine2.xls (Excel)
• pontes_semaine3.ods (Calc)

Importons dans R le fichier Excel pontes_semaine2.xls

livre_compte_2 <- import(paste0(tempdir(),"/data/chapitre2/pontes_semaine2.xls"))

# Je charge le fichier pontes_semaine2.xls en indiquant son chemin
livre_compte_2 <- import("E:/data/chapitre2/pontes_semaine2.xls")

# J'affiche le contenu de l'objet livre_compte_2
livre_compte_2

Tiens tiens. Chaque semaine, la poule Kokot l'emporte haut les plumes côté pontes... Serait-ce la meilleure pondeuse de la ferme ?

À vous de pratiquer

Pour ouvrir le fichier calc pontes_semaine3.ods, la marche à suivre est identique à celle vue précédemment : il vous faudra utiliser le sortilège import(), en indiquant le chemin du fichier à ouvrir. À vous de jouer !

# Charger le fichier pontes_semaine3.ods en indiquant son chemin
# et assigner le résultat à l'objet nommé livre_compte_3


# Afficher le contenu de l'objet livre_compte_3


# Trouver dans le tableau quelle est la meilleure pondeuse de la semaine.

# Charger le fichier pontes_semaine3.ods en indiquant son chemin
# et assigner le résultat à l'objet nommé livre_compte_3
# Version sur clef USB (lettre E à changer éventuellement)
livre_compte_3 <- import("E:/data/chapitre2/pontes_semaine3.ods")
# Version en ligne
livre_compte_3 <- import("../data/chapitre2/pontes_semaine3.ods")
# Afficher le contenu de l'objet livre_compte_3
livre_compte_3

# Trouver dans le tableau quelle est la meilleure pondeuse de la semaine.

Découvrons le contenu du fichier

livre_compte_4 <- import(paste0(tempdir(),"/data/chapitre2/pontes_semaine4.csv"))

Maintenant que vous savez charger un fichier, apprenons les sortilèges élémentaires pour décrire le contenu d'un fichier : les variables qu'il comporte, le nombre d'observations (de lignes) et l'affichage d'un extrait du fichier (plutôt que sa totalité).

Nous allons découvrir ces sortilèges sur l'exemple du livre de compte pour la 4ème semaine : ce dernier est déjà chargé, sous le nom livre_compte_4.

Affichage du nom des variables

La fonction names() permet de connaître les différentes variables comprises dans un fichier, ou dit autrement de connaître le nom des colonnes du tableau de données :

# Affichage du nom des variables
names(livre_compte_4) 

Affichage du nombre de lignes

Reste à savoir combien d'observations - combien de lignes - comprend un fichier. Mot à mot, nous voulons connaître le nombre de lignes (row en anglais), d'où la fonction nrow()

# Affichage du nombre de lignes (nombre d'observations)
nrow(livre_compte_4) 

Il y a 6 enregistrements dans le registre (6 lignes dans le tableau de données).

Affichage des premières lignes du fichier

Pour afficher les premières lignes du fichier, nous allons utiliser la fonction head() (head = tête, début), en lui indiquant deux paramètres : le nom du fichier concerné, et le nombre de lignes à présenter. Par exemple, pour livre_compte_4 et le choix des 3 premières lignes :

# Affichage des premières lignes contenues dans le fichier
head(livre_compte_4,3) 

Vous noterez qu'ici, le sortilège head() a été utilisé avec deux paramètres, séparés par une virgule.

On peut changer le nombre de lignes à afficher, et choisir de consulter les 6 premières lignes (ici, c'est donc la totalité du fichier).

# Affichage des premières lignes contenues dans le fichier
head(livre_compte_4,6) 

Revenons à nos oeufs...

Nous avons maintenant le pouvoir de charger dans R des fichiers de différents formats, et d'en connaître les variables. Les quelques exemples ici sont loin d'être exhaustifs : avec import(), vous pourriez aussi charger des fichiers au format SPSS, Stata, Matlab... et bien sûr, des fichiers de données R. Nous découvrirons plus loin dans le grimoire comment R permet de sauvegarder les objets que vous avez créés. Mais pour lors, revenons au livre de compte.

Pour les plus téméraires : partie optionnelle sur les fichiers CSV - cliquez ici

Le livre des pontes pour la 4ème semaine vient d'un fragment qui se termine par l'extension .csv. Qu'est-ce donc qu'un fichier CSV ?

CSV, c'est un format de fichier où chaque enregistrement apparaît sur sa propre ligne et dont les champs sont séparés par un caractère unique appelé “séparateur”. En l'occurrence, le séparateur est une virgule ou un point-virgule : c'est d'ailleurs le sens de l'acronyme CSV, pour Comma Separated Value (comma = virgule en anglais).

Un fichier CSV peut être produit de multiples manières, et a l'avantage d'être "interopérable", c'est à dire qu'il peut être lu et modifié aussi bien avec un tableur comme Excel ou Calc qu'avec des logiciels statistiques comme R. Vous pouvez même créer un fichier CSV "à la main", juste avec le Notepad dans Windows par exemple.

Dans ce qui a précédé, ce fragment était déjà "chargé" dans le chapitre avec le nom livre_compte_4. Mais vous pouvez vous-mêmes réaliser cette opération. D'après-vous, comment allons-nous charger ce fichier csv dans R ? Eh oui: toujours avec le même sortilège import() ! Vous savez désormais comment procéder : à vous de charger le fichier pontes_semaine4.csv dans la console R, en la sauvegardant dans l'objet nommé livre_compte_4

```r

Chargez le fichier pontes_semaine4.csv en indiquant son chemin

Affichez le contenu de l'objet livre_compte_4

C'est fini !

>
></font></p></details>


Nous avons ouverts différents fragments, ce qui répond aux attentes de la fermière. Il ne reste plus qu'à trouver quelle est la meilleure poule pondeuse. Celle qui, chaque semaine, sort en tête des résultats de ponte. Si vous avez bien suivi ce tutoriel, un nom de poule doit vous venir à l'esprit...


```r
question("Alors, quelle est la meilleure poule pondeuse ? Ne reste plus qu'à cocher la bonne réponse...pour poursuivre l'aventure!",
type="single",
allow_retry = TRUE,
incorrect="Retente ta chance",
answer("Daisy"),
answer("Poupoule"),
answer("Kokot",correct=TRUE),
correct="Félicitations, vous avez reconstitué le livre de compte et trouvé la meilleure poule pondeuse. Renseignez la réponse Kokot (avec un K majuscule) dans le jeu pour continuer l'aventure !"
)

Vous avez trouvé ? Reportez le nom de la meilleure poule pondeuse dans le jeu Icarius pour reprendre la partie...

Fin du chapitre 2 >> reprenez la partie d'Icarius !!!

(version du chapitre : 0.9.3.2)

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