seqanalyseR: seqanalyseR : A package for RNA-seq

In Jiahao-Kuang/seqanalyseR: a package to analyse seq data

seqanalyseR : A package for RNA-seq

Description

A package to provide RNA-seq downstream analysis

Functions

这个R包共分为八个函数，涵盖归一、差异分析、可视化、富集分析,下面是函数的案例 nyq2022<-read.table（file = "nyq2022.txt",header = T,row.names = 1 group<-read.csv(file = "group.csv",header = T)

2.differenceALALYSIS

调用DESeq做差异分析

做富集分析之前要转换ID成ENTRIZID

NA

3.IDchange

可以改变gene ID的类型，可以给列表，也可以直接把RAWDATA的gene ID列放进来，如果有需要可以设置merge到rawdata和去除未匹配的值

4.GOenrich

GO富集

5.KEGGenrich

KEGG富集

上述富集分析默认会在工作目录下直接输出可视化结果，不用指定输出对象

NA

6.plotVOCANOL

画火山图

7.plotHEATMAP1

画热图，比较符合审美

8.plotHEATMAP2

画热图，更加符合审美

9.DOWNstreamANALYSIS

走完整个下游分析

10.plotDOT1

GO/KEGG富集分析可视化（点图）

12.plotDOT2

GO/KEGG富集分析可视化（点图）

13.plotBAR

GO/KEGG富集分析可视化（条状图）

Jiahao-Kuang/seqanalyseR documentation built on May 7, 2023, 11:27 a.m.