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In Lobz/facilitation: A C++ Framework for Plant-Plant Interaction IBMs

tempo contínuo, espaço contínuo

cada INDIVIDUO possui { CLASSE, o estágio vital do indivíduo S, a taxa de sobrevivência R, a taxa de reprodução G, a taxa de crescimento LAMBDA, a soma das taxas vitais POSICAO, um par de coordenadas X e Y }

a ESPECIE possui { NUMCLASSES, o número de estágios de vida NOMECLASSES, lista dos estágios de vida LG, lista de taxas de crescimento para cada estágio de vida LR, lista de taxas de reprdução para cada estágio de vida LS, lista de funções que determinam as taxas de sobrevivência para cada estágio de vida, em função de um coeficiente de estresse ambiental e de um coeficiente de interações interespecíficas, fornecidos pela ARENA em função da posição (X,Y) de um indivíduo LR, lista de raios de copa por estágio de vida KERNEL, kernel de disperção de sementes produzidas POPULACAO, uma lista de INDIVIDUOS ACUMULADO, soma dos LAMBDAS de todos os INDIVIDUOS }

a ARENA possui { ESPECIES, uma lista de espécies presentes nesta arena ACUMULADO GERAL, uma soma de todos os ACUMULADOS de todas as espécies INTERACOES, uma matriz de coeficientes de interações interespecíficas, negativas ou positivas AMBIENTE(X,Y), uma função que informa o coeficiente de estresse ambiental na posição (X,Y) }

rotinas de criação de individuos { CRIAR INDIVIDUO { 1 - recebe como parâmetro a posição (X,Y) onde o indivíduo será criado e a CLASSE c do indivíduo 2 - identifica quais as taxas de crescimento (G) e reprodução (R) correspondentes à CLASSE c 3 - verifica na ARENA quais INTERAÇOES existem 4 - para cada ESPECIE com a qual há INTERACAO, verifica se existe na ARENA indivíduos dessa ESPECIE próximos a (X,Y) 5 - verifica qual o AMBIENTE(X,Y) 6 - calcula a taxa de sobrevivência (S) de acordo com as INTERAÇOES encontradas e com o AMBIENTE 7 - determina a soma das taxas vitais, S+G+R = LAMBDA 8 - cria INDIVIDUO com a posição (X,Y), CLASSE c e as taxas determinadas acima 9 - adiciona o indivíduo à POPULACAO }

}

INICIALIZAÇÃO { I) RECEBE como parâmetros { NS, número inicial de semente NP, número inicial de plantulas NA, número inicial de adultas NF, número de facilitadoras }

II) inicializa as ESPECIES BENEFICIADA e FACILITADORA, com listas de POPULACAO vazias

III) cria ARENA com a lista de ESPECIES contendo BENEFICIADA e FACILITADORA, e com ACUMULADO GERAL = 0, e INTERAÇOES representando a facilitação da FACILITADORA sobre a BENEFICIEDA

IV) repete NF vezes {
    1 - sorteia aleatoriamente uma posição (X,Y)
    2 - cria FACILITADORA nessa posição
}

V) repete NS vezes {
    1 - sorteia aleatoriamente uma posição (X,Y)
    2 - CRIA BENEFICIADA com CLASSE semente na posição (X,Y)
}

VI) repete NP vezes {
    1 - sorteia aleatoriamente uma posição (X,Y)
    2 - CRIA BENEFICIADA com CLASSE plântula na posição (X,Y)
}

VII) repete NA vezes {
    1 - sorteia aleatoriamente uma posição (X,Y)
    2 - CRIA BENEFICIADA com CLASSE adulta na posição (X,Y)
}

}

TURNO {

I) determina ACUMULADO, a soma dos LAMBAs de todos os INDIVIDUOs.

II) sorteia o tempo para a próxima ação, T ~ Exponencial(ACUMULADO)

III) adiciona esse tempo T ao contador de tempo

IV) sorteia um indivíduo entre todos, onde a probabilidade para cada indivíduo I é LAMBDA(I)/ACUMULADO

V) ação do indivíduo selecionado{
    1 - sorteia se o indivíduo morre. Se sim, {
        i) destrói o indivíduo.
    }
    se não, sorteia se o indivíduo cresce. Se sim, {
        i) determina a CLASSE do indivíduo. {
            I) Se é "semente", muda CLASSE para "plântula"
            II) Se é "plântula", muda CLASSE para "adulto"
            III) Atualiza S, R, G e LAMBDA de acordo com a nova CLASSE
        }
    }
    se não,  sorteia se o indivíduo reproduz. Se sim, {
        i) sorteia o número N de sementes produzidas
        ii) repete N vezes {
            I) sorteia a posição (X,Y) onde a semente cairá de acordo com o KERNEL de dispersão
            II) CRIA semente nessa posição
        }
    }
}

}

Lobz/facilitation documentation built on May 7, 2019, 2:01 p.m.