README.md

In Ostluft/rOstluft.plot: Ploting air quality data

rOstluft.plot

Erstellen von Diagrammen für Ostluft Auswertungen und Berichte mit Bezug zu Luftschadstoffen und Meteorologie. Einige Funktionen sind aus dem package openair abgeleitet. Alle plot-Funktionen sind grundsätzlich auf das ggplot2 package bezogen.

Installation

Der Quellcode von rOstluft.plot ist auf github gehosted. Die einfachste Variante ist die Installation mit Hilfe des Packages devtools:

#install.packages("devtools")
devtools::install_github("Ostluft/rOstluft.plot")

Beispiele

library(rOstluft.plot)
library(rOstluft)
library(rOstluft.data)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(lubridate)
library(tibble)
library(purrr)
library(scales)
library(openair)

data <-
  rOstluft.data::f("Zch_Stampfenbachstrasse_2010-2014.csv") %>% 
  rOstluft::read_airmo_csv() %>%
  rOstluft::rolf_to_openair() %>%
  openair::cutData(date, type = "daylight") %>% 
  tibble::as_tibble() %>% 
  dplyr::mutate(
    wday = lubridate::wday(date, label = TRUE, week_start = 1),
    year = lubridate::year(date)
  )

Windrose auf Karte

bb <- bbox_lv95(2683141, 1249040, 500)
bg <- get_stadia_map(bb)

ggwindrose(data, ws, wd, ws_max = 4, bg = bg, ) +
  theme(
    panel.grid.major = element_line(linetype = 2, color = "black", size = 0.5)
   )

# Für Facetten müssen die facet Variablen in groupings enthalten sein:
ggwindrose(data, ws, wd, ws_max = 4, groupings = grp(daylight)) +
  facet_wrap(vars(daylight))

# y Achse kann wie gewohnt mit einer scale_y_continuous angepasst werden
# das untere Limit sollte auf 0 gesetzt werden
ggwindrose(data, ws, wd, ws_max = 4, groupings = grp(daylight)) +
  facet_wrap(vars(daylight)) +
  scale_y_continuous(
    limits = c(0, NA), 
    expand = expand_scale(), 
    labels = scales::percent_format(1),
    breaks = seq(0, 0.3, 0.05)
  )

Radar-chart Windstatistik

# Simpler Radarplot
ggradar(data, wd, NOx, fill = "gray30", alpha = 0.5, show.legend = FALSE)

# mehrere Statistik Funktionen
q05 <- function(x, ...) quantile(x, 0.05, ...)
q95 <- function(x, ...) quantile(x, 0.95, ...)
stat_reorder <- function(stat) {
  factor(stat, levels = rev(c("perc05", "median", "mean", "perc95")))
}

ggradar(data, wd, NOx,
    fun = list("perc05" = q05, "median", "mean", "perc95" = q95),
    fun_reorder = stat_reorder, color = NA, alpha = 0.9) +
  scale_y_continuous(limits = c(0,120)) +
  scale_fill_viridis_d(begin = 0.2)

# Karte als Hintergrund
bb <- bbox_lv95(2683141, 1249040, 500)
bg <- get_stadia_map(bb)

ggradar(data, wd, NOx, bg = bg, lwd = 1, 
         color = "steelblue", fill = "steelblue", alpha = 0.5) + 
  theme(
    panel.grid.major = element_line(linetype = 1, color = "white"),
    axis.text.x = element_text(color = "gray10")
  )

polarplot openair-style

fs <- scale_fill_gradientn_squished(
  limits = c(0,50), breaks = seq(0,50,10),
  na.value = NA, colors = matlab::jet.colors(20)
)

ggpolarplot(data, wd = wd, ws = ws, z = NOx, ws_max = 4,
    bg = bg, alpha = 0.6,
    fill_scale = fs, smooth = TRUE, breaks = c(0,2,4)
  ) +
  theme(
    panel.grid.major = element_line(linetype = 2, color = "black", size = 0.5)
  )

Tagesgang-Jahresgang heatmap

ggyearday(data, time = "date", z = "O3")

Kalender + stat_filter

Kalender der max Stundenwerte des Tages von Ozon

statstable <- tibble::tribble(
  ~parameter, ~statistic, ~from, ~to,
  "O3", "mean", "input", "h1",
  "O3", "max", "h1", "d1"
)

data_d1 <- 
  rOstluft.data::f("Zch_Stampfenbachstrasse_2010-2014.csv") %>% 
  rOstluft::read_airmo_csv() %>%
  dplyr::filter(starttime < lubridate::ymd(20130101)) %>% 
  rOstluft::calculate_statstable(statstable) %>%
  purrr::pluck("d1") %>% 
  rOstluft::rolf_to_openair()


ggcalendar(data_d1, z = "O3_max_h1") +
  scale_fill_viridis_c(direction = -1, option = "magma", na.value = NA) +
  cal_month_border(size = 1) +
  stat_filter(
    aes(filter = O3_max_h1 > 120), size = 1, 
    color = "white", fill = "white", shape = 21,
    position = position_nudge(y = 0.25)
  ) +
  cal_label(aes(label = round(O3_max_h1,0)), fontface = "bold")

Hysplit Trajektorien (openair data format)

fn <- system.file("extdata", "2017_ZH-Kaserne-hysplit.rds", package = "rOstluft.data")
traj <- readRDS(fn)
traj <- dplyr::filter(traj, 
  dplyr::between(lubridate::as_date(date), lubridate::ymd("2017-03-08"), lubridate::ymd("2017-03-14"))
)

# simple
ggtraj(traj)

# Schadstoff statt Trajektorienhöhe
# Interessant für den Transport von Schadstoffen wie EC. In diesem Beispiel wird PM2.5
# verwendet weil keine EC Daten in den Beispieldaten enthalten sind.
data_2017 <-
  rOstluft.data::f("Zch_Stampfenbachstrasse_min30_2017.csv") %>% 
  rOstluft::read_airmo_csv() %>%
  rOstluft::rolf_to_openair() 

data_traj <- 
  dplyr::select(data_2017, -site) %>% 
  dplyr::right_join(traj, by = "date")

ggtraj(data_traj, aes(color = PM2.5), 
       color_scale = ggplot2::scale_color_viridis_c(direction = -1))

Squishing data

Messdaten enthalten oft Extremwerte von ausserordentlichen Episoden oder Ereignissen. Als Beispiel Feuwerwerke oder Inversionen in den PM10 Daten:

ggyearday(data, time = date, z = PM10)

In einem ggplot2 Diagramm kann bei continuous scales mit Hilfe dem Argument oob eine Funktion übergeben werden, was mit Werten ausserhalb des Limits geschieht. Mit Hilfe der Funktion scales::squish() werden diese Werte auf das Minima, bzw. Maxima der Limits gesetzt. In rOstluft.plot sind die Hilfsfunktionen scale_fill_viridis_squished(), scale_color_viridis_squished(), scale_fill_gradientn_squished() und scale_color_gradientn_squished() enthalten:

fill_scale <- scale_fill_viridis_squished(
  breaks=c(0, 20, 40, 60, 80), 
  limits = c(0, 80),
  direction = -1, 
  na.value = NA, 
  option = "A"
)

ggyearday(data, time = date, z = PM10, fill_scale = fill_scale)

Teilweise ist es für Klassierungen praktisch alle Werte über einem Maximum in einer zusätzlichen Klasse zusammen zu fassen. Die Funktion cut_ws() beinhaltet diese Funktionalität, hat jedoch gewisse Einschränkungen (Negative Werte werden zu NA, Breite der Klasse fix):

pm10_right <- cut_ws(data$PM10, binwidth = 20, ws_max = 80)
table(pm10_right)

#> pm10_right
#>  [0,20] (20,40] (40,60] (60,80]     >80 
#>   48146   27874    6162    1191     476

pm10_left <- cut_ws(data$PM10, 20, 80, right = FALSE)

# bei der Umwandlung der Ausgabe nach HTML wird "≥80" in "=80" 
# umgewandelt. In Diagrammen und der R Konsole wird das Zeichen
# jedoch korrekt dargestellt. See https://github.com/r-lib/evaluate/issues/59
table(pm10_left)

#> pm10_left
#>  [0,20) [20,40) [40,60) [60,80)     ≥80 
#>   48146   27874    6162    1191     476

Für mehr Flexibilät kann direkt base::cut() verwendet werden und breaks mit -Inf und Inf definiert werden.

breaks <- c(-Inf, 0, 19, 41, 66, 80, Inf)
pm10_cut <- cut(data$PM10, breaks = breaks, right = TRUE, include.lowest = TRUE)
table(pm10_cut)

#> pm10_cut
#>  [-Inf,0]    (0,19]   (19,41]   (41,66]   (66,80] (80, Inf] 
#>      1141     45516     31079      6164       614       476

padding data

Messdaten liegen nicht immer in vollständigen Zeitreihen vor. Für einige Diagramme ist es jedoch erforderlich, dass für alle Zeitpunkte ein Wert oder ein NA vorhanden ist. Für Daten im rolf Format können die rOstluft Funktionen rOstluft::pad() und rOstluft::pad_year() verwenden werden. rOstluft.plot enthält 2 generische padding Funktionen:

fn <- rOstluft.data::f("Zch_Stampfenbachstrasse_min30_2013_Jan.csv")
january <- rOstluft::read_airmo_csv(fn)
january_oa <- rOstluft::rolf_to_openair(january
                                        )
tail(january_oa)

#> # A tibble: 6 × 16
#>   date                site      CO    Hr    NO   NO2   NOx    O3     p  PM10 RainDur   SO2  StrGlo     T    wd
#>   <dttm>              <fct>  <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl> <dbl>
#> 1 2013-01-31 21:00:00 Zch_S… 0.191  67.3 0.675  7.70  4.57  71.0  970.  7.21   0.583 0.782 0.0138   9.25  244.
#> 2 2013-01-31 21:30:00 Zch_S… 0.195  64.9 0.359  7.72  4.33  69.7  970.  4.89   1.52  0.851 0.0116   9.49  245.
#> 3 2013-01-31 22:00:00 Zch_S… 0.191  65.1 0.424  6.84  3.92  69.0  970.  6.71   1.45  0.842 0.00673  9.33  246.
#> 4 2013-01-31 22:30:00 Zch_S… 0.184  67.3 0.353  5.38  3.09  70.5  970.  5.19   0     0.797 0.0120   9.17  242.
#> 5 2013-01-31 23:00:00 Zch_S… 0.186  67.3 0.634  5.87  3.58  70.2  969.  5.79   0     0.851 0.0118   9.10  242.
#> 6 2013-01-31 23:30:00 Zch_S… 0.189  68.7 0.435  6.76  3.88  67.6  969.  7.92   0     0.749 0.0105   9.1   239.
#> # ℹ 1 more variable: ws <dbl>

# site mit "Zch_Stampfenbachstrasse" füllen
pad_to_year(january_oa, date, "30 min", fill = list(site = "Zch_Stampfenbachstrasse")) %>% 
  tail()

#> # A tibble: 6 × 16
#>   date                site       CO    Hr    NO   NO2   NOx    O3     p  PM10 RainDur   SO2 StrGlo     T    wd
#>   <dttm>              <fct>   <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl>
#> 1 2013-12-31 21:00:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 2 2013-12-31 21:30:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 3 2013-12-31 22:00:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 4 2013-12-31 22:30:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 5 2013-12-31 23:00:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 6 2013-12-31 23:30:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> # ℹ 1 more variable: ws <dbl>

# automatisch alle factor/character columns füllen
pad_to_year_fill(january_oa, date, "30 min") %>% 
  tail()

#> # A tibble: 6 × 16
#>   date                site       CO    Hr    NO   NO2   NOx    O3     p  PM10 RainDur   SO2 StrGlo     T    wd
#>   <dttm>              <fct>   <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl>
#> 1 2013-12-31 21:00:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 2 2013-12-31 21:30:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 3 2013-12-31 22:00:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 4 2013-12-31 22:30:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 5 2013-12-31 23:00:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> 6 2013-12-31 23:30:00 Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA    NA
#> # ℹ 1 more variable: ws <dbl>

pad_to_year_fill(january, starttime, "30 min") %>% 
  tail()

#> # A tibble: 6 × 6
#>   starttime           site                    parameter interval unit  value
#>   <dttm>              <fct>                   <fct>     <fct>    <fct> <dbl>
#> 1 2013-12-31 21:00:00 Zch_Stampfenbachstrasse WVv       min30    m/s      NA
#> 2 2013-12-31 21:30:00 Zch_Stampfenbachstrasse WVv       min30    m/s      NA
#> 3 2013-12-31 22:00:00 Zch_Stampfenbachstrasse WVv       min30    m/s      NA
#> 4 2013-12-31 22:30:00 Zch_Stampfenbachstrasse WVv       min30    m/s      NA
#> 5 2013-12-31 23:00:00 Zch_Stampfenbachstrasse WVv       min30    m/s      NA
#> 6 2013-12-31 23:30:00 Zch_Stampfenbachstrasse WVv       min30    m/s      NA

# enthalten die Daten jedoch eine Klassifizierungs Spalte
# muss man die zu füllenden Spalten explixit angeben
january_oa <- openair::cutData(january_oa, "month") %>% 
  dplyr::select(date, month, dplyr::everything())

# Monats Spalte wird falscherweise mit Januar gefüllt
# Ausserdem würden für jeden Monat die Daten multipliziert
pad_to_year_fill(january_oa, date, "30 min") %>% 
  tail()

#> # A tibble: 6 × 17
#>   date                month  site      CO    Hr    NO   NO2   NOx    O3     p  PM10 RainDur   SO2 StrGlo     T
#>   <dttm>              <ord>  <fct>  <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>
#> 1 2013-12-31 21:00:00 Januar Zch_S…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 2 2013-12-31 21:30:00 Januar Zch_S…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 3 2013-12-31 22:00:00 Januar Zch_S…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 4 2013-12-31 22:30:00 Januar Zch_S…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 5 2013-12-31 23:00:00 Januar Zch_S…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 6 2013-12-31 23:30:00 Januar Zch_S…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> # ℹ 2 more variables: wd <dbl>, ws <dbl>

# mit explixiter Defintion der zu füllenden Spalten klappt es
pad_to_year_fill(january_oa, date, "30 min", site) %>% 
  tail()

#> # A tibble: 6 × 17
#>   date                month site       CO    Hr    NO   NO2   NOx    O3     p  PM10 RainDur   SO2 StrGlo     T
#>   <dttm>              <ord> <fct>   <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>
#> 1 2013-12-31 21:00:00 <NA>  Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 2 2013-12-31 21:30:00 <NA>  Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 3 2013-12-31 22:00:00 <NA>  Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 4 2013-12-31 22:30:00 <NA>  Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 5 2013-12-31 23:00:00 <NA>  Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> 6 2013-12-31 23:30:00 <NA>  Zch_St…    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA      NA    NA     NA    NA
#> # ℹ 2 more variables: wd <dbl>, ws <dbl>

Karten Attribution: Map tiles by Stamen Design, under CC BY 3.0. Data by OpenStreetMap, under ODbL.

Ostluft/rOstluft.plot documentation built on Jan. 26, 2025, 1:05 a.m.