In Rapporteket/NORIC: Provide R Resources for NORIC at Rapporteket

library(magrittr)
library(knitr)
library(kableExtra)
library(dplyr)
library(janitor)

options(knitr.table.format = params$tableFormat)

knitr::opts_chunk$set(warnings = FALSE, echo = FALSE)
options(stringsAsFactors = FALSE)

# For some reason Shiny Server does not get the server locale settings right.
# To display dates correct, enforce locale here:
Sys.setlocale("LC_TIME", "nb_NO.UTF-8")

colPrimary <- c("#000059",
                "#084594",
                "#2171b5",
                "#4292c6",
                "#6baed6",
                "#c6dbef")
colNeutral <- c("#4D4D4D", "#737373", "#A6A6A6", "#DADADA")
colKontrast <- "#FF7260"

hospitalName <- params$hospitalName

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.05)  # set progress to 5%

# DATAGRUNNLAG: PERIODE FOR SQL SPØRRING

# NYESTE DATO:
# Finne nyeste prosedyredato (=nyeste registrering). Vi ønsker ikke at
# forhåndsregisrerte planlagte forløp kommer med i rapporten. Derfor brukes
# gårsdagens dato som referanse, ingen forløp etter denne kommer med .
# Vi vil dermed også kunne se dersom ingen nye registreringer gjøres eller om
# overføringer har stoppet opp

# ELDSTE DATO:
# Januar fra i fjor (hele foregående år skal vise i rapporten)



# Nyeste registrering eller gårsdagen (ikke forhåndsregistreringer)
if (params$registryName %in% "noricStagingNasjonal") {
  nyeste_reg <- min(
      (as.Date(Sys.time()) - 1),

      noric::getLatestEntryHospital(registryName = params$registryName, 
                                    reshID = params$reshID)
  )

} else {
  nyeste_reg <- min(
      (as.Date(Sys.time()) - 1),
      noric::getLatestEntry(registryName = params$registryName)
  )
}



periode_data <- data.frame(nyeste_reg = nyeste_reg) %>% 
    dplyr::mutate(


      # SISTE DATO AVGJØR SISTE MÅNED: 
      siste_dato_innevarende_mnd = lubridate::ceiling_date(
        x = nyeste_reg, unit =  "month") - lubridate::days(1),

      siste_dato = dplyr::case_when(
        # siste dato er nyeste dato --> nyeste mnd er komlett
        siste_dato_innevarende_mnd == nyeste_reg ~ 
          nyeste_reg, 

        # siste dato er ikke nyeste --> nyest mnd er ikke komplett, ta forrige
        siste_dato_innevarende_mnd != nyeste_reg ~ 
          lubridate::floor_date(nyeste_reg, "month") - 
          lubridate::days(1), 

        TRUE ~ as.Date(NA_character_)),




      # SISTE DATO AVGJØR SISTE KVARTAL
      siste_dato_innevarende_kvartal = lubridate::ceiling_date(
        x = nyeste_reg, 
        unit =  "quarter") - lubridate::days(1),

      kvartal_komplett_start = dplyr::case_when(
        # siste dato i kvartalet er lik nyeste dato --> kvartalet er komplett
        siste_dato_innevarende_kvartal == nyeste_reg ~ 
          lubridate::floor_date(nyeste_reg, 
                                unit =  "quarter"), 

        # siste dato i kvartalet er ulik nyeste dato -->bruk forrige kvartal
        siste_dato_innevarende_kvartal != nyeste_reg ~ 
          lubridate::floor_date(nyeste_reg, 
                                unit =  "quarter") - months(3), 

        TRUE ~ as.Date(NA_character_)),



      # Inneværende år: 
      nyesteRegYear = as.numeric(format(siste_dato, format = "%Y")),

      # Fjoråret
      sisteHeleYear = nyesteRegYear - 1, 

      # Inneværende måned i år: 
      nyesteRegMnd = as.numeric(format(siste_dato, format = "%m")),

      # Første dato for SQL -spørring : 01. januar fjoråret
      forste_dato  = as.Date(paste0(sisteHeleYear, "-01-01"),
                             format = "%Y-%m-%d"), 

      # Aortaklaff + Segment stent (indikator per kvartal): 
      forste_dato_kvartal = as.Date(paste0(sisteHeleYear - 1, "-01-01"),
                                  format = "%Y-%m-%d")
    ) %>% 
    dplyr::select(-siste_dato_innevarende_mnd, 
                  -siste_dato_innevarende_kvartal)

timeTableMonth <- data.frame(
  monthDato = seq(periode_data$forste_dato, 
                  periode_data$siste_dato,
                  by = "month")) %>% 
  dplyr::transmute(maaned = as.factor(format(x = monthDato, 
                                             format = "%Y-%m"))) %>% 
  dplyr::mutate(maaned = as.ordered(maaned))


timeTableMonth_fjor <- data.frame(
  monthDato = seq(periode_data$forste_dato, 
                  as.Date(paste("30-12-", periode_data$sisteHeleYear), 
                          format = "%d-%m-%Y"),
                  by = "month")) %>% 
  dplyr::transmute(maaned = as.factor(format(x = monthDato, 
                                             format = "%Y-%m"))) %>% 
  dplyr::transmute(
    maaned = as.ordered(maaned))

timeTableMonth_aar <- data.frame(
  monthDato = seq(as.Date(paste("01-01-", periode_data$nyesteRegYear), 
                          format = "%d-%m-%Y"),
                  periode_data$siste_dato,
                  by = "month")) %>% 
  dplyr::transmute(maaned = as.factor(format(x = monthDato, 
                                             format = "%Y-%m"))) %>% 
    dplyr::transmute(
      maaned = as.ordered(maaned))



rangeProsDato <- paste(format(periode_data$forste_dato, 
                              "%d/%m-%Y"), 
                       "til", 
                       format(periode_data$siste_dato, 
                              "%d/%m-%Y"))

siste_dato_txt <- format(x = periode_data$siste_dato,
                        format = "%d/%m-%Y")

if (params$registryName %in% "noricStagingNasjonal") {
  # SPørring til NASJONAL database. 
  # Kun utvalgt sykehus
  AK <- noric::getPrepAkData(registryName = params$registryName,
                             fromDate  = periode_data$forste_dato,
                             toDate = periode_data$siste_dato,
                             singleRow = FALSE, 
                             singleHospital = params$reshID)

  } else{
    # SPørring til LOKAL database. 
    # Kun et sykehus, som er registry name
    AK <- noric::getPrepAkData(registryName = params$registryName,
                               fromDate  = periode_data$forste_dato,
                               toDate = periode_data$siste_dato,
                               singleRow = FALSE, 
                               singleHospital = NULL)
}   

AK %<>% 
  dplyr::mutate(
    Prosedyre2 = factor(
      x = dplyr::case_when(
        Prosedyre %in% "TAVI" ~ "TAVI", 
        Prosedyre %in% "BAV" ~ "BAV", 
        Prosedyre %in% "Avbrutt, ikke utført TAVI/BAV" ~ "Avbrutt", 
        Prosedyre %in% NA_character_ ~ NA_character_, ), 

      levels = c("TAVI",
                 "BAV", 
                 "Avbrutt", 
                 NA_character_)),

    ForlopsType2 = factor(x = ForlopsType2, 
                          levels = c("Planlagt",
                                     "Subakutt", 
                                     "Akutt", 
                                     NA_character_)), 

    OperativTilgang = factor(x = OperativTilgang, 
                             levels = c("Transfemoral", 
                                        "A.subclavia", 
                                        "Direkte aorta", 
                                        "Transapical", 
                                        "Annen", 
                                        NA_character_)), 

    TypeKlaffeprotese2 = factor(
      x = dplyr::case_when(
        TypeKlaffeprotese %in% c("Edwards SAPIEN 3", 
                                 "Edwards SAPIEN 3 Ultra", 
                                 "Edwards SAPIEN XT", 
                                 "Edwards") ~ "Edwards", 

        TypeKlaffeprotese %in% c("CoreValve Evolut PRO", 
                                 "CoreValve Evolut R", 
                                 "CoreValve", 
                                 "Evolut FX") ~ "CoreValve", 

        !is.na(TypeKlaffeprotese) ~ "Annet", 
        is.na(TypeKlaffeprotese) ~ NA_character_), 
      levels = c("Edwards", "CoreValve", "Annet", NA_character_)), 

      Maaned = factor(maaned_nr, 
                    levels = c("01", "02", "03", "04", "05", "06", "07", 
                               "08", "09", "10", "11", "12"),
                    labels = c("Jan", "Feb", "Mars", "April", "Mai", 
                               "Juni", "Juli", "Aug", "Sept", "Okt", 
                               "Nov", "Des")), 

      KlaffIKlaff = factor(x = KlaffIKlaff, 
                          levels = c("Nei",
                                     "Ja", 
                                     NA_character_)), 

     ParavalvularInsuffisiens = factor(x = ParavalvularInsuffisiens, 
                          levels = c("Ingen/trace",
                                     "Liten", 
                                     "Moderat",
                                     "Stor",
                                     "Ukjent",
                                     NA_character_)), 

    LabKompVaskular_janei = factor(
      x = dplyr::case_when(
        LabKompVaskular %in% c("Aorta", "Stikksted", "Annet") ~ "Ja", 
        TRUE ~ NA_character_), 
      levels = c("Ja", NA_character_)), 

    LabKompHLMaskin_janei = factor(
      x = dplyr::case_when(
        LabKompHLMaskin %in% c("Hjerte-lungemaskin",
                               "ECMO", 
                               "Impella", 
                               "Annet") ~ "Ja", 
        TRUE ~ NA_character_), 
      levels = c("Ja", NA_character_)), 

    LabKompEmboli_janei = factor(
      x = dplyr::case_when(
        LabKompEmboli %in% c("Ja, til aorta",
                               "Ja, til kammere") ~ "Ja", 
        TRUE ~ NA_character_), 
      levels = c("Ja", NA_character_)), 

    AvdKompBlodning_fatal = factor(
      x = dplyr::case_when(
        AvdKompBlodningGrad %in% c("Livstruende eller fatal") ~ "Ja", 
        TRUE ~ NA_character_), 
      levels = c("Ja", NA_character_)), 


    AvdKompBlodning_major = factor(
      x = dplyr::case_when(
        AvdKompBlodningGrad %in% c("Blødning Major") ~ "Ja", 
        TRUE ~ NA_character_), 
      levels = c("Ja", NA_character_)), 


    AvdKompBlodning_minor = factor(
      x = dplyr::case_when(
        AvdKompBlodningGrad %in% c("Blødning Minor") ~ "Ja", 
        TRUE ~ NA_character_), 
      levels = c("Ja", NA_character_)), 


  AvdKompInfeksjon_janei = factor(
      x = dplyr::case_when(
        AvdKompInfeksjon %in% c("Annen alvorlig infeksjon", 
                                "Pneumoni", 
                                "Urinveisinfeksjon") ~ "Ja", 
        TRUE ~ NA_character_), 
      levels = c("Ja", NA_character_))

    ) %>% 
  noric::legg_til_ventetid_tavi() %>% 
  noric::legg_til_liggedogn_tavi() %>% 
  noric::ki_ak_pacemakerbehov() %>% 
  dplyr::mutate(indik_pacemakerbehov = factor(x = indik_pacemakerbehov, 
                          levels = c("nei",
                                     "ja", 
                                     "ikke ferdigstilt",
                                     NA_character_)))

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.1)  # set progress to 10%

r if(params$tableFormat !="html") {"<!--"}

Månedsrapport: Prosedyrer på aortaklaff {-}

Denne rapporten er generert ved hjelp av resultatløsningen Rapporteket og er kun ment til internt bruk! Rapporten inneholder tabeller og figurer med resultater basert på forløp registrert ved r params$hospitalName. Opptellinger og statistikker er gjort per forløp/prosedyre, og ikke per individ. Tabellene og figurene presenteres med data fra hele fjoråret samt hittil i år.

Eventuelle spørsmål knyttet til rapporten kan rettes til [e-mail] r if(params$tableFormat !="html") {"-->"}

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

\bigskip \bigskip \bigskip

Datagrunnlag

Antall prosedyrer

Rapporten er generert med utgangspunkt i NORIC's database for r params$hospitalName. Det presenteres månedlige resultater for hele fjorårets registreringer på aortaklaff, samt alle fullførte måndeder hittil i år. Den siste prosedyredatoen som er med i tabellene og figurene er r format(periode_data$siste_dato, '%d. %B %Y').

Totalt r AK %>% nrow() aortaklaff-prosedyrer ligger til grunn for rapporten, r AK %>% dplyr::filter(aar == periode_data$sisteHeleYear) %>% nrow() fra r periode_data$sisteHeleYear og r AK %>% dplyr::filter(aar == periode_data$nyesteRegYear) %>% nrow() fra r periode_data$nyesteRegYear.

\bigskip \bigskip \bigskip

Kumulert antall prosedyrer per år

df_cumplot <- merge(
  x = timeTableMonth %>% 
    dplyr::mutate(
      Maaned = factor(x = substr(maaned, 6, 7), 
                      levels = c("01", "02", "03", "04", "05", "06", "07", 
                                 "08", "09", "10", "11", "12"),
                      labels = c("Jan", "Feb", "Mars", "April", "Mai", 
                                 "Juni", "Juli", "Aug", "Sept", "Okt", 
                                 "Nov", "Des")),
      aar = substr(maaned, 1, 4)), 
  y = AK %>% dplyr::count(maaned, aar), 
  all.x = TRUE) %>% 
  dplyr::mutate(
    n = ifelse(is.na(n), 0, n)) %>% 
  dplyr::group_by(aar) %>%  
  dplyr::mutate(
    Total = cumsum(n), 
    max_tota = max(Total, na.rm = TRUE),

    Label = ifelse(Total == max_tota, 
                   as.character(max_tota), 
                   NA_character_))







tot_fjor <- df_cumplot %>% 
  dplyr::filter(aar == periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::pull(Total) %>%
  max(., na.rm = TRUE)

tot_aar <- df_cumplot %>% 
  dplyr::filter(aar == periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::pull(Total) %>% 
  max(., na.rm = TRUE)


ylim <- c(0, 
          ceiling(max(df_cumplot$max_tota, na.rm = TRUE)/50)*50)

ggplot2::ggplot(df_cumplot) +
    ggplot2::geom_line(
      mapping = ggplot2::aes(x = Maaned, 
                             y = Total, 
                             group = aar, 
                             colour =aar), 
      linewidth = 1.5) + 
  ggplot2::scale_color_manual(
    name = "",
    values = c(colPrimary[3], colKontrast), 
    labels = as.character(
      periode_data$sisteHeleYear:periode_data$nyesteRegYear), 
    breaks = periode_data$sisteHeleYear:periode_data$nyesteRegYear) +

  ggplot2::annotate(geom = "label", 
                    x= 12,
                    y = tot_fjor * 0.95,
                    label = tot_fjor,
                    colour = colPrimary[3]) +

     ggplot2::annotate(geom = "label", 
                       x= periode_data$nyesteRegMnd,
                       y = tot_aar * 0.95,
                       label = tot_aar,
                     colour = colKontrast) +

  ggplot2::xlab("") + 
  ggplot2::ylim(ylim) +
  ggplot2::ylab("Kumulert antall prosedyrer") + 
  ggplot2::theme_minimal() + 
  ggplot2::theme(legend.title = ggplot2::element_blank(),
                 axis.text = ggplot2::element_text(size = 12),
                 axis.title = ggplot2::element_text(size = 12), 
                 legend.text = ggplot2::element_text(size = 12), 
                 legend.position = "top")

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Prosedyreskjema

Prosedyretype {#prosedyretype}

cap <- paste0("Fordeling av prosedyretyper registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ", 
              siste_dato_txt, 
              ").", 
              " Merk at variabelen var ny våren 2023 og at eldre prosedyrer ", 
              "har verdien NA (not available).")


TabPros_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned,Prosedyre2) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

TabPros_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned,Prosedyre2) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 


TabPros <- rbind(
  TabPros_fjor, 
  TabPros_aar
)


TabPros[TabPros == 0] <- " - "
TabPros[is.na(TabPros)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(TabPros)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(TabPros)[2] )


if (params$tableFormat == "html") {
  TabPros %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row=12, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=13, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=dim(TabPros)[1]-1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
                          start_row = 1, 
                          end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
                          start_row = 14, 
                          end_row = dim(TabPros)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  TabPros %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
    kableExtra::row_spec(row=12, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=13, hline_after =  TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row=dim(TabPros)[1]-1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
                          start_row = 1,
                          end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
                          start_row = 14, 
                          end_row = dim(TabPros)[1])


}

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Hastegrad {#hastegrad}

cap <- paste0("Fordeling av hastegrad registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").")


TabHast_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, ForlopsType2) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

TabHast_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, ForlopsType2) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 


TabHast <- rbind(
  TabHast_fjor, 
  TabHast_aar
)


TabHast[TabHast == 0] <- " - "
TabHast[is.na(TabHast)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(TabHast)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(TabHast)[2] )


if (params$tableFormat == "html") {
  TabHast %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row=12, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=13, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=dim(TabHast)[1]-1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
                          start_row = 1, 
                          end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
                          start_row = 14, 
                          end_row = dim(TabHast)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  TabHast %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
    kableExtra::row_spec(row=12, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=13, hline_after =  TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row=dim(TabHast)[1]-1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
                          start_row = 1,
                          end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
                          start_row = 14, 
                          end_row = dim(TabHast)[1])


}

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.2)  

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Operativ tilgang {#optilgang}

cap <- paste0("Fordeling av operativ tilgang registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").")

TabOpTilg_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, OperativTilgang) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

TabOpTilg_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, OperativTilgang) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 


TabOpTilg <- rbind(
  TabOpTilg_fjor, 
  TabOpTilg_aar
)


TabOpTilg[TabOpTilg == 0] <- " - "
TabOpTilg[is.na(TabOpTilg)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(TabOpTilg)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(TabOpTilg)[2])


if (params$tableFormat == "html") {
  TabOpTilg %>%
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(TabOpTilg)[1] - 1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1,
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(TabOpTilg)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  TabOpTilg %>% 
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(TabOpTilg)[1] - 1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1,
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(TabOpTilg)[1])


}

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.3)  

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Type klaffeprotese {#klaffeprotese}

cap <- paste0("Fordeling av type klaffeprotese registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").")


TabTypeKlaff_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, TypeKlaffeprotese2) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals(
    "row", 
    name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

TabTypeKlaff_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, TypeKlaffeprotese2) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 


TabTypeKlaff <- rbind(
  TabTypeKlaff_fjor, 
  TabTypeKlaff_aar
)


TabTypeKlaff[TabTypeKlaff == 0] <- " - "
TabTypeKlaff[is.na(TabTypeKlaff)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(TabTypeKlaff)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(TabTypeKlaff)[2])


if (params$tableFormat == "html") {
  TabTypeKlaff %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(TabTypeKlaff)[1] - 1, 
                         hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1, 
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(TabTypeKlaff)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  TabTypeKlaff %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(TabTypeKlaff)[1] - 1,
                         hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1,
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(TabTypeKlaff)[1])


}

if (AK %>% dplyr::filter(TypeKlaffeprotese2 == "Annet") %>% nrow() > 0) {

cap <- paste0("Dette inneholder type klaffeprotese 'Annet'.")


TabAnnet <- AK %>% 
  dplyr::filter(TypeKlaffeprotese2 == "Annet") %>% 
  janitor::tabyl(aar, TypeKlaffeprotese) %>% 
  janitor::adorn_totals("col", name = "Totalt")



if (params$tableFormat == "html") {
  TabAnnet %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat, 
                 caption = cap,  
                 booktabs = TRUE,
                 align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") 
} else if (params$tableFormat == "latex") {
  TabAnnet %>%
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
                 caption = cap,
                 booktabs = TRUE,
                 align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) 

}
}

Klaff i klaff

cap <- paste0("Antall prosedyrer med klaff i klaff registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").")

klaffiklaff_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, KlaffIKlaff) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

klaffiklaff_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, KlaffIKlaff) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 


klaffiklaff <- rbind(
  klaffiklaff_fjor, 
  klaffiklaff_aar
)


klaffiklaff[klaffiklaff == 0] <- " - "
klaffiklaff[is.na(klaffiklaff)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(klaffiklaff)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(klaffiklaff)[2])


if (params$tableFormat == "html") {
  klaffiklaff %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(klaffiklaff)[1] - 1,
                         hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1, 
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(klaffiklaff)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  klaffiklaff %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(klaffiklaff)[1] - 1, 
                         hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1,
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(klaffiklaff)[1])


}

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.5) 

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Postoperative EKKO-funn: Paravalvulær insuffisiens

cap <- paste0("Antall prosedyrer med paravalvular insuffisiens registrert ", 
              "i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt,
              ").", 
               " Merk at variabelen var ny våren 2023 og at eldre prosedyrer ", 
              "har verdien NA (not available).")

paraInsuff_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%
    janitor::tabyl(maaned, ParavalvularInsuffisiens) %>%
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"),
  by.x  = "maaned",
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>%
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>%
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>%
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned")

paraInsuff_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%
    janitor::tabyl(maaned, ParavalvularInsuffisiens) %>%
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"),
  by.x  = "maaned",
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>%
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>%
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>%
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned")


paraInsuff <- rbind(
  paraInsuff_fjor,
  paraInsuff_aar
)


paraInsuff[paraInsuff == 0] <- " - "
paraInsuff[is.na(paraInsuff)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(paraInsuff)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(paraInsuff)[2] )


if (params$tableFormat == "html") {
  paraInsuff %>% dplyr::select(-aar) %>%
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE,
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>%
    kableExtra::row_spec(row=12, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=13, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=dim(paraInsuff)[1]-1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
                          start_row = 1,
                          end_row = 13) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
                          start_row = 14,
                          end_row = dim(paraInsuff)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  paraInsuff %>% dplyr::select(-aar) %>%
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position",
                             font_size = 8) %>%
    kableExtra::row_spec(row=12, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=13, hline_after =  TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row=dim(paraInsuff)[1]-1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
                          start_row = 1,
                          end_row = 13) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
                          start_row = 14,
                          end_row = dim(paraInsuff)[1])


}

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Komplikasjoner

Eventuelle komplikasjoner forbundet med prosedyrer på aortaklaffen blir i NORIC delt i to kategorier, avhengig av om komplikasjonene blir oppdaget i tilknytning til selve prosedyren eller i observasjonstiden på sykehusavdelingen etterpå.

Komplikasjoner på lab.

Her rapporteres komplikasjoner oppstått i tilknytning til selve prosedyren mens pasienten fortsatt er på lab. Datagrunnlaget omfatter alle prosedyrer, uavhengig av pasientens helsetilstand eller prosedyrens hastegrad. Figuren viser antall registrerte komplikasjoner i fjor og hittil i år. Merk at det kan ha blitt registrert flere typer komplikasjoner for en og samme pasient.

fig_df_kompLab <- AK %>%
  dplyr::select(
    aar,

    LabKompArytmi,
    LabKompNeurologi,
    LabKompTamponade,
    LabKompVaskular_janei, 
    LabKompBlodning, 
    LabKompAkuttKlaff, 
    LabKompAkuttVaskular, 
    LabKompOkklusjon, 
    LabKompAnestesi, 
    LabKompHLMaskin_janei, 
    LabKompProtese, 
    LabKompEmboli_janei, 
    LabKompAnnenKomp, 
    LabKompDod) %>% 

  tidyr::pivot_longer(cols = LabKompArytmi:LabKompDod) %>% 
  dplyr::mutate(
    type_komplikasjon = case_when(
      name %in% "LabKompArytmi" ~ "Behandlingskrevende arytmi", 
      name %in% "LabKompNeurologi" ~ "Nevrologisk komplikasjon", 
      name %in% "LabKompTamponade" ~ "Tamponade", 
      name %in% "LabKompVaskular_janei" ~ "Vaskul\u00e6r", 
      name %in% "LabKompBlodning" ~ "Blødning",
      name %in% "LabKompAkuttKlaff" ~ "Akutt klaff", 
      name %in% "LabKompAkuttVaskular" ~ "Akutt vaskul\u00e6r",
      name %in% "LabKompOkklusjon" ~ "Okklusjon av koronarkar", 
      name %in% "LabKompAnestesi" ~ "Generell anestesi", 
      name %in% "LabKompHLMaskin_janei" ~ "Hemodynamisk support", 
      name %in% "LabKompProtese" ~ "Ytterligere klaffeprotese", 
      name %in% "LabKompEmboli_janei" ~ "Embolisering av klaff", 

      name %in% "LabKompAnnenKomp" ~ "Annen alvorlig komplikasjon", 
      name %in% "LabKompDod" ~ "D\u00f8d",
      TRUE ~ NA_character_ )) %>% 
  dplyr::count(name, type_komplikasjon, value, aar) %>%
  tidyr::pivot_wider(names_from = value, 
                     values_from = n, 
                     values_fill = 0) %>% 
  dplyr::select(name, type_komplikasjon, Ja, aar)


# Rekkefølge: 
# Annen alvorlig nederst. 
# Rekkefølge fra fjoråret



rekke <- rbind(
  fig_df_kompLab %>% 
    dplyr::filter(name != "LabKompAnnenKomp",
                  aar %in% periode_data$sisteHeleYear) %>% 
    dplyr::arrange(-Ja), 

  fig_df_kompLab %>% 
    dplyr::filter(name %in% "LabKompAnnenKomp",
                  aar %in% periode_data$sisteHeleYear))%>% 
  dplyr::pull(type_komplikasjon) %>% 
  rev()






# PARAMETRE FOR FIGUR: 
fig_df_kompLab2 <- 
  fig_df_kompLab %>% 
  dplyr::mutate(type_komplikasjon = factor(type_komplikasjon, 
                                           levels = rekke)) %>% 
  dplyr::arrange(type_komplikasjon) %>% 
  dplyr::group_by(aar) %>% 
  dplyr::mutate(Sortering = 1:n()) %>% 
  ungroup()

# PLOT
ggplot2::ggplot(data = fig_df_kompLab2) +

  ggplot2::geom_bar(
    mapping = ggplot2::aes(x = reorder(type_komplikasjon, Sortering) ,
                           y = Ja, 
                           alpha= aar),  
        stat="identity",
        width = 0.75, 
        position = ggplot2::position_dodge(preserve = "single"), 
    fill = colPrimary[4]) +

  ggplot2::scale_alpha_manual("", values = c(0.5, 1)) +
  ggplot2::guides(alpha = ggplot2::guide_legend(reverse = TRUE)) +
  ggplot2::coord_flip(clip = "off") +
  ggplot2::geom_text(
    mapping = ggplot2::aes(label = Ja, 
                           x = reorder(type_komplikasjon, Sortering), 
                           y = Ja, 
                           group = aar, 
                           color = aar),
    vjust = 0.5,
    hjust = -0.15,
    size = 6, 
    position = ggplot2::position_dodge(width = 0.75)) +
  ggplot2::scale_color_manual("", values = c("gray40", "gray20"), guide = "none") +
  ggplot2::theme_classic(base_size = 20) +
  ggplot2::theme(
    axis.text.x = ggplot2::element_text(size = 18, colour = "black"),
    axis.line.y = ggplot2::element_blank(),
    axis.ticks.y = ggplot2::element_blank(), 
    strip.placement = "outside") +
  # Fjerne akse-tittel:
  ggplot2::labs(x = NULL, 
                y = NULL)

labKomp_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    dplyr::filter(LabKompArytmi %in% "Ja") %>% 
    dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
    dplyr::rename("Behandlingskrevende arytmi" = n), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompNeurologi %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Nevrologisk komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompTamponade %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Tamponade" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompVaskular_janei %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Vaskulær komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompBlodning %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Blødning" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAkuttKlaff %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Akutt klaff" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAkuttVaskular %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Akutt vaskulær" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompOkklusjon %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Okklusjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 


  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAnestesi %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Generell anestesi" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompHLMaskin_janei %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hemodynamisk support" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompProtese %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Ytterligere klaffeprotese" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompEmboli_janei %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Embolisering av klaff" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAnnenKomp %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Annen alvorlig komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompDod %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("D\u00f8d" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

labKomp_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    dplyr::filter(LabKompArytmi %in% "Ja") %>% 
    dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
    dplyr::rename("Behandlingskrevende arytmi" = n), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompNeurologi %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Nevrologisk komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompTamponade %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Tamponade" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompVaskular_janei %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Vaskulær komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompBlodning %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Blødning" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAkuttKlaff %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Akutt klaff" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAkuttVaskular %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Akutt vaskulær" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompOkklusjon %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Okklusjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 


  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAnestesi %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Generell anestesi" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompHLMaskin_janei %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hemodynamisk support" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompProtese %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Ytterligere klaffeprotese" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompEmboli_janei %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Embolisering av klaff" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompAnnenKomp %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Annen alvorlig komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(LabKompDod %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("D\u00f8d" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

cap <- paste0("Antall komplikasjoner på lab registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").")

labKompTot <- rbind(labKomp_fjor, 
                    labKomp_aar)

labKompTot[labKompTot == 0] <- " - "
labKompTot[is.na(labKompTot)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(labKompTot)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(labKompTot)[2])


if (params$tableFormat == "html") {
  labKompTot %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 0, angle = -90) %>% 
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(labKompTot)[1] - 1,
                         hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1, 
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(labKompTot)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  labKompTot %>% dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
        kableExtra::row_spec(row = 0, angle = 90) %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(labKompTot)[1] - 1, 
                         hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1,
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(labKompTot)[1])


}

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Komplikasjoner på avdelingen

Her rapporteres komplikasjoner oppstått på sengepost under sykehusoppholdet etter avsluttet prosedyre. Hvis det er registrert flere komplikasjoner på samme pasient er disse talt opp hver for seg. Behov for innsetting av permanent pacemaker er en av kvalitetsindikatorene i NORIC, for detaljer se Pacemakerbehov

Vi viser opptellingen for alle prosedyrer, uavhengig av status av ferdigstillelse.

fig_df_kompAvd <- AK %>%
  dplyr::select(
    aar,
    AvdKompHjerneslag,
    AvdKompTIA,
    AvdKompTamponade,
    AvdKompPacemaker, 
    AvdKompAtrieflimmer, 
    AvdKompHjerteinfarkt, 
    AvdKompVaskular, 
    AvdKompBlodning,
    AvdKompInfeksjon_janei, 
    AvdKompDialyse, 
    AvdKompAnnenKomp, 
    AvdKompDod) %>% 

  tidyr::pivot_longer(cols = AvdKompHjerneslag:AvdKompDod) %>% 
  dplyr::mutate(
    type_komplikasjon = case_when(
      name %in% "AvdKompHjerneslag" ~ "Noen form for hjerneslag", 
      name %in% "AvdKompTIA" ~ "TIA", 
      name %in% "AvdKompTamponade" ~ "Tamponade", 
      name %in% "AvdKompPacemaker" ~ "Permanent pacemaker", 
      name %in% "AvdKompAtrieflimmer" ~ "Nytilkommet atrieflimmer", 
      name %in% "AvdKompHjerteinfarkt" ~ "Hjerteinfarkt", 
      name %in% "AvdKompVaskular" ~  "Vaskul\u00e6r", 
      name %in% "AvdKompBlodning" ~ "Noen form for blødning",
      name %in% "AvdKompInfeksjon_janei" ~ "Noen form for infeksjon", 
      name %in% "AvdKompDialyse" ~ "Dialyse", 
      name %in% "AvdKompAnnenKomp" ~ "Annen alvorlig", 
      name %in% "AvdKompDod" ~  "D\u00f8d", 
      TRUE ~ NA_character_ )) %>% 
  dplyr::count(name, type_komplikasjon, value, aar) %>%
  tidyr::pivot_wider(names_from = value, 
                     values_from = n, 
                     values_fill = 0) %>% 
  dplyr::select(name, type_komplikasjon, Ja, aar)




rekke_avd <- rbind(
  # Rekkefølge fjoråret                    
  fig_df_kompAvd %>% 
    dplyr::filter(!name %in% c("AvdKompAnnenKomp"),
                  aar %in% periode_data$sisteHeleYear) %>% 
    dplyr::arrange(-Ja), 

  fig_df_kompAvd %>% 
    dplyr::filter(name %in% "AvdKompAnnenKomp",
                  aar %in% periode_data$sisteHeleYear))%>% 
  dplyr::pull(type_komplikasjon) %>% 
  rev()






# PARAMETRE FOR FIGUR: 
fig_df_kompAvd2 <- 
  fig_df_kompAvd %>% 
  dplyr::mutate(type_komplikasjon = factor(type_komplikasjon, 
                                           levels = rekke_avd)) %>% 
  dplyr::arrange(type_komplikasjon) %>% 
  dplyr::group_by(aar) %>% 
  dplyr::mutate(Sortering = 1:n()) %>% 
  ungroup()

# PLOT
ggplot2::ggplot(data = fig_df_kompAvd2) +

  ggplot2::geom_bar(
    mapping = ggplot2::aes(x = reorder(type_komplikasjon, Sortering) ,
                           y = Ja, 
                           alpha= aar),  
        stat="identity",
        width = 0.75, 
        position = ggplot2::position_dodge(preserve = "single"), 
    fill = colPrimary[4]) +

  ggplot2::scale_alpha_manual("", values = c(0.5, 1)) +
  ggplot2::guides(alpha = ggplot2::guide_legend(reverse = TRUE)) +
  ggplot2::coord_flip(clip = "off") +
  ggplot2::geom_text(
    mapping = ggplot2::aes(label = Ja, 
                           x = reorder(type_komplikasjon, Sortering), 
                           y = Ja, 
                           group = aar, 
                           color = aar),
    vjust = 0.5,
    hjust = -0.15,
    size = 6, 
    position = ggplot2::position_dodge(width = 0.75)) +
  ggplot2::scale_color_manual("", values = c("gray40", "gray20"), guide = "none") +
  ggplot2::theme_classic(base_size = 20) +
  ggplot2::theme(
    axis.text.x = ggplot2::element_text(size = 18, colour = "black"),
    axis.line.y = ggplot2::element_blank(),
    axis.ticks.y = ggplot2::element_blank(), 
    strip.placement = "outside") +
  # Fjerne akse-tittel:
  ggplot2::labs(x = NULL, 
                y = NULL)

avdKomp_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor, 
  y = AK %>%
    dplyr::filter(AvdKompHjerneslagGrad %in% "Svære sekveler med behov for pleie") %>% 
    dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
    dplyr::rename("Hjerneslag- svære sekveler" = n),  
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
 merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompHjerneslagGrad %in% "Moderate sekveler") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hjerneslag- moderate sekveler" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
       all.x = TRUE) %>% 

   merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompHjerneslagGrad %in% "Lette sekveler") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hjerneslag- lette sekveler" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned",
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompTIA %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("TIA" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompTamponade %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Tamponade" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned",
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompPacemaker %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Pacemaker" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompAtrieflimmer %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Nytilkommet atrieflimmer" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompHjerteinfarkt %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hjerteinfarkt" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompVaskular %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Vaskulær" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompBlodning_fatal %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Blødning- fatal el livstruende" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 
  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompBlodning_major %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Bløding- major" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 
  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompBlodning_minor %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Blødning- minor" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 


    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompInfeksjon %in% c("Pneumoni")) %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Infeksjon- pneumoni" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompInfeksjon %in% c("Urinveisinfeksjon")) %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Infeksjon- UVI" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompInfeksjon %in% c("Annen alvorlig infeksjon")) %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Infeksjon- annen" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 


    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompDialyse %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Dialyse" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned",
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompDod %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Død" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompAnnenKomp %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Annen alvorlig komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

avdKomp_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%
    dplyr::filter(AvdKompHjerneslagGrad %in% "Svære sekveler med behov for pleie") %>% 
    dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
    dplyr::rename("Hjerneslag- svære sekveler" = n),  
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
 merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompHjerneslagGrad %in% "Moderate sekveler") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hjerneslag- moderate sekveler" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
       all.x = TRUE) %>% 

   merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompHjerneslagGrad %in% "Lette sekveler") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hjerneslag- lette sekveler" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompTIA %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("TIA" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompTamponade %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Tamponade" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompPacemaker %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Pacemaker" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompAtrieflimmer %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Nytilkommet atrieflimmer" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompHjerteinfarkt %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Hjerteinfarkt" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompVaskular %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Vaskulær" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 


  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompBlodning_fatal %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Blødning- fatal el livstruende" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 
  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompBlodning_major %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Bløding- major" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 
  merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompBlodning_minor %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Blødning- minor" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 


    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompInfeksjon %in% c("Pneumoni")) %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Infeksjon- pneumoni" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompInfeksjon %in% c("Urinveisinfeksjon")) %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Infeksjon- UVI" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompInfeksjon %in% c("Annen alvorlig infeksjon")) %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Infeksjon- annen" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 


    merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompDialyse %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Dialyse" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompDod %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Død" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 

      merge(x = ., 
        y = AK %>%  
          dplyr::filter(AvdKompAnnenKomp %in% "Ja") %>% 
          dplyr::count(maaned, .drop = FALSE) %>% 
          dplyr::rename("Annen alvorlig komplikasjon" = n),  
        by.x  = "maaned", 
        by.y = "maaned", 
        all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

cap <- paste0("Antall komplikasjoner på avdeling registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").")

avdKompTot <- rbind(avdKomp_fjor, 
                    avdKomp_aar)

avdKompTot[avdKompTot == 0] <- " - "
avdKompTot[is.na(avdKompTot)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(avdKompTot)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(avdKompTot)[2])


if (params$tableFormat == "html") {
  avdKompTot %>% 
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 0, angle = -90) %>% 
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(avdKompTot)[1] - 1,
                         hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1, 
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(avdKompTot)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  avdKompTot %>% 
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
        kableExtra::row_spec(row = 0, angle = 90) %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(avdKompTot)[1] - 1,
                         hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1,
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(avdKompTot)[1])


}

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Utledete variabler

Ventetid TAVI, planlagte prosedyrer

Forklaring boxplot: Boxplotet viser fordelingen av ventetiden. Medianverdien er markert av den tykke linjen midt i boksen. De blå boksene inneholder halvparten av registreringene og er avgrenset av nedre (25%) og øvre (75%) kvartil. Bredden på boksen kalles interkvartil bredde (IQR). De vertikale greinene viser minste og største verdi i datasettet innenfor henholdsvis 1,5 x IQR under nedre kvartil og 1.5 x IQR over øvre kvartil. Punktene utenfor greinene viser uteliggere, det vil si forløp med usedvanlig kort eller lang ventetid. Merk at datovariablene ikke nødvendigvis er filvasket.

AK %>% 
  dplyr::filter(ForlopsType2 == "Planlagt", 
                !is.na(ventetid_tavi)) %>% 
  dplyr::select(ventetid_tavi, Maaned, aar) %>% 
    ggplot2::ggplot(mapping= ggplot2::aes(x = Maaned, 
                                          y = ventetid_tavi)) +
    ggplot2::geom_boxplot(
        ggplot2::aes(alpha = aar, 
                     colour = aar), 
        na.rm = TRUE, 
        fill = colPrimary[4],
        position = ggplot2::position_dodge(preserve= "single"), ) +
  ggplot2::scale_x_discrete(drop = FALSE) +
  ggplot2::scale_alpha_manual("", values = c(0.5, 1)) +
  ggplot2::scale_color_manual("", values = c("gray40", "gray20")) +
  ggplot2::theme_minimal()  +
  ggplot2::xlab("") + 
  ggplot2::ylab("Ventetid (dager)") + 
  ggplot2::theme(
    legend.position = c(0.5, 0.9), 
    legend.direction = "horizontal",
    legend.text = ggplot2::element_text(size = 12),
    axis.text = ggplot2::element_text(size = 12), 
    axis.title = ggplot2::element_text(size = 12)
  )

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.6) 

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Utskrivelssested

cap <- paste0("Fordeling av utskrivelsessted registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").")

utskrTil_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, UtskrevetTil) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals(
    "row", 
    name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

utskrTil_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    janitor::tabyl(maaned, UtskrevetTil) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 


utskrTil <- rbind(
  utskrTil_fjor, 
  utskrTil_aar
)


utskrTil[utskrTil == 0] <- " - "
utskrTil[is.na(utskrTil)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(utskrTil)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(utskrTil)[2])


if (params$tableFormat == "html") {
  utskrTil %>% 
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(utskrTil)[1] - 1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1, 
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(utskrTil)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  utskrTil %>% 
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
    kableExtra::row_spec(row=12, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row=13, hline_after =  TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row=dim(utskrTil)[1]-1, hline_after =  TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
                          start_row = 1,
                          end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
                          start_row = 14, 
                          end_row = dim(utskrTil)[1])


}

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.7) 

Liggetid

Forklaring boxplot: Boxplotet viser fordelingen av liggetiden. Medianverdien er markert av den tykke linjen midt i boksen. De blå boksene inneholder halvparten av registreringene og er avgrenset av nedre (25%) og øvre (75%) kvartil. Bredden på boksen kalles interkvartil bredde (IQR). De vertikale greinene viser minste og største verdi i datasettet innenfor henholdsvis 1,5 x IQR under nedre kvartil og 1.5 x IQR over øvre kvartil. Punktene utenfor greinene viser uteliggere, det vil si forløp med usedvanlig kort eller lang liggetiden. Merk at datovariablene ikke nødvendigvis er filvasket.

AK %>% 
  dplyr::filter(!is.na(liggedogn_tavi), 
                liggedogn_tavi>= 0, 
                liggedogn_tavi <=30) %>% 
  dplyr::select(liggedogn_tavi, UtskrevetTil, aar) %>% 
    ggplot2::ggplot(mapping= ggplot2::aes(x = UtskrevetTil, 
                                          y = liggedogn_tavi)) +
    ggplot2::geom_boxplot(
        ggplot2::aes(alpha = aar, 
                     colour = aar), 
        na.rm = TRUE, 
        fill = colPrimary[4],
        position = ggplot2::position_dodge(preserve= "single")) +
  ggplot2::scale_alpha_manual("", values = c(0.5, 1)) +
  ggplot2::scale_color_manual("", values = c("gray40", "gray20")) +
  ggplot2::ylim(0, 30)+
  ggplot2::theme_minimal()  +
  ggplot2::xlab("") + 
  ggplot2::ylab("Liggetid (døgn)") + 
  ggplot2::theme(
    legend.position = c(0.5, 0.9), 
    legend.direction = "horizontal",
    legend.text = ggplot2::element_text(size = 12),
    axis.text = ggplot2::element_text(size = 12), 
    axis.title = ggplot2::element_text(size = 12)
  )

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.8) 

Pacemakerbehov (Kvalitetsindikator){#pacemaker}

Kvalitetsindikatoren 'Behov for permanent pacemaker etter TAVI' gjelder kun for prosedyrer der klaff er satt inn, pasienten ikke er død på lab og pasienten ikke allerede har pacemaker. Når vi rapporterer fra kvalitetsindikatoren krever vi minst 50% ferdigstillelse av hovedskjemaet for å regne ut måloppnåelse.

cap <- paste0("Antall prosedyrer med Pacemakerbehov etter innsetting av ", 
              " TAVI registrert i NORIC ",
              "ved ", params$hospitalName,
              " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
              siste_dato_txt, 
              ").", 
              " Pasienter som allerede hadde pacemaker eller som er ", 
              "registrert som avdød på lab er fjernet fra datagrunnlaget.")


pmBeh_fjor <- merge(
  x = timeTableMonth_fjor,
  y = AK %>%  
    dplyr::filter(indik_pacemakerbehov_data == "ja") %>% 
    janitor::tabyl(maaned, indik_pacemakerbehov) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals(
    "row",
    name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 

pmBeh_aar <- merge(
  x = timeTableMonth_aar,
  y = AK %>%  
    dplyr::filter(indik_pacemakerbehov_data == "ja") %>% 
    janitor::tabyl(maaned, indik_pacemakerbehov) %>% 
    janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), 
  by.x  = "maaned", 
  by.y = "maaned", 
  all.x = TRUE) %>% 
  janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
                                            periode_data$nyesteRegYear)) %>% 
  dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% 
  dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") 


pmBeh <- rbind(
  pmBeh_fjor, 
  pmBeh_aar
)


pmBeh[pmBeh == 0] <- " - "
pmBeh[is.na(pmBeh)] <- " - "

align <- c("l", rep("c", dim(pmBeh)[2] - 1))
digs <-  rep(0, dim(pmBeh)[2])


if (params$tableFormat == "html") {
  pmBeh %>%
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(pmBeh)[1] - 1, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1, 
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(pmBeh)[1])

} else if (params$tableFormat == "latex") {
  pmBeh %>% 
    dplyr::select(-aar) %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = "r") %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8) %>% 
    kableExtra::row_spec(row = 12, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::row_spec(row = 13, hline_after = TRUE)%>%
    kableExtra::row_spec(row = dim(pmBeh)[1] - 1, hline_after = TRUE) %>%
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
      start_row = 1,
      end_row = 13) %>% 
    kableExtra::pack_rows(
      group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
      start_row = 14, 
      end_row = dim(pmBeh)[1])


}

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(0.9) 

r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"} \newpage r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}

Utvikling alder/ kjønn de siste årene

# 10 år tilbake i tid, men ikke lenger tilbake enn 2017 (nasj. dekning). 
fromDate <- max(
  as.Date(paste0(periode_data$nyesteRegYear - 9, "-01-01"), 
          format = "%Y-%m-%d"),
  as.Date("2017-01-01", 
          format = "%Y-%m-%d")) 


toDate <- periode_data$siste_dato



if(params$registryName %in% "noricStagingNasjonal"){
  # SPørring til NASJONAL database. 
  # Kun utvalgt sykehus
  query <- paste0(

  "SELECT AortaklaffVar.AvdRESH, 
          AortaklaffVar.ForlopsID, 
          AortaklaffVar.ProsedyreDato, 
          ForlopsOversikt.PasientKjonn,
          ForlopsOversikt.PasientAlder
    FROM
          AortaklaffVar
    LEFT JOIN ForlopsOversikt ON
          AortaklaffVar.AvdRESH = ForlopsOversikt.AvdRESH AND
          AortaklaffVar.ForlopsID = ForlopsOversikt.ForlopsID
   WHERE
         ProsedyreDato >= '", fromDate, "' AND
         ProsedyreDato <= '", toDate, "'", 
   "AND AortaklaffVar.AvdRESH = ", params$reshID, 
   ";")

    AK_alderKjonn <- rapbase::loadRegData(registryName = params$registryName,
                               query = query)



  } else{
    # SPørring til LOKAL database. 
    # Kun et sykehus, som er registry name
      query <- paste0(

  "SELECT AortaklaffVar.AvdRESH, 
          AortaklaffVar.ForlopsID, 
          AortaklaffVar.ProsedyreDato, 
          ForlopsOversikt.PasientKjonn,
          ForlopsOversikt.PasientAlder
    FROM
          AortaklaffVar
    LEFT JOIN ForlopsOversikt ON
          AortaklaffVar.AvdRESH = ForlopsOversikt.AvdRESH AND
          AortaklaffVar.ForlopsID = ForlopsOversikt.ForlopsID
   WHERE
         ProsedyreDato >= '", fromDate, "' AND
         ProsedyreDato <= '", toDate, "'", 
   ";")

    AK_alderKjonn <- rapbase::loadRegData(registryName = params$registryName,
                               query = query)


}   

AK_alderKjonn %<>% noric::legg_til_tidsvariabler() %>% 
  dplyr::mutate(PasientKjonn2 = factor(
    x = dplyr::case_when(PasientKjonn == "Mann" ~ "Menn",
                         PasientKjonn == "Kvinne" ~ "Kvinner", 
                         TRUE  ~ NA_character_),
    levels = c("Kvinner", "Menn"))) 

Kjønnsfordeling

cap <- paste0("Antall (andel) behandlede kvinner og menn i perioden fra ",
              fromDate," til ", toDate, ".")

tab_kjonn <-  AK_alderKjonn %>%  
  dplyr::count(aar, PasientKjonn2) %>% 
  tidyr::pivot_wider(names_from = PasientKjonn2, values_from = n) %>% 
  janitor::adorn_percentages() %>%
  janitor::adorn_totals("col", name = "Totalt") %>% 
  janitor::adorn_pct_formatting(digits = 0) %>% 
  janitor::adorn_ns(position = "front") 

align <- c("l", rep("c", dim(tab_kjonn)[2] - 1))


if (params$tableFormat == "html") {
  tab_kjonn %>%
    knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
                                                    "hover",
                                                    "condensed"),
                              full_width = FALSE, 
                              font_size = 8) %>%
    kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") 
} else if (params$tableFormat == "latex") {
  tab_kjonn %>% 
    knitr::kable(format = params$tableFormat,
               caption = cap,
               booktabs = TRUE,
               align = align) %>%
    kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", 
                             font_size = 8)

}

Aldersfordeling

Forklaring boxplot: Boxplotet viser fordeling av pasientens alder på prosedyretidspunktet, for kvinner og menn de siste årene. Medianverdien er markert av den tykke linjen midt i boksen. De blå boksene inneholder halvparten av registreringene og er avgrenset av nedre (25%) og øvre (75%) kvartil. Bredden på boksen kalles interkvartil bredde (IQR). De vertikale greinene viser minste og største verdi i datasettet innenfor henholdsvis 1,5 x IQR under nedre kvartil og 1.5 x IQR over øvre kvartil. Punktene utenfor greinene viser uteliggere, det vil si forløp med usedvanlig lav eller høy alder.

AK_alderKjonn %>% 
  dplyr::filter(!is.na(PasientKjonn),
                !is.na(PasientAlder),
                PasientAlder >= 18,
                PasientAlder <= 100) %>%
  dplyr::select(PasientAlder, PasientKjonn, aar) %>%
    ggplot2::ggplot(mapping= ggplot2::aes(x = aar, 
                                          y = PasientAlder)) +
    ggplot2::geom_boxplot(
        ggplot2::aes(fill = PasientKjonn), 
        na.rm = TRUE)+ 
  ggplot2::scale_fill_manual("", values = c(colPrimary[6], colPrimary[4])) +
  ggplot2::theme_minimal()  +
  ggplot2::xlab("") + 
  ggplot2::ylab("Alder") + 
  ggplot2::theme(
    legend.text = ggplot2::element_text(size = 12),
    axis.text = ggplot2::element_text(size = 12), 
    axis.title = ggplot2::element_text(size = 12)
  )

if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
    shiny::setProgress(1.0) 

Rapporteket/NORIC documentation built on Sept. 7, 2024, 10:32 a.m.