R/MuskelTabeller.R

In Rapporteket/muskel: Resultatrapporter for Muskelregisteret

#' Tabeller for Muskelregisteret
#'
#' Denne funksjonen lager et utvalg av tabeller for muskelregisteret
#'
#' @inheritParams MuskelFigAndeler
#'
#' @return Tabeller til bruk i samlerapport eller annet
#'
#' @export
#'
MuskelTabeller <- function(
  RegData, datoFra, datoTil, minald, maxald, erMann, enhetsUtvalg
  ){
  ## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
  if(hentData){
    RegData <- MuskelHentRegData()
  }

  # Hvis RegData ikke har blitt preprosessert
  if (preprosess){
    RegData <- MuskelPreprosess(RegData=RegData)
  }

  # Hvis man ikke skal sammenligne, får man ut resultat for eget sykehus
  if (enhetsUtvalg == 2) {
    RegData <- RegData[which(RegData$AvdRESH == reshID), ]
  }

  # Sykehustekst avhengig av bruker og brukervalg
  if (enhetsUtvalg==0) {
    shtxt <- 'Hele landet'
  } else {
    shtxt <- as.character(
      RegData$SykehusNavn[match(reshID, RegData$AvdRESH)]
      )
  }

  RegData$UtfyltAar <- as.POSIXlt(
    RegData$Utfyllingsdato, format="%Y-%m-%d")$year + 1900


  ##### Kun Basisregistrering ###################################
  BasisregPrAar <- addmargins(
    table(
      as.character(
        RegData$RegInst_label[RegData$ForlopsType1Num==1]),
      RegData$UtfyltAar[RegData$ForlopsType1Num==1],
      useNA = 'ifany'
      )
    )
  HovedDiagnoserVedInkl <- addmargins(
    table(
      as.character(
        RegData$RegInst_label[RegData$ForlopsType1Num==1]),
      as.character(
        RegData$DiagICD10[RegData$ForlopsType1Num==1]),
      useNA = 'ifany'
      )
    )


  ############  UNDER ARBEID  #####################
  ##### Nyeste ikke-tomme registrering   ###########
  Nyeste <- RegData[
    order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
  Nyeste <- Nyeste[
    !is.na(Nyeste$OppfInst_label) &
    Nyeste$OppfInst_label != '', ]
  Nyeste <- Nyeste[
    match(unique(Nyeste$PasientID),
          Nyeste$PasientID), ]

  OppfolgingVed <- table(
    Nyeste$OppfInst_label,
    useNA = 'ifany')
  OppfolgingVed[length(OppfolgingVed)+1] <-
    length(setdiff(RegData$PasientID, Nyeste$PasientID))
  names(OppfolgingVed)[length(OppfolgingVed)] <-
    'Ikke registrert'


  Nyeste <- RegData[
    order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
  Nyeste <- Nyeste[
    !is.na(Nyeste$DiagICD10) &
    Nyeste$DiagICD10 != '', ]
  Nyeste <- Nyeste[
    match(unique(Nyeste$PasientID), Nyeste$PasientID), ]
  pid_tommeICD10 <- setdiff(
    RegData$PasientID, Nyeste$PasientID)
  Nyeste <- rbind(
    Nyeste,
    RegData[match(pid_tommeICD10, RegData$PasientID),])

  HovedDiagnoserNyest <- addmargins(
    table(
      as.character(Nyeste$RegInst_label),
      as.character(Nyeste$DiagICD10),
      useNA = 'ifany'
      )
    )
  colnames(HovedDiagnoserNyest)[colnames(HovedDiagnoserNyest)==''] <-
    'Ikke reg.'



  ## Diagnose stilt
  Nyeste <- RegData[
    order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
  Nyeste <- Nyeste[
    !is.na(Nyeste$DiagnoseStiltAvPrim_label) &
    Nyeste$DiagnoseStiltAvPrim_label != '', ]
  Nyeste <- Nyeste[
    match(unique(Nyeste$PasientID),
      Nyeste$PasientID), ]
  pid_tommeDiagnoseStiltAv <- setdiff(
    RegData$PasientID, Nyeste$PasientID
    )
  Nyeste <- rbind(
    Nyeste,
    RegData[match(pid_tommeICD10,
      RegData$PasientID),])

  HovedDiagnoserNyest <- addmargins(
    table(
      as.character(Nyeste$DiagnoseStiltAvPrim_label),
      as.character(Nyeste$Diagnosegr_label),
      useNA = 'ifany'
      )
    )
  colnames(HovedDiagnoserNyest)[colnames(HovedDiagnoserNyest)==''] <-
    'Ikke reg.'

}