In Rapporteket/norspis2: Plots and Tables of Results and Data Quality in NorSpis

[//]: # Just a list of usefull rmarkdown formatting commands: [//]: # \pagebreak

[//]: # just setting things up

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  echo = params$reshID,
  warning=FALSE,
  comment = "#>",
  cache.path = 'F:/'
)

#rm(list=ls()) WARNING: Do not use this line in parameterized .Rmd-documents, or else the parameters will not be found 
library(rapbase)
library(tidyverse)
library(norspis2)

[//]: # remember to load data - use "script-to-load-data-locally-norspis (...)"

library(dplyr)
#------DATA norspis2
RegData2 <- norspis2::fun1_1_import_data_FEA(path_data="F:/2020-28-12_data-til-utvikling/", #disk and folder of data to import
                                             date_data="2020-12-28")

RegDataBeh2 <- norspis2::fun1_2_import_data_B(path_data="F:/2020-28-12_data-til-utvikling/", #disk and folder of data to import
                                              date_data="2020-12-28")
#Five datasets (and outputted in a list):
DL <- norspis2::fun2_dataList(myInData1 = RegData2, myInData2 = RegDataBeh2)
#---DATA norspis2 (END)
#-----DATA  for norspis functions
#When we use norspis functions we use the call "RegData" (while we in norspis2 use DL$RegData12345)
RegData <- RegData2
#---DATA norspis2 (END)

[//]: # paramemters

\pagebreak

Antall pasienter

Totalt
Over tid
Per enhet

\pagebreak

Antall registreringer

Totalt
Over tid
Per enhet

Antall registreringer per enhet

myInData <- DL$RegData2
RegDataNatVal_filtered2019 <- norspis2::fun3_1_filter_RegData(RegData = myInData,
                                                              regStatus = c(1),
                                                              regType = c(1,2,3,4,5,6,98,99),
                                                              dateFrom = "2019-01-01",
                                                              dateTo = "2019-12-31",
                                                              ageFrom = 0,
                                                              ageTo = 200)

tab <- norspis2::make_table_DQ_regCount(RegDataNatVal_filtered2019)

ft <- norspis2::make_table_DQ_regCount_asFt(tab)

ft

\pagebreak

Antall registreringer per avdeling per år

Startregistreringer

  #START
  #filter data for e.g. 2012-2019
  RegDataNatValFiltered <- fun3_1_filter_RegData(RegData = DL$RegDataNatVal2 ,
                                                 regStatus = c(1),
                                                 regType = c(1,2,3,4),#START
                                                 dateFrom = "2012-01-01",
                                                 dateTo = "2019-12-31",
                                                 ageFrom = 0,
                                                 ageTo = 200)

  norspis2::make_table_DQ_regCountYearly(RegDataNatValFiltered = RegDataNatValFiltered)

\pagebreak

Sluttregistreringer

#END
  #filter data for e.g. 2012-2019
  RegDataNatValFiltered <- fun3_1_filter_RegData(RegData = DL$RegDataNatVal2 ,
                                                 regStatus = c(1),
                                                 regType = c(5,6,98,99),#END
                                                 dateFrom = "2012-01-01",
                                                 dateTo = "2019-12-31",
                                                 ageFrom = 0,
                                                 ageTo = 200)

  norspis2::make_table_DQ_regCountYearly(RegDataNatValFiltered = RegDataNatValFiltered)

Datakvalitetsmål

Totalt
Over tid
Per enhet

\pagebreak

Resultater

Pasientrapporterte effekt- og utfallsmål

\pagebreak

Skjemaet Pasienttilfredshet

Under følger svar på de fire ja/nei-spørsmålene i skjemaet pasienttilfredshet, som pasientene spørres ved slutten av behandlingen. Det femte spørsmålet om vurdering av utfall av mottatt behandling er ikke med her, nå.

variable <- c('PT03Utfallsvurd', 'PT01OnsketInvolv', 'PT02BleInvolv', 'PT04KontaktBrukerorg') #'PT05OrientertBrukerorg')
regType <- ''

for (valgtVar in variable) {
      outfile <- ''
      norspis2::NorSpis1FigAndeler(RegData=DL$RegData2, 
                        datoFra = "2019-01-01", 
                        valgtVar = valgtVar, 
                        datoTil = "2019-12-31",
                        reshID = params$reshID, 
                        enhetsUtvalg = 0, #0 nasjonal?
                        outfile = outfile, 
                        minald = 0, 
                        maxald = 150)
                        #minbmistart = "",
                        #maxbmistart = "", 
                        #regType = regType #filterargumenter bmi og regtype ikke lagt inn.
}