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In ShinyFabio/OliveHealthR2: A Shiny App for statistical and graphical analysis of data from the Olivehealth project

OliveHealthR

OliveHealthR è un software che svolge analisi sui dati provenienti dal progetto OliveHealth. L’obiettivo principale del progetto è quello di identificare le componenti salutistiche (es. polifenoli) in prodotti della filiera olivicola (quali foglie, drupe e olio) correlandole alla geo-localizzazione di ciascun appezzamento. Sulla base di queste informazioni verranno prodotti dataset delle variabili rappresentative delle principali caratteristiche fenotipiche, biochimiche e genetiche associate all’ulivo dalle quali nascerà un database messo a disposizione ai produttori olivicoli campani. Per maggiori informazioni sul progetto clicca qui.

Come si installa

OliveHealthR è un pacchetto creato utilizzando le librerie shiny di R e, pertanto, per poter utilizzarlo bisogna installare i softwareR e Rstudio. Se li hai già installati puoi saltare questi passaggi e andare allo step 3.

1 Installazione dei software necessari

I. Installare R

Scarica e installa R da uno di questi link. Scegli in base al sistema operativo utilizzato.

• Windows: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
• OS: https://cran.r-project.org/bin/macosx/
• Ubuntu: in questo caso segui la procedura qui descritta https://www.r-bloggers.com/2013/03/download-and-install-r-in-ubuntu/

II. Installa RStudio

Dopo aver installato R, installare RStudio. Apri il seguente link https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download e scegliere la versione corrispondente al tuo sistema operativo.

III. Operazioni aggiuntive in base al sistema operativo

Per poter far funzionare correttamente il software è necessario eseguire alcuni passaggi supplementari che cambiano in base al tuo sistema operativo:

• Solo per utenti Windows. Se sei un utente Windows è necessario installare anche Rtools utilizzando questo link: https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools. Se il tuo computer non ha Windows puoi tranquillamente saltare questo passaggio.

• Solo per utenti MacOS (da controllare). Se sei un utente MacOS è necessario lanciare questa riga di comando dal Terminale del computer:

  r brew install imagemagick@6

• Solo per utenti Ubuntu (testato su 18.04). Se sei un utente Ubuntu bisogna installare delle librerie aggiuntive lanciando dal terminale le seguenti linee di codice:

  sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev
  sudo apt-get install libcairo2-dev
  sudo apt-get install libxt-dev
  sudo apt install libudunits2-dev
  sudo apt install libgdal-dev
  sudo apt install libmagick++-dev
  sudo apt-get install libc6
  sudo apt-get install cargo
  

2. Installazione dei pacchetti di R

Ora che hai installato tutti i software necessari, avvia il programma Rstudio. Al primo avvio la schermata iniziale è la seguente:

Tutti i codici di R che dovrai utilizzare nei passaggi seguenti dovranno essere copiati e incollati nella parte evidenziata nella figura precedente. Una volta incollati, per eseguire il comando basta premere il tasto Invio.

Detto ciò, procediamo all’installazione del pacchetto OliveHealthR lanciando i codici qui sotto:

if(!requireNamespace("devtools"))install.packages("devtools")
devtools::install_github("ShinyFabio/OliveHealthR")

Per farlo seleziona semplicemente le due righe di codice, incollale in RStudio e premi Invio. Se esce un messaggio come questo nella figura sottostante cliccare su No.

Il processo di installazione richiede qualche minuto. Al termine OliveHealthR sarà pronto all’uso. Prima di avviare il software, puoi decidere di installare tutte le immagini accessorie (cromatogrammi, foto di drupe, foto di foglie etc.). Questo passaggio è facoltativo. Per farlo lancia il codice qui sotto riportato:

OliveHealthR::download_photo()

3. Avvio di OliveHealthR

Arrivati a questo punto sei pronto per lanciare OliveHealthR. Esegui semplicemente le due righe di codice qui riportate:

library(OliveHealthR)
OliveHealthR::run_OliveHealthR()

La guida all'uso del software è disponibile al seguente link: https://shinyfabio.github.io/OliveHealthR/

4. Aggiornamento

Qualora fossero disponibili versioni più aggiornate del software, per eseguire l’aggiornamento è sufficiente lanciare questo codice:

devtools::install_github("ShinyFabio/OliveHealthR")

Dopo che l’aggiornamento è completato, è necessario riscaricare le foto (vedi step 2).

ShinyFabio/OliveHealthR2 documentation built on Oct. 18, 2024, 2:22 a.m.