deltaGLMtree: Operating area stratification with a delta-GLM

In ShotaNishijima/delta-GLM-tree: Automatic Area Stratification for CPUE Standardization with delta-GLM

Operating area stratification with a delta-GLM

Description

This function is used to conduct an automatic area stratification based on information criteria (AIC, AICc, or BIC) with delta-GLM

Usage

deltaGLMtree(
  binom.model,
  posi.model,
  criteria = "AIC",
  max.narea = 100,
  trend = FALSE,
  delta = 10,
  factor = c("Year", "Area"),
  numeric = NULL,
  seq.length = 10,
  offset = NULL,
  area.w = TRUE,
  lon.name = "Lon",
  lat.name = "Lat",
  min.lon = 140,
  max.lon = 185,
  min.lat = 30,
  max.lat = 50,
  seq.lon = 2.5,
  seq.lat = 2.5,
  scale = "mean",
  remove = FALSE,
  cat = TRUE,
  model.ave = TRUE,
  parallel = FALSE,
  export.package = NULL,
  cores = ifelse(parallel, parallel::detectCores(), 1),
  unsave = FALSE
)

Arguments

posi.model	glm object for positive catch rate (lognormal or gamma distribution can be used)
criteria	モデル選択の基準（他にBIC/AICcが選択可）
max.narea	maximum number of areas
trend	年トレンドを計算するか
delta	delta AIC (or BIC/AICc) がこの値よりも大きくなるまで海区分けを実行
factor	年トレンドを算出する際にexpand.gridをするfactorial変数　Yearを最初にAreaを二番目にする（Area-weighted averageにする場合）
numeric	年トレンドを算出する際にexpand.gridをする連続変数
seq.length	expand.gridをする連続変数を何個に分けるか
offset	offset項に使った変数（"Effort"など）※logはいらない
area.w	各海区の重みづけ（FALSEですべて同じ、TRUEで緯度経度で面積重みづけ）
lon.name	データセットの経度の列名
lat.name	データセットの緯度の列名
seq.lon	resolution of longitudinal degree
seq.lat	resolution of latidudinal degree
model.ave	model averagingするかどうか
parallel	TRUEでforeachを使ったparallel計算
export.package	parallel 計算するときにexportするpackage("speedglm", "glm2"など)
cores	並列計算に使用するコア数
unsave	delta-GLMの結果をsaveするか unsave=TRUEとすれば保存しない（メモリの節約になる）
binomial.model	glm object with a binomial distribution for positive catch probability

ShotaNishijima/delta-GLM-tree documentation built on Nov. 1, 2022, 8:04 p.m.