check_unweighted_glm.R

In Vertical-Datashield/bw.vertical.comms: Vertical DataSHIELD function for weighted logistic regression modelling

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#script to create manual XTX and XTY to do unweighted glm on raw data
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#selfharm~smoke
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# these arguments to be read in from elsewhere e.g. fn_a_in <- commandArgs(7)
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fn_data_in="combined_data.csv"

fn_coeffs_out="coeffs.csv"

loc_data_in="/home/rw13742/Documents/datashield/testing/vertical_comms/data/rosie_data/"

loc_coeffs_out="/home/rw13742/Documents/datashield/testing/vertical_comms/data/rosie_data/output"

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# set input and outputfiles 
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input_data=sprintf("%s%s", loc_data_in, fn_data_in)
output_coeffs=sprintf("%s%s", loc_coeffs_out, fn_coeffs_out)

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#read files in
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data<-read.csv(input_data, header=TRUE)
attach(data)

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#create X and Y
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const<-as.numeric(rep("1",length(smoke)))
X<-cbind(const,smoke)
Y<-selfharm

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#create XTX and XTY
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XTX<-t(X)%*%X
XTY<-t(X)%*%Y

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#calculate coeffs using (XTX)^-1 * XTY
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coeffs<-(solve(XTX))%*%XTY
print(coeffs)