mt_calcul_apl: Création d'un ensemble de fichiers liés aux apl

In arnaudmilet/medtRucks: Package de préparation et de valorisation des données brutes de mesure d'accès aux soins en France

Création d'un ensemble de fichiers liés aux apl

Description

Création d'un ensemble de fichiers liés aux apl

Usage

mt_calcul_apl(
  code_dep,
  chemin_RXXXX,
  nom_generique_RXXXX,
  chemin_AXXXX,
  nom_generique_AXXXX,
  dep_fr,
  commune_fr,
  ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation,
  nb_actes_par_praticien,
  BTX_TD_POP1B,
  correspondance_dep_reg,
  APL_2018_DREES,
  type_calcul = "departement",
  code_commune = NULL,
  url_osrm = NULL,
  taille_max_matrice_osrm = 500
)

Arguments

code_dep	Code INSEE du département (France métropole)
chemin_RXXXX	Chemin vers les données Remboursement mensuel de l'Assurance Maladie par departement de la DAMIR
nom_generique_RXXXX	Nom générique des fichiers Remboursement mensuel de l'Assurance Maladie par departement de la DAMIR
chemin_AXXXX	Chemin vers les données d'extraction du Système National Inter Régimes d'Assurance Maladie (SNIIRAM) par departement de la DAMIR
nom_generique_AXXXX	Nom générique des fichiers d'extraction du Système National Inter Régimes d'Assurance Maladie (SNIIRAM) par departement de la DAMIR
dep_fr	objet de classe sf projete en WGS84 des limites départementales
commune_fr	objet de classe sf projete en WGS84 des limites communales
ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation	objet data.frame des professionnels de santé autorisés à exercer.
nb_actes_par_praticien	data.frame du nombre d'actes par praticien, par spécialité et par département
BTX_TD_POP1B	data.frame issu de la table INSEE de la population par age et par sexe empilé
correspondance_dep_reg	data.frame de correspondance département/région
APL_2018_DREES	data.frame des données DRESS concernant l'APL des généralistes en 2018 par commune
type_calcul	Chaîne de caractères prenant la valeur "departement" ou "commune". Elle définit l'échelle de calcul: Toutes les communes d'un département (departement) ou une sélection de communes d'un département (commune)
code_commune	Vecteur de caractères contenant les codes communes INSEE des communes à traitées. Il faut que les communes appartiennent à un même département. Par défaut, la valeur est NULL
url_osrm	Chaîne de caractères contenant l'url du moteur de recherche OSRM. Par défaut, il est NULL
taille_max_matrice_osrm	Valeur numérique entière positive de la taille maximale des tables utilisées pour le calcul des matrices de distance. Par défaut, elle est de 500.

Value

une liste contenant 10 éléments : dep_cible, commune_chef_lieu_dep_cible,commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_195, commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_130,commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_97.5, commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_65,ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation_tampon_dep_cible_rens_damir,dist_mat_communes_dep_cible_praticien,apl,commune_fr_dep_cible_Ensemble_APL_calc

See Also

mt_calcul_apl

Examples

## Not run: 
liste_osrm <- tibble(
DEP=c("971","972","973","974","976","000"),
Nom_DEP=c("Guadeloupe","Martinique","Guyane","La Reunion","Mayotte","metro"),
ip=c("http://51.158.69.224:5971/","http://51.158.69.224:5972/","http://51.158.69.224:5973/","http://51.158.69.224:5974/","http://51.158.69.224:5976/","http://51.158.69.224:5999/")
)

url_osrm = liste_osrm %>%
 filter(Nom_DEP=="metro") %>%
 pull(ip)

dep_fr = readRDS("../data_init/IGN/2022/dep_fr.rds")
commune_fr = readRDS("../data_init/IGN/2022/commune_fr.rds")
commune_chef_lieu_fr = readRDS("../data_init/IGN/2022/commune_chef_lieu_fr.rds")
ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation = readRDS("../data_init/Annuaire Sante/2022/ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation.rds")

nb_actes_par_praticien <- readRDS("D:/d-sidd Dropbox/Arnaud milet/synchro d-sidd/Partenariat/MedTrucks/2019 - 09 - E-Meuse Sante/Phase 4 - Industrialisation/data_init/AMELI/2020/nb_actes_par_praticien.rds")
BTX_TD_POP1B <- readRDS("D:/d-sidd Dropbox/Arnaud milet/synchro d-sidd/Partenariat/MedTrucks/2019 - 09 - E-Meuse Sante/Phase 4 - Industrialisation/data_init/INSEE/2018/BTX_TD_POP1B.rds")
correspondance_dep_reg <- readRDS(system.file("extdata","correspondance_dep_reg.rds",package = "medtRucks"))
BTX_TD_POP1B <- BTX_TD_POP1B %>%
 mutate(code_dep=ifelse(str_sub(CODGEO,1,2) %in% c("97","98"),str_sub(CODGEO,1,3),str_sub(CODGEO,1,2))) %>%
 left_join(correspondance_dep_reg,by=c("code_dep"="departmentCode")) %>%
 select("CODGEO","LIBGEO","code_dep","departmentName","regionCode","regionName",everything())

APL_2018_DREES <- read_excel("D:/d-sidd Dropbox/Arnaud milet/synchro d-sidd/Partenariat/MedTrucks/2019 - 09 - E-Meuse Sante/Phase 4 - Industrialisation/data_init/DREES/APL_2018_DREES.xlsx",
                              sheet = "APL_2018", skip = 8
                            )
names(APL_2018_DREES) <- c("depcom", "libcom", "APL DREES 2018", "APL DREES 2018 moins de 65 ans", "Pop 2016")

chemin_RXXXX = "D:/d-sidd Dropbox/Arnaud milet/synchro d-sidd/Partenariat/MedTrucks/2019 - 09 - E-Meuse Sante/Phase 4 - Industrialisation/data_init/damir/2020/R/R2020"
nom_generique_RXXXX = "R2020"
chemin_AXXXX = "D:/d-sidd Dropbox/Arnaud milet/synchro d-sidd/Partenariat/MedTrucks/2019 - 09 - E-Meuse Sante/Phase 4 - Industrialisation/data_init/damir/2020/A"
nom_generique_AXXXX = "A2020"

code_dep = "55"
valeur <- mt_calcul_apl(code_dep,chemin_RXXXX,nom_generique_RXXXX,chemin_AXXXX,nom_generique_AXXXX,dep_fr,commune_fr,ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation,nb_actes_par_praticien,BTX_TD_POP1B,correspondance_dep_reg,APL_2018_DREES,url_osrm=url_osrm)
emplacement_ensemble_data = "D:/d-sidd Dropbox/Arnaud milet/synchro d-sidd/Partenariat/MedTrucks/2019 - 09 - E-Meuse Sante/Phase 4 - Industrialisation/data_final/"
data_folder <- paste0(emplacement_ensemble_data,code_dep)
dir.create(data_folder, showWarnings = FALSE)

walk(names(valeur),function(x){
    nom_enregistrement <- bind_rows(
                             c(Nom_objet="dep_cible", Nom_enregistre = paste0(data_folder,"/dep_",code_dep,".rds")),
                             c(Nom_objet="commune_chef_lieu_dep_cible", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_",code_dep,".rds")),
                             c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_195", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_195.rds")),
                             c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_130", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_130.rds")),
                             c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_97.5", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_97.5.rds")),
                             c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_65", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_65.rds")),
                             c(Nom_objet="ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation_tampon_dep_cible_rens_damir",Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation_tampon_",code_dep,"_rens_damir.rds")),
                             c(Nom_objet="dist_mat_communes_dep_cible_praticien", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/dist_mat_communes_",code_dep,"_praticien.rds")),
                             c(Nom_objet="apl", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/apl_",code_dep,".rds")),
                             c(Nom_objet="commune_fr_dep_cible_Ensemble_APL_calc", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_fr_",code_dep,"_Ensemble_APL_calc.rds"))
                             ) %>%
            filter(Nom_objet==x) %>%
            pull(Nom_enregistre)

     saveRDS(valeur[[x]],nom_enregistrement)
})
walk(c("52","54","55"),function(code_dep){
  print(code_dep)

  valeur <- mt_calcul_apl(code_dep,chemin_RXXXX,nom_generique_RXXXX,chemin_AXXXX,nom_generique_AXXXX,dep_fr,commune_fr,ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation,nb_actes_par_praticien,BTX_TD_POP1B,correspondance_dep_reg,APL_2018_DREES,url_osrm = url_osrm)

  data_folder <- paste0(emplacement_ensemble_data,code_dep)
  dir.create(data_folder, showWarnings = FALSE)

  walk(names(valeur),function(x){
    nom_enregistrement <- bind_rows(
      c(Nom_objet="dep_cible", Nom_enregistre = paste0(data_folder,"/dep_",code_dep,".rds")),
      c(Nom_objet="commune_chef_lieu_dep_cible", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_",code_dep,".rds")),
      c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_195", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_195.rds")),
      c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_130", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_130.rds")),
      c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_97.5", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_97.5.rds")),
      c(Nom_objet="commune_chef_lieu_tampon_dep_cible_65", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_chef_lieu_tampon_",code_dep,"_65.rds")),
      c(Nom_objet="ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation_tampon_dep_cible_rens_damir",Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/ExtractionMonoTable_CAT18_ToutePopulation_tampon_",code_dep,"_rens_damir.rds")),
      c(Nom_objet="dist_mat_communes_dep_cible_praticien", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/dist_mat_communes_",code_dep,"_praticien.rds")),
      c(Nom_objet="apl", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/apl_",code_dep,".rds")),
      c(Nom_objet="commune_fr_dep_cible_Ensemble_APL_calc", Nom_enregistre =paste0(data_folder,"/commune_fr_",code_dep,"_Ensemble_APL_calc.rds")),
    ) %>%
      filter(Nom_objet==x) %>%
      pull(Nom_enregistre)

    saveRDS(valeur[[x]],nom_enregistrement)

  })

})

## End(Not run)

arnaudmilet/medtRucks documentation built on March 24, 2022, 9:08 p.m.