README.md

In ayumatsubo/velocyto: RNA velocity estimation in R

10X genomes velocyto.R

RNA velocity estimation for 10X single cell RNA sequence data in R

System requirements

使い方

bam file, gtf fileを用意する。 dropestのdockerを利用して

''' dropest -V -f -g refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf -c 10x.xml neurons_900_possorted_genome_bam.bam ''' を実行する。 cell.counts.matrices.rdsを用いてvelocyto.Rに利用する。

velocytoの変更点

''' 786行, 787行 rx = range(c(range(ars$x0, na.rm=T), range(ars$x1,na.rm=T)))\ ry = range(c(range(ars$y0, na.rm=T), range(ars$y1,na.rm=T))) 815行,816行で gxd <- Matrix::colSums(cwarsd$xd,na.rm=T)/cws gyd <- Matrix::colSums(cwarsd$yd,na.rm=T)/cws に変更した。 '''

ayumatsubo/velocyto documentation built on May 9, 2019, 4:19 a.m.