docs/02_friends_of_R.md

In bdemeshev/r_manual_book: R manual for beginners (in russian)

Друзья R {#friends_of_R}

Если ты используешь R, то ты поймёшь, что есть куча других полезных программ!

Рабочий процесс {#workflow}

...

Контроль версий {#version_control}

...

Латех {#latex}

...

Маркдаун {#markdown}

...

Воспроизводимые исследования {#reproducible_research}

...

Написание своего пакета {#own_package}

...

Вычисления в облаке {#cloud_computing}

...

Презентации {#presentations}

...

Про эту книжку {#this_book}

Разбить на большее количество глав!!!

Что-то убрать? чтобы была ещё одна книжка? :)

Общие принципы:

1. Неформальный стиль, на "ты"

2. Больше картинок. Лицензия?

3. Больше гипер-ссылок.

4. Буква ё обязательна.

Пакет bookdown с помощью которого написана эта книжка ещё немного сыроват. В процессе работы я обнаружил, что:

1. Порой помогает удаление промежуточных файлов и компиляция заново.

2. После неанглоязычного названия главы обязательно должна идти метка {#label}.

3. Каждый .Rmd файл содержит только одну главу. Глава обозначается заголовком первого уровня #.

4. Сослаться на главу или подраздел можно с помощью \@ref(label).

5. Сослаться на источник литературы можно с помощью [@reference]

6. Автодобавление пакетов

глючит на "M"uller

1. Для создания MOBI книг:

Под macos:

Поставить менеджер пакетов Homebrewer.

brew update
brew cask install calibre
brew cask install kindlegen

В предисловии

bookdown::kindlegen:
  epub: _book/r_manual.epub

ругается

или

bookdown::calibre:
  input: _book/r_manual.epub
  output: _book/r_manual.mobi 

ругается

Если надо изобразить yaml в чанке кода, пока пишу, что он bash

1. заставляем травис работать

Создаём новый токен на github: кликнуть по иконке пользователя, далее settings - token - generate new token.

sudo gem install travis
travis encrypt GITHUB_TOKEN=[token from githum]

Именно переменная GITHUB_TOKEN должна использоваться для того, чтобы обращаться к гитхабу, т.е. клонируется ветка gh-pages командой

git clone -b gh-pages https://${GITHUB_TOKEN}@github.com/${TRAVIS_REPO_SLUG}.git book-output

Переменная TRAVIS_REPO_SLUG будет сама определена сервисом Travis и будет равна названию репозитория.

Добавляем получившуюся закодированную строку в .travis.yml. Забавно, что похоже используется рандомный ключ для шифрования и поэтому зашифрованная строка каждый раз выходит разной.

Можно не шифровать её, а добавить в travis-ci.org/user/repo/settings

Для быстрой компиляции добавляем в .travis.yml указание, что мы будем использовать готовые бинарные пакеты R:

r_binary_packages:
  - ggplot2
  - dplyr
  - rio

Для того, чтобы эти опции не были проигнорированы .travis.yml должен содержать строку sudo: required.

Если бинарный пакет слишком старый или вообще отсутствует, можно проинсталлировать его обычным образом, для этого добавляем строки

r_packages:
  - devtools
  - rio

1. Красный шрифт

по мотивам http://stackoverflow.com/questions/29067541

colFmt <- function(x, color) {
  outputFormat <- opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to")
  if (outputFormat == "latex") {
    result <- paste0("\\textcolor{", color, "}{", x, "}")
  } else if (outputFormat %in% c("html", "epub")) {
    result <- paste0("<font color='", color, "'>", x, "</font>")
  } else {
    result <- x
  }
  return(result)
}

Then you can use it inline like this: MY RED TEXT

1. Файл _output.yaml это просто output: кусок из yaml-части файла index.Rmd. Поэтому можно внести _output.yaml обратно в index.Rmd, чтобы все настройки были в одном месте.

Формально _output.yaml действует на все .Rmd документы в папке, но что там будет кроме учебника в целом. Разве что отдельные главы компилировать :)

bdemeshev/r_manual_book documentation built on May 12, 2019, 3:41 a.m.