README.md
In bioinfo-pf-curie/cookieCrispR: Downstream analysis of Crispr screening counts data
Intro
Crée à partir des scripts de Pierre, l'application prend en compte 4 fichiers
en entrée. Elle applique une normalisation log(cpm) sur les données puis
crée diverses visualisations descriptives.
Input specifications
- Liste des gènes essentiels, contenus dans une colonne au format
texte, sans header.
- Liste des gènes non-essentiels, contenus dans une colonne au format
texte, sans header.
- Table de comptage au format csv. Les rownames correspondent aux noms
de guides, les colnames aux échantillons.
- Fichier de description des échantillons contentant une seule colonne
au format texte. Respectant le format suivant:
SAMPLENAME|Réplica-celltype-timepoint...
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bioinfo-pf-curie/cookieCrispR documentation built on Dec. 19, 2021, 9:45 a.m.
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- Liste des gènes non-essentiels, contenus dans une colonne au format texte, sans header.
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- Fichier de description des échantillons contentant une seule colonne au format texte. Respectant le format suivant: SAMPLENAME|Réplica-celltype-timepoint...
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