tests/testthat/test_export_seurat.R

In bioturing/rBCS: Handle BioTuring Compressed File

test_that("test_export_seurat4", {
  rhdf5::h5closeAll()
  bcs.file <- file.path(tempdir(), "test.bcs")
  if (file.exists(bcs.file)) file.remove(bcs.file)
  mat <- CreateRandomSparseMatrix(200, 60)
  obj <- Seurat::CreateSeuratObject(mat)
  obj <- Seurat::NormalizeData(obj)
  obj <- Seurat::FindVariableFeatures(obj)
  obj <- Seurat::ScaleData(obj)
  obj <- Seurat::RunPCA(obj)
  obj <- Seurat::RunTSNE(obj, dims=1:30, perplexity=5)
  expect_true(ExportSeurat(obj, bcs.file))
})