########################################################### ## NO BORRAR ESTA SECCIÓN ## ########################################################### library(knitr) opts_knit$set(root.dir = normalizePath("../../")) options(formatR.arrow = T, width = 70) opts_chunk$set(tidy = F, prompt = F, dev = "svg", dpi = 100, fig.path = "figuras/fig_", cache.path = "cache/chunk_", fig.align = "center", fig.show = "hold", fig.width = 10, fig.height = 5, cache = T, par = T, comment = "#", warning = F, message = F) source("../../configuracion/config.R") bloque <- function(texto, tipo = "alerta") { stopifnot(is.character(texto)) if (tipo == "alerta") { cat(paste('<div class="alerta">', '<i class="fa fa-exclamation-triangle fa-1x"', 'style="color:#f44336" aria-hidden="true"></i>', texto, '</div>'), sep = " ") } else if (tipo == "exito") { cat(paste('<div class="alerta exito">', '<i class="fa fa-check fa-1x', 'text-danger" style="color:#4CAF50" aria-hidden="true"></i>', texto, '</div>'), sep = " ") } else if (tipo == "info") { cat(paste('<div class="alerta info">', '<i class="fa fa-info fa-1x"', 'style="color:#2196F3" aria-hidden="true"></i>', texto, '</div>'), sep = " ") } } ########################################################### ## DESDE AQUÍ YA PUEDES BORRAR ## ###########################################################
Esta es la plantilla base para la elaboración de presentaciones estadísticas en FISABIO. Todo lo que ves aquí es editable:
Como siempre, la plantilla está en formato .Rmd
, de forma que resulta extremadamente fácil generar una presentación con tablas, figuras o código de R
. Por ejemplo, un chunk de código se vería tal que así:
source("configuracion/config.R") data("aragon_iam") opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1)) paleta <- brewer.pal(6, "OrRd") plot(aragon_iam, col = paleta[findInterval(with(aragon_iam@data, observada / esperada), c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10))]) legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"), title = "RME", fill = paleta, bty = "n") par(opar)
Gracias a R Markdown, las figuras generadas desde el documento se pueden incluir de una forma sencilla. Esta figura procede de la ejecución del anterior código:
source("configuracion/config.R") library(sp) library(RColorBrewer) data("aragon_iam") opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1)) paleta <- brewer.pal(6, "OrRd") plot(aragon_iam, col = paleta[ findInterval( with(aragon_iam@data, observada / esperada), c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10) ) ]) legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"), title = "RME cruda", fill = paleta, bty = "n") par(opar)
Para cargar imágenes que no procedan del código incrustado en el propio documento lo mejor es utilizar la función knitr::include_graphics("ruta/a/la/imagen")
en un chunk de código estándar:
knitr::include_graphics(path = "figuras/logo-ccby.png")
kable
Si buscas un arreglo rápido de tabla, prueba a utilizar la función knitr::kable()
. No obstante, presenta algunos inconvenientes, en el sentido de una personalización limitada:
kable(aragon_iam@data[1:3, 3:7], digits = 2, align = c(rep("l", 3), rep("r", 2)), caption = "Esto es una Tabla...", format = "html", row.names = F, adding = 2)
huxtable
Si buscas un arreglo más fino de la tabla, puedes emplear el paquete huxtable
.
library(huxtable) tabla <- as_hux(aragon_iam@data[1:3, 3:7], add_colnames = T) bold(tabla)[1,] <- TRUE bottom_border(tabla)[c(1, 4),] <- TRUE align(tabla)[,2] <- 'right' right_padding(tabla) <- 10 left_padding(tabla) <- 10 number_format(tabla) <- 2 caption(tabla) <- "Esto es una Tabla..." tabla
El resultado lo puedes consultar en la siguiente diapositiva.
huxtable
Aquí va el ejemplo...
library(huxtable) tabla <- as_hux(aragon_iam@data[1:3, 3:7], add_colnames = T) bold(tabla)[1,] <- TRUE bottom_border(tabla)[c(1, 4),] <- TRUE align(tabla)[,2] <- 'right' right_padding(tabla) <- 10 left_padding(tabla) <- 10 number_format(tabla) <- 2 caption(tabla) <- "Esto es una Tabla..." tabla
Cuando se desee añadir un bloque de resaltado hay que abrir un chunk de código en R e introducir el texto a resaltar dentro de la función bloque()
. Por ejemplo:
bloque("Bloque con texto de peligro", tipo = "alerta") bloque("Bloque con texto de un logro", tipo = "exito") bloque("Bloque con texto informativo", tipo = "info")
bloque("Bloque con texto de peligro", tipo = "alerta") bloque("Bloque con texto de un logro", tipo = "exito") bloque("Bloque con texto informativo", tipo = "info")
Para lograr una presentación a dos columnas, hay que añadir, junto al título de la diapositiva (el que va precedido por ##
): {.columns-2}
. El único inconveniente es que no acaba de funcionar bien en Firefox, de modo que la presentación usando este truco debe hacerse en Chrome, Chromium, Safari, Opera o IE...
Esto es muy útil a la hora de trabajar con figuras, pues se puede añadir junto a ellas
knitr::include_graphics(path = "figuras/fisabior.png")
En el documento se pueden insertar citas textuales de más de unas pocas palabras (normalmente el límite se marca en 80 caracteres, aunque puede variar). P. ej.,:
Como dijo Jacinto el de mi pueblo
Yo digo muchas cosas, pero no sé de la misa la mitad...
--- Jacinto (el "miracielos")
Las referencias se generan directamente con Pandoc, siendo muy fácil introducirlas. Las referencias se añaden al final de forma automática.
P. ej., vamos a añadir las referencias contenidas en el archivo .bib
asociado, y lo único que tenemos que hacer es:
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.