In davidcarayon/ecotools: package utilitaires ecovea

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

Info à retenir : L'utilisation de spread implique qu'il n'y ai pas de doublons taxon/opecont.

NOTE : la fonction kable qui enveloppe les tableaux permet de sortir des tableaux HTML plus lisibles

library(tidyverse)
library(knitr) # pour kable

# data
x <- data.frame(sample = 1:7,
                species = c("a","b","c","d","e","f","g"),
                abundance = sample(1:100,7))
kable(x, align="c")

Si on spread ce jeu de données, il n'y a pas de soucis particulier.

kable(spread(x, key=species, value=abundance), align="c")    

Maintenant, on fait pareil en modifiant le tableau pour qu'il y ait deux fois le taxon a dans le site 1.

x[2,2] <- "a" ; x[2,1] <- 1
kable(x, align="c")

Le spread va renvoyer une erreur : il n'est pas capable de faire la somme des deux abondances de a au site 1.

# Trycatch pour ignorer l'erreur
tryCatch({
  spread(x, key=species, value=abundance)}, # La fonction
  error=function(e){cat("ERROR :",conditionMessage(e), "\n")})    

Matrify ne renvoie pas d'erreur :

matrify <- function(data)
{
    if (ncol(data) != 3) stop('data frame must have three column format')
    plt <- data[,1]
    spc <- data[,2]
    abu <- data[,3]
    plt.codes <- levels(factor(plt))
    spc.codes <- levels(factor(spc))
    taxa <- matrix(0,nrow=length(plt.codes),ncol=length(spc.codes))
    row <- match(plt,plt.codes)
    col <- match(spc,spc.codes)
    for (i in 1:length(abu)) {
        taxa[row[i],col[i]] <- abu[i]
    }
    taxa <- data.frame(taxa)
    names(taxa) <- spc.codes
    row.names(taxa) <- plt.codes
    taxa
}

kable(matrify(x), align="c")

On remarque, en revanche, que matrify ne va prendre qu'une seule des deux valeurs, comportement pas terrible et donc à éviter !

Il faut donc résoudre le problème de doublons avant de spread.

# On vérifie bien qu'il y a des doublons

x %>%
  group_by(sample,species) %>%
  summarise(n = n_distinct(abundance)) %>%
  filter(n>1) %>% 
  kable(align="c")


# On corrige le soucis en additionnant

x <- x %>% 
  group_by(sample,species) %>% 
  summarise(abundance=sum(abundance))
kable(x, align="c")

On peut enfin spread :

kable(spread(x, key=species, value=abundance), align="c")

davidcarayon/ecotools documentation built on May 17, 2019, 7:03 p.m.