bagea_install.R

In dlampart/bagea: implements the bagea algorithm

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# install relevant R packages.
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## Step 1: Start R and install relevant packages.  
# BAGEA is tested with the following package and versions:
#   Rcpp: 1.0.1
#   roxygen2: 6.1.1
#   data.table: 1.12.0
#   pryr: 0.1.4
# 	devtools 2.0.2
#	usethis 1.5.1
install.packages("devtools")
install.packages("usethis")
install.packages("Rcpp")
install.packages("roxygen2")
install.packages("data.table")
install.packages("pryr")
# Optionally, you can check version information by packageVersion('PACKAGENAME')
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# END: install relevant R packages.
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# compile R package
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## make sure that your working directory is the bagea packag path
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usethis::use_rcpp()
dummy=tryCatch({devtools::document()},
	error=function(e){return(FALSE)}
)
Rcpp::compileAttributes()
devtools::load_all()
devtools::document()
devtools::install()
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# END: compile R package
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# download 
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## environment variable BAGEA_PATH has to be set and point 
## to an empty folder
## for instance create an empty folder:
##> mkdir  "/home/BAGEA_DATA"
## append the following line to you ~/.bashrc file:
##> export BAGEA_PATH="/home/BAGEA_DATA"
require(bagea)
##install_external_data(proceed_savely=TRUE,download_processed=FALSE)
install_external_data(proceed_savely=TRUE)
install_1KG_data()
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