In ejosymart/RepSeg: Herramientas para la generación de reportes de captura, esfuerzo y CPUE

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

Este manual muestra los pasos para la instalación y aplicación del paquete RepSeg usando RStudio.

Instalación del paquete RepSeg

1) Escribir las siguientes líneas para instalar los paquetes devtools, Hmisc y R.utils:

install.packages("devtools")
install.packages("Hmisc")
install.packages("R.utils")

Estos paquetes se instalan solo una vez.

2) Para instalar el paquete RepSeg copiar las siguientes líneas:

library(devtools)
library(Hmisc)
library(R.utils)
install_github("ejosymart/RepSeg")
library(RepSeg)

Cargar los paquetes usando el comando library. La línea de código install_github("ejosymart/RepSeg") se debe correr solo una vez. Sin embargo, cada vez que se haga una mejora o actualización al paquete RepSeg, se deberá correr esta línea nuevamente. Para correr cualquier línea de código, se deberán ubicar en la línea y ejecutarla usando las teclas "Ctrl" y "R" al mismo tiempo. \vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/install.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-20mm}

\newpage

Aplicación del paquete RepSeg

Una vez instalado el paquete RepSeg, para poder obtener el reporte se necesita tener dos base de datos en extensión .csv. Esta base de datos debe tener el siguiente formato:

\vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/base1.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

\vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/base2.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

Las primeras tres columnas indican, el año, mes y día respectivamente. Las siguientes columnas corresponden a los datos de captura y esfuerzo por puerto. Nótese que los nombres de los puertos vienen acompañados de un _c para datos de captura y de _e para datos de esfuerzo. Este estilo de nombre se debe mantener.

Información importante: Un de las bases de datos contiene la captura y el esfuerzo correspondiente a dicha captura, mientras que la otra contiene solamente las capturas.

\newpage Así mismo, estas bases de datos (p.e: desembarque_esfuerzo.csv, desembarque.csv) junto con el script para generar los reportes (p.e: reporte.R), deben estar guardados en una carpeta. Luego abrimos el archivo reporte.R (abrir con RStudio) \vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/abrircon.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

Una vez abierto el script, direccionar de la siguiente manera, haciendo click en To Source File Location: \vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/directorio2.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

\newpage Realizados estos pasos, ya podemos obtener el reporte simplemente corriendo el script reporte.R. Para ello hacer check en Source on Save y darle click a la imagen del disquette como se muestra en la siguiente figura (círculo en rojo). Con estos pasos el script correrá y se visualizará el reporte. \vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/correr2.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

\newpage El script contiene 3 secciones: 1) Definición de parámetros, 2) Lectura de datos y 3) Generación de reporte.

La sección de Definición de parámetros contiene: el nombre de los archivos ("desembarque_esfuerzo.csv", "desembarque.csv"), la especie sobre la cual se está haciendo el reporte (caballa) y el tipo de esfuerzo que contiene la base de datos (Capacidad de bodega).

\vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/ejemplo1.1.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

Definición de parámetros es la única sección del script que el usuario cambiará, dependiendo del nombre de los archivos, de la especie y el tipo de esfuerzo con que se trabaje. \vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/ejemplo2.1.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

\vspace*{-10mm}

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("data/reporte.png")
grid.raster(img)

\vspace*{-10mm}

ejosymart/RepSeg documentation built on May 16, 2019, 2:23 a.m.