tests/testthat/test-derive_var_chg.R

In epijim/admiral: ADaM in R Asset Library

test_that("`CHG` is calculated as `AVAL - BASE`", {
  input <- tibble::tribble(
    ~STUDYID, ~USUBJID, ~PARAMCD,  ~AVAL, ~ABLFL, ~BASETYPE, ~BASE,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", 10.12, "Y",    "LAST",     10.12,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01",  9.7,  "",     "LAST",     10.12,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", 15.01, "",     "LAST",     10.12,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",  8.35, "Y",    "LAST",      8.35,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02", NA,    "",     "LAST",      8.35,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",  8.35, "",     "LAST",      8.35,

    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01", 29,    "Y",    "LAST",     29,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01", 19.7,  "",     "LAST",     29,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01", 18.01, "",     "LAST",     29,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",  8.9,  "Y",    "LAST",      8.9,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",  9,    "",     "LAST",      8.9,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",  5.35, "",     "LAST",      8.9
  )
  expected_output <- tibble::tribble(
    ~STUDYID, ~USUBJID, ~PARAMCD,  ~AVAL, ~ABLFL, ~BASETYPE, ~BASE,  ~CHG,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", 10.12, "Y",    "LAST",     10.12,  0,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01",  9.7,  "",     "LAST",     10.12, -0.42,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", 15.01, "",     "LAST",     10.12,  4.89,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",  8.35, "Y",    "LAST",      8.35,  0,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02", NA,    "",     "LAST",      8.35, NA,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",  8.35, "",     "LAST",      8.35,  0,

    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01", 29,    "Y",    "LAST",     29,     0,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01", 19.7,  "",     "LAST",     29,    -9.3,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01", 18.01, "",     "LAST",     29,   -10.99,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",  8.9,  "Y",    "LAST",      8.9,   0,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",  9,    "",     "LAST",      8.9,   0.1,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",  5.35, "",     "LAST",      8.9,  -3.55
  )

  expect_equal(derive_var_chg(input)$CHG, expected_output$CHG)
})

test_that("`PCHG` is calculated as `(AVAL - BASE) / abs(BASE) * 100`", {
  input <- tibble::tribble(
    ~STUDYID, ~USUBJID, ~PARAMCD,  ~AVAL,  ~ABLFL, ~BASETYPE, ~BASE,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", -10.12, "Y",    "LAST",    -10.12,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01",  -9.7,  "",     "LAST",    -10.12,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", -15.01, "",     "LAST",    -10.12,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",   8.35, "Y",    "LAST",      8.35,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02", NA,     "",     "LAST",      8.35,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",   8.35, "",     "LAST",      8.35,

    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01",  29,    "Y",    "LAST",     29,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01",  19.7,  "",     "LAST",     29,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01",  18.01, "",     "LAST",     29,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",   8.9,  "Y",    "LAST",      8.9,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",   9,    "",     "LAST",      8.9,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",   5.35, "",     "LAST",      8.9
  )

  expected_output <- tibble::tribble(
    ~STUDYID, ~USUBJID, ~PARAMCD,  ~AVAL, ~ABLFL, ~BASETYPE, ~BASE,   ~PCHG,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", -10.12, "Y",    "LAST",    -10.12,   0,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01",  -9.7,  "",     "LAST",    -10.12,   4.150198,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", -15.01, "",     "LAST",    -10.12, -48.32016,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",   8.35, "Y",    "LAST",      8.35,   0,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02", NA,     "",     "LAST",      8.35, NA,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM02",   8.35, "",     "LAST",      8.35,   0,

    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01",  29,    "Y",    "LAST",     29,      0,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01",  19.7,  "",     "LAST",     29,    -32.06897,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM01",  18.01, "",     "LAST",     29,    -37.89655,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",   8.9,  "Y",    "LAST",      8.9,    0,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",   9,    "",     "LAST",      8.9,    1.123596,
    "TEST01", "PAT02",  "PARAM02",   5.35, "",     "LAST",      8.9,  -39.88764
  )

  expect_equal(derive_var_pchg(input)$PCHG, expected_output$PCHG, tolerance = 1e-5)
})

test_that("`PCHG` is set to `NA` if `BASE == 0`", {
  input <- tibble::tribble(
    ~STUDYID, ~USUBJID, ~PARAMCD,  ~AVAL, ~ABLFL, ~BASETYPE, ~BASE,  ~CHG,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01",  0,    "Y",    "LAST",     0,     0,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01",  1.7,  "",     "LAST",     0,     1.7,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01",  3.01, "",     "LAST",     0,     3.01,
  )

  expected_output <- tibble::tribble(
    ~STUDYID, ~USUBJID, ~PARAMCD,  ~AVAL, ~ABLFL, ~BASETYPE, ~BASE,  ~CHG,  ~PCHG,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", 0,     "Y",    "LAST",     0,     0,     NA_real_,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", 1.7,   "",     "LAST",     0,     1.7,   NA_real_,
    "TEST01", "PAT01",  "PARAM01", 3.01,  "",     "LAST",     0,     3.01,  NA_real_,
  )

  expect_equal(derive_var_pchg(input)$PCHG, expected_output$PCHG, tolerance = 1e-7)
})