In fbzwsqualitasag/qrmdtmpl: RMarkdown Templates for Qualitas AG

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
if (is.element("rmdhelp", installed.packages())) {
  # instantiate a new MendeleyExportTool object
  met <- rmdhelp::MendeleyExportToolR6$new()
  # setting the current rmd-file
  met$set_this_rmd_file(ps_this_rmd_file = ifelse(rstudioapi::isAvailable(),
                                rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path,
                                whereami::thisfile()))
  # diagram conversion
  # rmdhelp::show_knit_hook_call()
  knitr::knit_hooks$set(hook_convert_odg = rmdhelp::hook_convert_odg)
}

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Erklärung

Dieser Report ist ein Demonstrationsbeispiel, welches für die Dokumentation des R-Pakets 'qrmdtmpl' erstellt wurde. Dieser Bericht enthält nur gewisse Teile des vollständigen Berichts, welcher nicht öffentlich ist. Die gezeigten Daten wurden weitgehend anonymisiert.

Abkürzungen

Tabelle \@ref(tab:tab-abbrev) listet alle verwendeten Abkürzungen auf.

tbl_abbrev <- tibble::tibble(`Abbkürzung` = c("GAdBeef",
                                              "GAdDairy",
                                              "GAmBeef",
                                              "GGdBeef",
                                              "GGdDairy",
                                              "GGmBeef",
                                              "TDdDairy"),
                             Beschreibung = c("Geburtsablauf direkt Beef",
                                              "Geburtsablauf direkt Dairy",
                                              "Geburtsablauf maternal Beef",
                                              "Geburtsgewicht direkt Beef",
                                              "Geburtsgewicht direkt Dairy",
                                              "Geburtsgewicht maternal Beef",
                                              "Trächtigkeitsdauer direkt Dairy"))
knitr::kable(tbl_abbrev,
             booktabs = TRUE,
             longtable = TRUE,
             caption = "Liste der im Bericht verwendeten Abkürzungen")

Kontext

Hier folgt die Beschreibung, weshalb die Zuchtwertschätzung angepasst werden musste. Im Paper r met$add("Mota2017") wird ein ähnlichen Thema bearbeitet.

Merkmale

Daten

Datenplausibilisierung

Pedigree

Datenreduktion

Methode

Modell

Die Effektkodierung der Altersquantil-Laktations-Interaktion wird mit Abbildung \@ref(fig:diagram-age-lact) erklärt.

#rmdhelp::use_odg_graphic(ps_path = "odg/diagram-age-lact.odg")
knitr::include_graphics(path = "odg/diagram-age-lact.png")

Varianzkomponentenschätzung

Zuchtwertschätzung

Darstellung der Zuchtwerte

Resultate

Grösse der Datensätze

Abgangsfrequenzen

Heritabilitäten

Beef-Teil

Tabelle \@ref(tab:tab-h2-corr-beef) fasst die Heritabilitäten (diagonal) und die genetischen Korrelation (off-diagonal) für die Geburtsmerkmale Beef zusammen.

tbl_h2_corr_beef <- tibble::tibble(Merkmal = c("GAdBeef", "GGdBeef", "GAmBeef", "GGmBeef"),
                                   GAdBeef = c("0.000", rep("", 3)),
                                   GGdBeef = c(rep("0.000",2), rep("",2)),
                                   GAmBeef = c(rep("0.000", 3), ""),
                                   GGmBeef = rep("0.000", 4))
knitr::kable(tbl_h2_corr_beef,
             booktabs = TRUE,
             longtable = TRUE,
             caption = "Heritabilitäten (diagonal) und genetische Korrelationen (off-diagonal) für Geburtsmerkmale Beef")

Zuchtwerte

GA_BV

GA_RH

Diskussion

Empfehlung

Themenvorschläge für Folgeprojekte

Literatur

fbzwsqualitasag/qrmdtmpl documentation built on April 14, 2022, 6:42 p.m.