README.md

In joaohmorais/rtabnetsp: Tabnet Data to R

rtabnetsp

The rtabnetsp package enables retrieval of health indicators data from São Paulo's TABNET system (http://portal.saude.sp.gov.br/links/matriz) in R. A list of available indicators is described below.

Dependencies

Currently, the package has a few dependencies: httr (https://cran.r-project.org/web/packages/httr/httr.pdf) for HTTP requests, xml2 (https://cran.r-project.org/web/packages/xml2/xml2.pdf) and rvest (https://cran.r-project.org/web/packages/rvest/rvest.pdf) for web scraping, stringi (https://cran.r-project.org/web/packages/stringi/stringi.pdf) for text manipulation, purrr (https://cran.r-project.org/web/packages/purrr/purrr.pdf) for treatment of exceptions, tidyr (https://cran.r-project.org/web/packages/tidyr/tidyr.pdf) and dplyr (https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/dplyr.pdf) for data manipulation, and ggplot2 (https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/ggplot2.pdf), sf (https://cran.r-project.org/web/packages/sf/sf.pdf), and RColorBrewer (https://cran.r-project.org/web/packages/RColorBrewer/RColorBrewer.pdf) for graphics and mapping.

Installation

The current rtabnetsp version can be installed through this repository:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("joaohmorais/rtabnetsp")

Usage

Browsing available indicators

A list of available indicators can be obtained via indicator_list() function and searches can be made with indicator_search().

indicator_list() # retrieve a list of available indicators
indicator_search("dengue") # search for indicators containing "dengue" in its name

Retrieving indicator information

Before retrieving data from a selected indicator, it is important to check its aggregation levels, time periods and subindicators avaiable. This can be done through the view_indicator() function:

view_indicator(12) # the indicator's index is the parameter

Retrieving indicator data in dataframe form

Once you have chosen a indicator and checked its available aggregation levels, time periods and subindicators, a dataframe of desired content can be obtained through indicator_df() function:

data <- indicator_df(
indicator_index = 12, # retrieve data from indicator with ID 12 
region = "Município", # in municipality aggregation level
subindicator = NULL, # if not specified, the last subindicator will be retrieved
years = c(2017, 2018) # desired time period
)

Indicator mapping

Simple choropleth maps can be done with one command with rtabnetsp, with tabnet_map() function. The parameters are similar to the function listed above.

tabnet_map(
indicator_index = 12, # data from indicator with ID 12 will be represented in the map
region = "Município", # in municipality aggregation level
subindicator = NULL, # if not specified, the last subindicator will be retrieved
years = 2018, # desired time period
palette = "Purples" # RColorBrewer palette
)

There is also the tabnet_map2() function, which has the extra functionalities of displaying a north arrow and a scale bar on the map. This function however requires the ggspatial (https://cran.r-project.org/web/packages/ggspatial/ggspatial.pdf) package as well.

Available indicators

| Indicator index (ID) | Indicator name (TABNET) | # of subindicators | Available years | |:-----------------------------------:|:------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------:|:------------------------:|:------------------:| | 1 | 1b – População segundo a Fundação Sistema Estadual de Análise de Dados de São Paulo (SEADE) | 1 | 2000-2020 | | 2 | 2 – Densidade demográfica segundo o Censo Demográfico da Fundação Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) | 3 | 2000-2010 | | 3 | 3 – Grau de urbanização segundo o Censo Demográfico da Fundação Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) | 3 | 2000-2010 | | 4 | 4 – Taxa de crescimento populacional (2000-2010) segundo o Censo Demográfico da Fundação Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) | 3 | 2010-2010 | | 5 | 5 – Proporção de idosos | 3 | 2000-2018 | | 6 | 6 – Taxa bruta de natalidade | 3 | 2000-2018 | | 7 | 7 e 8 – Percentual de municípios com menos de 10 mil e com mais de 100 mil habitantes | 2 | 2010-2018 | | 8 | Proporção (%) de municípios nos grupos 4 e 5, segundo Região de Saúde, DRS e RRAS do estado de São Paulo – 2008 a 2014 – versão 2016 | 1 | 2008-2014 | | 9 | 10 – Produto interno bruto (PIB) per capita em reais (R$) corrente | 3 | 2000-2017 | | 10 | 11 a 13 – Taxa de mortalidade infantil e componentes | 11 | 2000-2019 | | 11 | 14 – Razão de mortalidade materna | 3 | 2000-2018 | | 12 | 15 a 17 – Taxa de mortalidade por neoplasias | 47 | 2000-2019 | | 13 | 18 – Taxa de mortalidade por doenças do aparelho circulatório | 6 | 2000-2019 | | 14 | 19 – Taxa de mortalidade por causas externas | 17 | 2000-2019 | | 15 | 20 a 23 – Percentual de óbitos por causas definidas | 18 | 2000-2019 | | 16 | 24 e 25 – Percentual de nascidos vivos com baixo peso ao nascer | 5 | 2000-2019 | | 17 | 26 – Percentual de partos em menores de 20 anos de idade | 3 | 2000-2018 | | 18 | 27a – Taxa de letalidade por formas graves de dengue (FHD + SCD + DCC) | 3 | 2000-2011 | | 19 | 27b – Taxa de letalidade de dengue | 3 | 2012-2018 | | 20 | 28 – Taxa de incidência de aids | 3 | 2000-2018 | | 21 | 29 – Taxa de incidência de sífilis congênita | 3 | 2007-2018 | | 22 | 30 – Prevalência de pacientes em diálise | 3 | 2000-2017 | | 23 | 31a – Leitos-SUS por 1000 (mil) habitantes | 3 | 2005-2019 | | 24 | 31b – Leitos-SUS por 1000 (mil) habitantes na população SUS-dependente | 3 | 2005-2017 | | 25 | 32 – Percentual de leitos-SUS em unidades de terapia intensiva (UTI) | 3 | 2014-2019 | | 26 | 33 – Cobertura da Atenção Básica em Saúde | 3 | 2006-2018 | | 27 | 34 – Cobertura de agente comunitário de saúde (ACS) | 3 | 2000-2017 | | 28 | 35 – Proporção de nascidos vivos de mães com 7 ou mais consultas de pré-natal | 3 | 2000-2019 | | 29 | 36a – Percentual de internação SUS na população total residente | 3 | 2000-2018 | | 30 | 36b – Percentual de internação SUS na população total residente para a população SUS-dependente | 3 | 2000-2018 | | 31 | 37a – Razão de exames citopatológicos do colo do útero em mulheres de 25 a 64 anos de idade | 4 | 2008-2019 | | 32 | 37b – Razão de exames citopatológicos do colo do útero em mulheres de 25 a 64 anos de idade na população SUS-dependente | 4 | 2008-2019 | | 33 | 38 – Cobertura vacinal tetravalente (até 2012) e pentavalente (a partir de 2013) em menores de 1 ano de idade | 3 | 2000-2018 | | 34 | 39 – Média de consultas médicas por habitante nas especialidades básicas | 3 | 2000-2017 | | 35 | 40 – Proporção de consultas de urgência por consulta básica | 3 | 2000-2017 | | 36 | 41 – Cobertura de 1ª consulta odontológica programática | 3 | 2000-2016 | | 37 | 42 – Percentual de internação por condições sensíveis à Atenção Básica em saúde (ICSAB) | 3 | 2000-2018 | | 38 | 43 – Taxa de internação por acidente vascular cerebral (AVC) em maiores de 40 anos de idade | 3 | 2000-2019 | | 39 | 44 – Taxa de internação hospitalar por fratura de fêmur em maiores de 60 anos de idade | 3 | 2000-2018 | | 40 | 45a – Percentual de partos cesáreos – Total (Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos [Sinasc]) | 3 | 2000-2018 | | 41 | 45b – Percentual de partos cesáreos pelo SUS (Sistema de Informações Hospitalares [SIH/SUS]) | 4 | 2000-2018 | | 42 | 46 – Cobertura de Centro de Atenção Psicossocial (CAPS) | 9 | 2012-2018 | | 43 | 47a – Cobertura da Saúde Suplementar | 3 | 2000-2019 | | 44 | 47b – Estimativa da população SUS-dependente (com base na Saúde Suplementar) | 4 | 2000-2019 | | 45 | 48 – Proporção de cura de casos novos de tuberculose pulmonar bacilífera | 3 | 2000-2018 | | 46 | 49 – Proporção de cura de casos novos de hanseníase diagnosticados | 3 | 2001-2017 | | 47 | 50 a 52 – Índice de qualidade do tratamento da água nos parâmetros: bacteriológico, cloro e fluor | 9 | 2008-2016 | | 48 | 53 – Despesa em saúde per capita | 3 | 2000-2017 | | 49 | 54a – Razão de mamografia de rastreamento em mulheres de 50 a 69 anos de idade | 4 | 2010-2018 | | 50 | 54a – Razão de mamografia de rastreamento em mulheres de 50 a 69 anos de idade SUS dependentes | 4 | 2010-2019 |

Contact

For questions or suggestions, contact me at [e-mail].

Special thanks to Camila Bertini Martins, Arnaldo Sala, Thaís Konstantyner and Alvaro Fazenda.

This R package was developed for a final course assignment.

joaohmorais/rtabnetsp documentation built on July 16, 2024, 12:39 p.m.