README.md

In jonpeder/Insektlok: Obtain insect locality data from coordinates

strandr: Insektlokaliteter i R

Jon Peder Lindemann 26 Februar 2021

Innledning

Strand-systemet er en inndeling av Norge i 37 biogeografiske regioner basert på norske fylkesgrenser anno 1978 (Strand 1943, Økland 1981, Endrestøl 2021). Systemet har lenge vært populært blant entomologer i Norge, og ble i sin tid anbefalt av Norsk Entomologisk Forening. Etter flere runder med kommune og fylkesendringer har de gamle fylkesgrensene gradvis forandret seg, og det har i noen tilfeller blitt vanskelig å finne frem til riktige strand-regioner (strand-koder). Målet med 'strandr' er å gjøre denne jobben enklere.

Funksjonen returnerer strand-koder og lokalitetsnavn fra en, eller et sett av desimalgrader. Strand-kodene identifiseres ved å finne krysningspunkt av koordinat over et polygon-lag av strand-regioner. Polygon-laget er laget av Anders Endrestøl (NINA) og baserer seg på kommunegrenser fra 1986 (Endrestøl 2021). Norske stedsnavn lastes ned fra Sentralt Stednavnregister (SSR) via deres API. For hvert koordinat blir det nærmeste stedsnavnet i SSR returnert.

Eksempel

Installer 'strandr'

```{r, eval = FALSE} require(devtools) # Bruk 'devtols' for å laste ned fra github install_github("jonpeder/strandr")

### Importer tabell
Importer tabell med koordinater, for eksempel fra en tab-separert tekstfil. Koordinatene må være desimalgrader (Projeksjon: longlat, Datum: WGS84). Tabellen kan gjerne inneholde annen innsamlingsdata, for eksempel event-ID, habitat, metode, etc. Siden SSR ikke returnerer noe navn mellom kommune og stedsnavn, kan det lønne seg å ha med et overordnet stedsnavn, for eksempel Kvaløya i Tromsø, Maridalen i Oslo, eller Søm i Grimstad.  

```{r}
eks_inn <- read.table("koordinater.txt", sep = "\t", header = TRUE) # Les inn tabellen 
eks_inn # Sjekk ut tabellen

Hent strandkoder og lokalitetsnavn

I tillegg til strand-kode (strand) og stedsnavn (locality), returneres fylke (county), kommune (municipality), steds-type (type), avstand fra punkt til punktet for stedsnavnet (dist_m), orientering fra steds-punkt mot koordinat-punkt (orient).

library(strandr) # Last inn 'strandr'

# Legg tabell inn i funksjonen og spesifiser parametrene lengdegrad (lon) og breddegrad (lat)
eks_ut <- strandr(eks_inn, lon = eks_inn$longitude, lat = eks_inn$latitude) 

eks_ut # Sjekk ut den nye tabellen

Eksporter resultat

write.table(eks_ut, "eks_ut.txt", sep = "\t", row.names = FALSE, quote = FALSE)

Bare strand-koder

bare_str <- strandkoder(eks_inn$latitude, eks_inn$longitude)
bare_str

Referanser

Endrestøl, A. 2021. Strand-systemet 4.0. Insektnytt 46 (1): 43-72. Strand, A. 1943. Inndelingen av Norge til bruk ved faunistiske oppgaver. Norsk       Entomologisk Tidskrift, 6 (4-5):208-224. Økland, K.A. 1981. Inndeling av Norge til bruk ved biogeografiske oppgaver - et       revidert Strandsystem. Fauna 34: 167 - 178.

jonpeder/Insektlok documentation built on July 16, 2022, 7:31 a.m.